[Risolto] Octave + SPM

[Diarreaverde]

Ciao ragazzi, vediamo se riesco a farmi capire..
Premessa, non ho mai usato Octave tantomeno matlab.

Il mio scopo è usare il programma SPM (http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/) per la tesi di laurea.
È un software open che viene usato per analisi di immagini diagnostiche come risonanza, pet e via dicendo.
SPM gira su MATlab, ma dato che è a pagamento ho pensato di installare Octave e sperare di riuscire a farlo girare, anche in virtù del fatto che nel file README di SPM vi è la dicitura "SPM8 is designed to work from MATLAB versions 7.1 (R14SP3) to 7.9 (R2009b), and will not work with earlier versions. It requires only core MATLAB to run (i.e. no toolbox, the only exception being the 'signal processing' toolbox used for EEG/MEG data)".

Ora, ho installato "GNU Octave 3.2" dal software center, è sufficiente o devo installare altro per far funzionare octave? perchè compare anche "QtOctave" ma quanto ho capito dovrebbe essere solo un'interfaccia grafica per octave e quindi non essenziale per il suo funzionamento, o mi sbaglio?

Nella documentazione di SPM leggo che devo mettere tutta la cartella e relativi file spm nella directory "Path" di Matlab per farlo funzionare, ed avviralo col comando "spm".
Ho cercato nella directory di Octave, l'unica cartella "path" l'ho travata in usr/share/octave/3.2.2/m/path e vi ho copiato la cartella "spm8".
Ma non sono affatto sicuro che sia la posizione corretta!!
Lancio il comando spm in octave e non funiona.

Sbaglio qualcosa io, vero?
Tra l'altro, se installo l'interfaccia grafica, non cambia la posizione dove devo mettere la cartella spm, vero? e sopratutto..dove devo metterla?

Scusatemi, ma sono completamente ed assolutamente inesperto nell'uso di octave/matlab!

[ingcorra]

ciao
non ho mai usato il signal processing toolbox e non so se sia un plugin di simulink (che octave non ha) o meno, ma in ogni caso dubito fortemente sia compreso in octave. ponendo che il tutto vada, riguardo alla directory 'path' matlab e octave hanno una directory di lavoro e il programma deve stare lì, per aggiungere una directory di lavoro su octave scrivi 'addpath /percorso' dove il percorso è la directory dove hai messo spm.  se il tutto sta in una cartella spm8 devi mettere anche quella nel path.... prova un pò comunque mi sa che dovrai installare matlab

[ingcorra]

comunque qtoctave è solo un frontend grafico, non è necessario per il funzionamento di octave puoi fare tutto dal terminale

[Diarreaverde]

Grazie mille per la disponibilità.

Allora, la cartella di spm si chiama spm8, il percorso è /home/mark/SPM Program/spm8
ho dato:

Codice: Seleziona tutto

addpath /home/mark/SPM Program/spm8

mi restituisce:

Codice: Seleziona tutto

warning: addpath: /home/mark/SPM: No such file or directory
octave:4>warning: addpath: Program/spm8: No such file or directory

poi ho provato lavando lo spazio tra addpath e percorso:

Codice: Seleziona tutto

addpath/home/mark/SPM Program/spm8

e mi restituisce anche qua:

Codice: Seleziona tutto

warning: addpath: /home/mark/SPM: No such file or directory
octave:6>warning: addpath: Program/spm8: No such file or directory

Allego il readme se può essere di aiuto.
Non so come muovermi..

ok,ottimo il discorso qtoctave..ne faccio a meno

[ingcorra]

doppio post!!

[ingcorra]

mi sa che non si possono mettere spazi nei percorsi da quel poco che ne so perchè ubuntu lo uso da poco, fai così vai sul terminale e scrivi cd /home/mark/SPM poi completa con tab e vedi cosa ti mette al posto dello spazio.... a quel punto copia quella parte dopo addpath in octave e il resto del percorso... se noti lui ora sta prendendo la parte prima e dopo lo spazio come due path differenti

[Diarreaverde]

"SPM Program" è la cartella che contiene la cartella "spm8".

