(RISOLTO)Problemi installazione: NAMD(Scalable MD)

Utilizzo di applicazioni in ambito professionale.
elisa_m89
Prode Principiante
Messaggi: 39
Iscrizione: mercoledì 2 aprile 2014, 10:28

(RISOLTO)Problemi installazione: NAMD(Scalable MD)

Messaggio da elisa_m89 »

Salve a tutti,
sono alle prime armi con il linguaggio linux, sto cercando di installare questo programma da codice sorgente ho seguito tutte le istruzioni riportate nelle note http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.9/notes.html (nella sezione compiling NAMD). Tutti i passaggi sono andati a buon fine, arrivo a questo punto

Set up build directory and compile:
multicore version: ./config Linux-x86_64-g++ --charm-arch multicore-linux64

per eseguire questo comando sono risalita all'interno della cartella principale dove c'è l'eseguibile config ma mi restituisce questo errore

Codice: Seleziona tutto

nome@nome-SATELLITE-P755:~/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source$ ./config Linux-x86_64-g++ --charm-arch multicore-linux64
bash: ./config: /bin/csh: interprete errato: File o directory non esistente
nome@nome-SATELLITE-P755:~/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source$
qualcuno mi sa dire come mai?come devo procedere?
Grazie per l'aiuto!
Ultima modifica di elisa_m89 il domenica 17 agosto 2014, 12:58, modificato 3 volte in totale.
Avatar utente
zdf_9
Scoppiettante Seguace
Scoppiettante Seguace
Messaggi: 940
Iscrizione: venerdì 18 giugno 2010, 10:03
Distribuzione: debian x86_64

Re: Problemi installazione: NAMD(Scalable Molecular Dynamics

Messaggio da zdf_9 »

Prova ad installare csh

Codice: Seleziona tutto

sudo apt-get install csh
il nemico più grande si nasconde nell'ultimo posto dove guardi
elisa_m89
Prode Principiante
Messaggi: 39
Iscrizione: mercoledì 2 aprile 2014, 10:28

Re: Problemi installazione: NAMD(Scalable Molecular Dynamics

Messaggio da elisa_m89 »

Ha funzionato grazie mille!
Avatar utente
zdf_9
Scoppiettante Seguace
Scoppiettante Seguace
Messaggi: 940
Iscrizione: venerdì 18 giugno 2010, 10:03
Distribuzione: debian x86_64

Re: Problemi installazione: NAMD(Scalable Molecular Dynamics

Messaggio da zdf_9 »

Figurati... :ciao:

Per facilitare le ricerche future, puoi inserire "[Risolto]" al titolo del tuo primo messaggio.
il nemico più grande si nasconde nell'ultimo posto dove guardi
Avatar utente
tokijin
Moderatore Globale
Moderatore Globale
Messaggi: 4606
Iscrizione: mercoledì 3 giugno 2009, 23:10
Desktop: plasma 5.27.4
Distribuzione: Kubuntu 23.04
Località: Abruzzo

Re: Problemi installazione: NAMD(Scalable Molecular Dynamics

Messaggio da tokijin »

Bene :)
Se quindi hai risolto, modifica pure il titolo del primo post aggiungendo il prefisso [Risolto]

Ciao :ciao:

EDIT
zdf_9, non avevo visto il tuo messaggio ;)
Sei abbruzzese se dopo che ti sei strafogato un chilogrammo di pasta, hai il coraggio di dire alla cuoca "cacc ch'è cott" - Se entra un piccione in casa..chiudi le finestre!
Ubuntu User #28657 - Il mio vecchio hardware - Tag Codice
elisa_m89
Prode Principiante
Messaggi: 39
Iscrizione: mercoledì 2 aprile 2014, 10:28

Installazione NAMD problema?

Messaggio da elisa_m89 »

Salve a tutti,
sto cercando di installare NAMD (scalable molecular dynamics) da codice sorgente, sto seguendo le note di riferimento e non ho avuto grandi problemi quando arrivo a digitare make mi restituisce questo errrore

Codice: Seleziona tutto

nome@nome-SATELLITE-P755:~/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source/Linux-x86_64-g++$  make 
cp src/Node.ci inc
/Projects/namd2/charm-6.6/multicore-linux64/bin/charmc inc/Node.ci
make: /Projects/namd2/charm-6.6/multicore-linux64/bin/charmc: comando non trovato
make: *** [inc/Node.decl.h] Errore 127
non essendo pratica non so da cosa può dipendere!Come posso continuare?
Ringrazio chiunque mi possa aiutare!
Avatar utente
zdf_9
Scoppiettante Seguace
Scoppiettante Seguace
Messaggi: 940
Iscrizione: venerdì 18 giugno 2010, 10:03
Distribuzione: debian x86_64

Re: Installazione NAMD problema?

