No non ne devi fare una per ogni utente: dovresti mettere una sezione così per ogni cartella che vuoi condividere ad eccezione della /home che c'è la sezione dedicata [homes]. Io ti ho fatto questo esempio perchè tu hai detto:
Però quando mi connetto da windows mi ritrovo con 2 condivisioni, una con nome "homes" e l'altra col nome dell'utente che però corrispondono alla stessa direcotry linux.
quindi se ti ritrovi due connessioni ("homes" e "nome dell'utente") dovresti avere due sezioni: una con [homes] e se il nome utente è "pippo" l'altra con [pippo]. Sono stato chiaro? Comunque non mi hai risposto... Ce l'hai si o no?