Con lo spazio mi riferivo a quello presente nel comando "addpath"spazio"percorso"
Comunque per evitare problemi ora rinominato cosi "SPMprogram" e il percorso finale risulta questo:
/home/mark/SPMprogram/spm8
quindi ho dato:

Codice: Seleziona tutto

octave:7> addpath /home/mark/SPMprogram/spm8

non mi ha restituito errori,avevi ragione sullo spazio, allora ho lanciato il comando "spm"
ecco cosa esce:

Codice: Seleziona tutto

octave:7> addpath /home/mark/SPMprogram/spm8
octave:9> spm
octave:9>error: `strread' undefined near line 96 column 24
error: called from `spm_matlab_version_chk' in file `/home/mark/SPMprogram/spm8
/spm_matlab_version_chk.m'
error: evaluating binary operator `<' near line 1195, column 34
error: if: error evaluating conditional expression
error: evaluating if command near line 1195, column 1
error: called from `spm:check_installation' in file `/home/mark/SPMprogram/spm8
/spm.m'
error: evaluating switch command near line 294, column 1
error: called from `spm' in file `/home/mark/SPMprogram/spm8/spm.m'
octave:10>

[Ipnorospo]

io sinceramente la vedo dura...nel sito del programma ci sono scritti i requisiti...
1)

MATLAB: MATLAB (The MathWorks) is a high-level technical computing language and interactive environment for algorithm development, data visualization, data analysis, and numeric computation. SPM8 is designed to work from MATLAB versions 7.1 (R14SP3) to 7.9 (R2009b), and will not work with earlier versions. It requires only core MATLAB to run (i.e. no toolbox, the only exception being the 'signal processing' toolbox used for EEG/MEG data).
See the System Requirements page for a list of suitable platforms to run MATLAB and the Platform Roadmap for the correspondance between MATLAB versions and supported platforms.

il programma e disegnato per girare con matlab e non e testato con altri programmi.Octave e matlab sono simili ma hanno comunque delle differenze,per esempio l'errore che hai riportato ti indica che la funzione strread non e definita: questa e una funzione intrinseca di matlab ma mi sembra che non sia presente in octave e lggendo questa pagina http://wiki.octave.org/wiki.pl?MissingMatlabFunctions sembra che non sia proprio presente per cui se vuoi usare octave devi modificare il sorgente del programma per aggirare questi problemi usando funzioni "equivalenti"(ci potrebbero essere altre funzioni non definite)
2)

MEX files: Whilst the majority of the code is implemented as standard MATLAB M-files, SPM also uses external MEX files, written in C, to perform some of the more computationally intensive operations. Pre-compiled binaries of these external C-MEX routines are provided for:

Windows (32 and 64 bit)
Linux (32 and 64 bit)
Mac Intel (32 and 64 bit)
For these platforms, SPM should work straight out of the box.
For other platforms (Mac PowerPc and Sun Solaris), you will need to create the MEX files using a suitable C compiler and the Makefile provided with the SPM distribution. If you send us the compiled binaries, we would be happy to include them in the SPM archive for other users benefit.

non sono sicuro al 100% ma credo che i mex file possano essere utilizzati solo da matlab e basta,per cui per queste parti dovresti compilare i sorgenti e crearti dei binari tuoi invece di usare direttamente i mex-file
3)

File Format: SPM8 uses the NIFTI-1 file format for the image data. All images are written as NIFTI-1, but it will also read the old Analyze format used by SPM2. Tools are provided to import data from DICOM, MINC and ECAT7.
SPM8 also uses the GIfTI file format for surface-based data.

questo non so che problemi posa creare ma googlando velocemente ho visto che esistono delle librerie scritte sia in matlab che octave per leggere i file NIFTI-1...
mado che poema che e venuto fuori... ::)

[ingcorra]

a me sembra talmente incasinato che non vale la pena stare neanche a provarci 
se è solo per tesi di laurea sono sicuro che non si arrabbia nessuno se ti prendi 'in prestito' una copia di matlab e poi la levi (visto che tanto non lo usi)
ti consiglio una versione recente perchè si installano più facilmente, io ho la 2009a ed è bastato lanciare l'install

[Diarreaverde]

  Oh my God! 