Messaggio da zdf_9 »

Puoi dare un'occhiata qui.
It looks like you didn't first build the Charm++ library. You can download the latest version of Charm++ from http://charm.cs.uiuc.edu/software/. Please also see the instructions in the notes.txt file under the heading "Compiling NAMD."
Spero risolva il tuo problema.

Oppure i sorgenti del programma potrebbero già essere presente nel pacchetto con i sorgenti.
Prova a dare il seguenti comandi, per verificarne la presenza nella cartella dove hai estratto i sorgenti:

Codice: Seleziona tutto

cd ~/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source
find . -type f -iname "*charmc*"
il nemico più grande si nasconde nell'ultimo posto dove guardi
elisa_m89
Prode Principiante
Messaggi: 39
Iscrizione: mercoledì 2 aprile 2014, 10:28

Re: Installazione NAMD problema?

Messaggio da elisa_m89 »

Grazie per la risposta.
Avevo provato a scaricare Charm++ ma non ha risolto il problema.

Ho provato a dare quel comando ed effettivamente il file charmc c'è in differenti cartelle.

Sono andata a vedere nel path per cui mi da l'errore

Codice: Seleziona tutto

 /Projects/namd2/charm-6.6/multicore-linux64/bin/charmc: comando non trovato

e qui il file charmc non c'è (altrimenti non credo che mi avrebbe dato l'errore), ma non si tratta più della cartella NAMD_CVS-2014-04-29_Source.
Non so proprio da cosa possa dipendere. Nel caso riproverò a esegure la procedura da capo riscaricando il download del file sorgente.
Avatar utente
zdf_9
Scoppiettante Seguace
Scoppiettante Seguace
Messaggi: 940
Iscrizione: venerdì 18 giugno 2010, 10:03
Distribuzione: debian x86_64

Re: Installazione NAMD problema?

Messaggio da zdf_9 »

Non penso sia necessario riscaricare l'archivio.

Nel file compresso Charm++ scaricato, cosa dice il file "notes.txt" alla voce "Compiling NAMD." ? Ci sono istruzioni particolari?

Hai detto che ci sono delle corrispondenze nelle subdirectory del codice sorgente. Non è che devi prima installare quella parte?
Altra possibilità è che il programma "charmc" sia già stato compilato, ma si trova in una directory diversa da quella attesa.

EDIT
Per controllare se un file è di tipo "eseguibile", dai i seguenti comandi da terminale (nel caso, adatta la directory da dove iniziare la ricerca modificando il primo comando)

Codice: Seleziona tutto

cd ~/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source
find . -type f -iname "*charmc*" -exec file {} \;
il nemico più grande si nasconde nell'ultimo posto dove guardi
elisa_m89
Prode Principiante
Messaggi: 39
Iscrizione: mercoledì 2 aprile 2014, 10:28

Re: Installazione NAMD problema?

Messaggio da elisa_m89 »

Ho seguito le indicazioni sul file notes.txt e infatti prima di dare make mi ha fatto installare diverse librerie, non so se ne mancano delle altre.
Ho provato a dare quel comando ma non sono riuscita a capire se c'è già il file eseguibile comunque guardando dentro le cartelle non mi sembra ci sia l'eseguibile di charmc.

Riguardo al path per cui mi da l'errore sono andata a cercare la cartella charm-6.6/multicore-linux64/bin/charmc e all'interno c'è il file charmc però se guardo all'interno della cartella manualmente e non da terminale mi sembra sia un collegamento, mentre questo è quello che vedo da terminale

