Io preferisco avere tutte le applicazioni con una grafica classic-style delle finestre/programmi, quindi le ho rimosse senza problemi, sostituendole con la controparte Mate.
L'unico problema è la finestra che si apre quando devo salvare un file (la finestra per scegliere la directory di salvataggio in firefox e transmission, ad esempio). Si apre con lo Gnome-style (si nota più che altro nel menu contestuale che appare col tasto destro del mouse).
Non penso dipenda da Firefox o Transmission. Volevo quindi chiedere se fosse per caso qualche applicazione esterna che viene lanciata e che va sostituita.
Allego uno screenshot