Ciao!
Io ho sempre usato il plugin java scaricato direttamente dal sito java, un po' perché sono maniaco dell'ultima versione, un po' perché i vari plugin dei repo mi hanno sempre dato problemi, o meglio, me ne hanno dati quando li usavo, magari le ultime versioni no. Ma ormai adotto sempre questo metodo, mi sono fatto un piccolo script per farlo in automatico che riporto qui.
Leggere tutto e seguire le istruzioni passo passo! 
Per prima cosa creare lo script d'installazione.
Aprire un terminale e digitare al suo interno:
gedit ~/.gnome2/nautilus-scripts/java-install
Incollare all'interno del documento di gedit questo codice:
#!/bin/bash
#
# tested on Ubuntu 9.04 ==>
# simple Sun Java plugin installation made by fantasmino
# http://forum.ubuntu-it.org/index.php?topic=339449
#
for target in `echo $*`
do echo "#!/bin/bash
if [ -d /opt/java ]
then sudo rm -r /opt/java/* &> /dev/null
sudo rm /opt/java/* &> /dev/null
else sudo mkdir /opt/java
fi
sudo cp $target /opt/java/
cd /opt/java/
sudo chmod a+x jre*
echo \"When the root terminal opens, type in: './jr' hit the tab key and return\"
echo
echo \"Follow the install Java instructions. When the Java installation
in the root terminal is complete, just close that terminal\"
sleep 3s
if gksu x-terminal-emulator
then sleep 2
fi
if [ -d ~/.mozilla/plugins ]
then echo
else mkdir ~/.mozilla/plugins
fi
cd ~/.mozilla/plugins
ln -s -f /opt/java/jre*/plugin/i386/ns7/libjavaplugin*
cd /opt/java/
sudo ln -s -f /opt/java/jre*/plugin/desktop/sun_java.png
sudo ln -d -s -f /opt/java/jre*/bin
if [ -d /opt/google/chrome/plugins ]
then sudo rm /opt/google/chrome/plugins/* &> /dev/null
else sudo mkdir /opt/google/chrome/plugins
fi
cd /opt/google/chrome/plugins/
sudo ln -s /opt/java/jre*/lib/i386/libnpjp2.so
sudo rm /opt/java/jre-*
exit 0" > ~/.java-temp
chmod 755 ~/.java-temp
if xterm -e ~/./.java-temp
then sleep 2
rm -f ~/.java-temp
fi
done
#
Salvare, chiudere gedit e rendere lo script eseguibile digitando nel terminale:
chmod 755 ~/.gnome2/nautilus-scripts/java-install
Creare lo script di lancio per i file .jar.
Aprire un terminale e digitare al suo interno:
gedit ~/.gnome2/nautilus-scripts/java-launch
Incollare all'interno del documento di gedit questo codice:
#!/bin/bash
#
# tested on Ubuntu 9.04 ==>
# simple Sun Java launch script made by fantasmino
# http://forum.ubuntu-it.org/index.php?topic=339449
#
for target in `echo $*`
do /opt/java/bin/java -jar $target
done
#
Salvare, chiudere gedit e rendere lo script eseguibile digitando nel terminale:
chmod 755 ~/.gnome2/nautilus-scripts/java-launch
Scaricare dal sito java il plugin "
Linux file autoestraente".
Andare sul file appena scaricato, cliccarci sopra col pulsante destro e lanciare dal menù contestuale script==>java-install
Si aprirà un terminale chiedendo la password. Inserita quella, si aprirà un terminale root, bisognerà digitare al suo interno:
./jr
e poi pigiare il tasto
tab e poi
invio. Partirà l'installazione di java, con la barra spazio si proseguono le schermate. Quando richiesto digitare
yes e poi
invio. A installazione terminata chiudere il terminale root, l'altro si chiuderà automaticamente.
Riavviare Firefox e
andare qui per verificare che l'installazione sia andata a buon fine.
Questo plugin funziona anche per OpenOffice, nel caso lo richieda. Basta andare su Strumenti==>Opzioni==>Java e aggiungere la directory /opt/java/jre1* (l'asterisco sta per tutto quello che viene dopo!)
Quando esce una nuova versione del plugin, scaricarla e di nuovo click col pulsante destro e rilanciare lo script java-install, si aggiornerà automaticamente.
Per lanciare le applet java scaricate in locale (tipo quelle con estensione .jnlp), fare click destro sul file interessato, selezionare dal menù contestuale che si apre
Proprietà==>Apri con, fare click su
Aggiungi, nella finestra che si apre cliccare su
Usa un comando personalizzato e quindi su
Esplora. Navigare fino alla directory /opt/java/bin e selezionare l'applicazione
javaws, dare
ok e poi
Aggiungi, si ritornerà alla finestra delle proprietà con l'elenco delle applicazioni disponibili per detto file (estensione). Se si vuole aprire sempre con java i file con quella estensione, porre la spunta accanto al nome
javaws in quell'elenco, si aprirà automaticamente con il doppio click.
Per lanciare i file .jar, farci click col pulsante destro e dall'elenco di script di Nautilus lanciare
java-launch, e il file si dovrebbe avviare senza problemi.
Per settare il percorso per la Java Virtual Machine, aprire un terminale e digitare all'interno:
sudo gedit /etc/profile
e incollare in fondo al documento che si apre queste due righe:
export PATH=$PATH:/opt/java/bin
export JAVA_HOME=/opt/java/bin/java
Salvare e chiudere gedit.
La Java VM dovrebbe essere ora attiva e funzionante!
Per aggiungere al menù di Ubuntu il pannello di controllo Java, bisogna creare un lanciatore che punti al file
/opt/java/bin/ControlPanel
e l'icona all'immagine
/opt/java/sun_java.png
EDIT: piccolo aggiornamento nello script d'installazione ed aggiunta di istruzioni per lanciare le applet scaricate dal web. Conviene aggiornare!
EDIT: altro aggiornamento (23/11/09 ore 21) nello script d'installazione ed aggiunta di un altro script per lanciare i file .jar senza usare il terminale. Se già installato lo script di installazione prima di questo aggiornamento, modificare lo script di installazione col codice ora riportato, aggiungere lo script di lancio per i file .jar e rilanciare l'installazione di Java. Conviene aggiornare!
EDIT: altro aggiornamento (24/11/09 ore 14) nello script d'installazione ed aggiunta della procedura per far riconoscere al sistema la Java Virtual Machine. Se già installato lo script di installazione prima di questo aggiornamento, modificare lo script di installazione java_install e lo script di lancio java-launch col codice ora riportato, eseguire le operazioni di configurazione aggiunte per la Java VM e, in caso, rivedere i percorsi relativi a
javaws e
ControlPanel, ora cambiati (c'è un perché) e rilanciare l'installazione di Java. Conviene aggiornare!
EDIT: aggiornamento (01/01/10) nello script d'installazione
java-install per installare il plugin java anche per Google Chrome, in caso qualcuno lo usasse (io a volte lo uso).