Codice: Seleziona tutto

 :~/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source/charm-6.6.0-rc3/multicore-linux64/bin$ ls
charmc  charmrun  charmxi  conv-cpm  dep.pl
~/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source/charm-6.6.0-rc3/multicore-linux64/bin$ ls -l 
totale 684
lrwxrwxrwx 1 nome nome   13 ago 13 09:19 charmc -> ../tmp/charmc
-rwxr-xr-x 1 nome nome    391 ago 13 09:25 charmrun
-rwxrwxr-x 1 nome nome  651518 ago 13 09:20 charmxi
-rwxrwxr-x 1 nome nome 32888 ago 13 09:25 conv-cpm
-rwxr-xr-x 1 nome nome    826 ago 13 09:19 dep.pl
non so se può avere a che fare con questo, ovvero se è dovuto al fatto che è un collegamento, sempre se lo è!
Avatar utente
zdf_9
Scoppiettante Seguace
Scoppiettante Seguace
Messaggi: 940
Iscrizione: venerdì 18 giugno 2010, 10:03
Distribuzione: debian x86_64

Re: Installazione NAMD problema?

Messaggio da zdf_9 »

Il file "charmc" che hai trovato è un link che punta ad un file che si trova in "~/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source/charm-6.6.0-rc3/multicore-linux64/tmp".

Ho cercato il software ed ho trovato le istruzioni per l'installazione nel sito ufficiale. http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.9/notes.html
Penso stai seguendo lo stesso documento.

Una parte del documento:
Unpack NAMD and matching Charm++ source code and enter directory:
tar xzf NAMD_2.9_Source.tar.gz
cd NAMD_2.9_Source
tar xf charm-6.4.0.tar
cd charm-6.4.0

Build and test the Charm++/Converse library (multicore version):
./build charm++ multicore-linux64 --with-production
cd multicore-linux64/tests/charm++/megatest
make pgm
./pgm +p4 (multicore does not support multiple nodes)
cd ../../../../..

Build and test the Charm++/Converse library (MPI version):
env MPICXX=mpicxx ./build charm++ mpi-linux-x86_64 --with-production
cd mpi-linux-x86_64/tests/charm++/megatest
make pgm
mpirun -n 4 ./pgm (run as any other MPI program on your cluster)
cd ../../../../..

...

Optionally edit various configuration files:
(not needed if charm-6.4.0, fftw, and tcl are in NAMD_2.9_Source)
vi Make.charm (set CHARMBASE to full path to charm)
vi arch/Linux-x86_64.fftw (fix library name and path to files)
vi arch/Linux-x86_64.tcl (fix library version and path to TCL files)

Set up build directory and compile:
multicore version: ./config Linux-x86_64-g++ --charm-arch multicore-linux64
network version: ./config Linux-x86_64-g++ --charm-arch net-linux-x86_64
MPI version: ./config Linux-x86_64-g++ --charm-arch mpi-linux-x86_64
cd Linux-x86_64-g++
make (or gmake -j4, which should run faster)

...
Penso sei arrivata fin quasi alla fine per dare il "make" che ti ha restituito l'errore.
Hai eseguito il test di "charm++" e la configurazione con "./config Linux-x86_64-g++ --charm-arch multicore-linux64" ?
Scusa se ti sembrano domande stupide, ma non posso sapere i passaggi che hai fatto.

Puoi controllare se esiste la directory "/Projects/namd2" e cosa contiene?
Potresti postare il file "Make.charm"?


Con il comando

Codice: Seleziona tutto

file NOMEFILE
ottieni le informazioni sul tipo del file.

Un eseguibile restituisce qualcosa di simile a questo:

Codice: Seleziona tutto

zdf9@zdf9:~$ file /opt/blender/blender
/opt/blender/blender: ELF 64-bit LSB executable, x86-64, version 1 (SYSV), dynamically linked (uses shared libs), for GNU/Linux 2.6.18, BuildID[sha1]=0x8ce24406f665846e7552af6fc5c42845ccb48941, stripped
il nemico più grande si nasconde nell'ultimo posto dove guardi
elisa_m89
Prode Principiante
Messaggi: 39
Iscrizione: mercoledì 2 aprile 2014, 10:28

Re: Installazione NAMD problema?

Messaggio da elisa_m89 »

No no non sono domande stupide assolutamente, anzi grazie mille per l'aiuto.

Si sto seguendo proprio quella procedura.
Si mi ricordo di aver dato anche quel comando prima di make.

Comunque effettivamente la directory Projects/namd2 non c'è.

Mentre il file Make.charm con quel comando mi restituisce

Codice: Seleziona tutto

:~/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source$ file Make.charm 
Make.charm: ASCII text
e dentro c'è scritto questo
  • # Set CHARMBASE to the top level charm directory.
    # The config script will override this setting if there is a directory
    # called charm-6.5.1 or charm in the NAMD base directory.