Vi ringrazio tantissimo.. però ora.. mi avete spaventato!! Da quello che mi dite è praticamente impossibile farlo andare con Octave e anche se riuscissi a far qualcosa dovrei prima sputare sangue..non posso, non ho il tempo e le conoscenze di octave/matlab che servirebbero.. >:(

Mi sa che abbandono l'idea di octave..e mi butto alla ricerca di MATlab..possibilmente la R2009b,ma è un'impresa!
Nel caso..fatemi un fischio! :-[

[Ipnorospo]

matlab lo trovi qui:http://www.mathworks.com/
la versione studenti costa mi pare 100 euro,se ci aggiungi un toolbox che forse ti serve mi sai che sei attorno a 150...

[ingcorra]

sono strumenti che dovrebbe fornirgli l'università, è impensabile spendere 100 euro per un software che manco ti serve soltanto per farci una tesi...

[Diarreaverde]

matlab lo trovi qui:http://www.mathworks.com/
la versione studenti costa mi pare 100 euro,se ci aggiungi un toolbox che forse ti serve mi sai che sei attorno a 150...

Troppo, veramente troppo, soprattutto perchè l'utilizzo che ne farei è esclusivamente per fare ricerca per la tesi..per questo confidavo in octave!
ma.. magari a natale mi "arriva" un MATlab!!

sono strumenti che dovrebbe fornirgli l'università, è impensabile spendere 100 euro per un software che manco ti serve soltanto per farci una tesi...

Eh,esatto..hai proprio ragione

:'(

[Ipnorospo]

cmq controlla bene sul sito della tua universita perche mi sembra strano che non ci sia la possibilita di avere matlab in licenza...
anche io pensavo che non ci fosse questa possibilita nella mia universita e poi quasi per caso ho scoperta che esisteva:semplicemente era "ben nascosta.".

[Diarreaverde]

Eh,mi che se esiste la possibilità..è MOOOOLTO bene nescosta..pare non ci sia..
Mi sto adoperando in altre maniere..sperem! 

[Diarreaverde]

Emm..scusate la domanda, ma per caso la versione R2009b Mac va bene? gira sul nostro ubuntu?

[Ipnorospo]

emmmh non e che si possa parlare di queste cose sul forum... :P
cmq se non sbaglio per matlab dovrebbe esserci una versione unix che va bene in genrale per i vari *nix..se hai altri problemi piuttosto inviami un mp...

[Diarreaverde]

Bene, alla fine, dopo giorni di lotta e l'aiuto preziosissimo di Ipnorospo, sono riuscito a far girare SPM.. su Matlab R2009b!!
Purtroppo era come si temeva, colpa di Octave, che non supporta completamente le funzioni di matlab.

comunque tutto è bene quel che finisce bene..
Con Matlab versione Unix R2009b SPM funziona, invece nessuna speranza per octave di farlo girare..

[Diarreaverde]

Scusate, mi sono dovuto assentare per il periodo clausura-esami!!

Nel frattempo sono riuscito ad installare Matlab R2009b e SPM 8 anche su un laptop, ovviamente grazie al frutto dell'esperienza maturata in precedenza con le prove fatte e portate a termine assieme ad Ipnorospo.  (b2b)

Metto "risolto" perchè naturalmente il mio scopo per la tesi è quello di riuscire ad usare SPM, ci ho provato inutilmente con octave, e ci siamo riusciti con Matlab. Quindi, per chi dovesse usare SPM su Unix, consiglio di non perdere tempo con octave che tanto non funziona, ed andare sul sicuro con Matlab.

[Natalia89]

Ciao a tutti!
Chiedo se qualcuno sa utilizzare il software SPM in particolare l'ultima versione (SPM). Mi serve impararlo urgentemente per una ricerca e ve ne sarei grata.
Grazie e ciao a tutti
Natalia