    CHARMBASE = /Projects/namd2/charm-6.6
Avatar utente
zdf_9
Scoppiettante Seguace
Scoppiettante Seguace
Messaggi: 940
Iscrizione: venerdì 18 giugno 2010, 10:03
Distribuzione: debian x86_64

Re: Installazione NAMD problema?

Messaggio da zdf_9 »

Posta l'output del comandi

Codice: Seleziona tutto

ls -l ~/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source
find ~/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source -type f -iname "*charmc*" -exec file {} \; | grep executable
Alcuni dei segenti comandi, o tutti, potrebbero restituire un errore. Posta tutto l'output.

Codice: Seleziona tutto

find ~ -type d -iname "projects"
ls -l /Projects
find /Projects -type d
ls -l ~/Projects
find ~/Projects -type d
ls -l ~/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source/Projects
find ~/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source/Projects -type d
In pratica il primo comando cerca una subdirectory dal nome "projects" (non curandosi della maiuscole/minuscole) nella tua home, gli altri cercano la subdirectory "Projects" nei posti dove penso potrebbero trovarsi, ottenendo la lista dei file e la struttura delle subdirectory interne.

Quando hai eseguito il comando "make", ti è stata chiesta la password di "root" o del tuo utente?
Che ti ricordi c'erano stati errori che si riferivano al non poter copiare un file?
il nemico più grande si nasconde nell'ultimo posto dove guardi
elisa_m89
Prode Principiante
Messaggi: 39
Iscrizione: mercoledì 2 aprile 2014, 10:28

Re: Installazione NAMD problema?

Messaggio da elisa_m89 »

Allora l'output dei primi comandi è questo

Codice: Seleziona tutto

ls -l ~/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source
totale 24116
-rw-r--r-- 1 elisa elisa     2539 apr 27  2012 announce.txt
drwxr-xr-x 3 elisa elisa     4096 apr 29 09:07 arch
drwxr-xr-x 7 elisa elisa     4096 ago 15 21:03 charm-6.6.0-rc3
-rw-r--r-- 1 elisa elisa 24381440 apr 29 09:07 charm-6.6.0-rc3.tar
-rwxr-xr-x 1 elisa elisa    18035 ago 13 09:13 config
drwxr-xr-x 2 elisa elisa     4096 apr 29 09:07 CVS
drwxr-xr-x 8 elisa elisa     4096 apr 29 09:07 lib
-rw-r--r-- 1 elisa elisa     8316 ott 28  2005 license.txt
drwxrwxr-x 4 elisa elisa     4096 ago 13 15:39 Linux-x86_64-g++
-rw-r--r-- 1 elisa elisa      219 nov 14  2013 Make.charm
-rw-r--r-- 1 elisa elisa   148847 nov 20  2013 Make.depends
-rw-r--r-- 1 elisa elisa    23471 apr 29 09:07 Makefile
-rw-r--r-- 1 elisa elisa    36773 giu 20  2013 notes.txt
drwxr-xr-x 5 elisa elisa     4096 apr 29 09:07 plugins
drwxr-xr-x 6 elisa elisa     4096 apr 29 09:07 psfgen
-rw-r--r-- 1 elisa elisa     1532 mar 13  2012 README.txt
drwxr-xr-x 3 elisa elisa    20480 apr 29 09:07 src
drwxr-xr-x 4 elisa elisa     4096 apr 29 09:07 ug
elisa@elisa-SATELLITE-P755:~$ find ~/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source -type f -iname "*charmc*" -exec file {} \; | grep executable
/home/elisa/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source/charm-6.6.0-rc3/src/scripts/charmc: POSIX shell script, ASCII text executable

mentre già il secondo degli altri comandi mi restituisce errore

Codice: Seleziona tutto

elisa@elisa-SATELLITE-P755:~$ find ~ -type d -iname "projects"
elisa@elisa-SATELLITE-P755:~$ ls -l /Projects
ls: impossibile accedere a /Projects: File o directory non esistente
Quando ho eseguito make non mi ricordo se mi ha chiesto la password ma mi sembra di no. Quando ho digitato make ha girato poche righe e mi ha subito restituito l'errore.
Prima di restitiuire l'errore anche adesso esegue questo comando di copia, però non restituisce errori relativi a questo comando.

Codice: Seleziona tutto

make
cp src/Node.ci inc
/Projects/namd2/charm-6.6/multicore-linux64/bin/charmc inc/Node.ci
make: /Projects/namd2/charm-6.6/multicore-linux64/bin/charmc: comando non trovato
make: *** [inc/Node.decl.h] Errore 127
Avatar utente
tokijin
Moderatore Globale
Moderatore Globale
Messaggi: 4606
Iscrizione: mercoledì 3 giugno 2009, 23:10
Desktop: plasma 5.27.4
Distribuzione: Kubuntu 23.04
Località: Abruzzo

Re: Installazione NAMD problema?

Messaggio da tokijin »

Perché non hai continuato qui http://forum.ubuntu-it.org/viewtopic.php?f=75&t=584625 ?

Hai anche messo [Risolto] in quella discussione. Se il problema non era da considerarsi risolto, non dovevi mettere il prefisso (personalmente ti avevo consigliato di mettere il prefisso perché credevo fossi riuscita ad installare il programma).

EDIT
Ho unito le due discussioni; @elisa_m89 modifica il titolo del primo post togliendo il prefisso [Risolto] e riaggiungilo solo quando riuscirai ad installare il programma ;)
Sei abbruzzese se dopo che ti sei strafogato un chilogrammo di pasta, hai il coraggio di dire alla cuoca "cacc ch'è cott" - Se entra un piccione in casa..chiudi le finestre!
Ubuntu User #28657 - Il mio vecchio hardware - Tag Codice
Avatar utente
zdf_9
Scoppiettante Seguace
Scoppiettante Seguace
Messaggi: 940
Iscrizione: venerdì 18 giugno 2010, 10:03
Distribuzione: debian x86_64

Re: (RISOLTO)Problemi installazione: NAMD(Scalable MD)

Messaggio da zdf_9 »

Potresti postare anche l'output di

Codice: Seleziona tutto

ls -l ~/Projects
find ~/Projects -type d
Se dovesse restituirti errore, proviamo in un altro modo.
Prima di ricompilare, editiamo il file "Make.charm" in questo modo:

Codice: Seleziona tutto

# Set CHARMBASE to the top level charm directory.
# The config script will override this setting if there is a directory
# called charm-6.5.1 or charm in the NAMD base directory.

#CHARMBASE = /Projects/namd2/charm-6.6
CHARMBASE = /home/elisa/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source/charm-6.6.0-rc3
A questo punto ricompila charm++ e successivamente prova a ricompilare il programma

Codice: Seleziona tutto

./config Linux-x86_64-g++ --charm-arch multicore-linux64
cd Linux-x86_64-g++
make

Controlla che il file "Make.charm" non sia stato modificato dallo script di configurazione.

Cerchiamo il file charmc in tutto il computer. Posta l'output di del seguente comando (ci metterà molto tempo)

Codice: Seleziona tutto

find / -type f -iname "*charmc*" 2>/dev/null
il nemico più grande si nasconde nell'ultimo posto dove guardi
elisa_m89
Prode Principiante
Messaggi: 39
Iscrizione: mercoledì 2 aprile 2014, 10:28

Re: (RISOLTO)Problemi installazione: NAMD(Scalable MD)

Messaggio da elisa_m89 »

Avevo aperto un'altra discussione perchè il problema era diverso e non sapevo se potevo continuare a presentare nuovi problemi all'interno di una discussione già aperta. Comunque grazie!


Allora l'otuput dei primi comandi è

Codice: Seleziona tutto

ls -l ~/Projects
ls: impossibile accedere a /home/elisa/Projects: File o directory non esistente
elisa@elisa-SATELLITE-P755:~$ find ~/Projects -type d
find: "/home/elisa/Projects": File o directory non esistente
elisa@elisa-SATELLITE-P755:~$ 
Ho modificato il file make.charm e quando ho dato il make non mi ha più dato l'errore di prima ha girato per un poco e ha restituito questo

Codice: Seleziona tutto

In file included from src/mainfunc.C:31:0:
src/ScriptTcl.h:20:17: fatal error: tcl.h: File o directory non esistente
 #include <tcl.h>
                 ^
compilation terminated.
make: *** [obj/mainfunc.o] Errore 1
Il file make.charm non è stato modificato dallo script di configurazione.
L'output dell'ultimo comando è questo

Codice: Seleziona tutto

find / -type f -iname "*charmc*" 2>/dev/null
/home/elisa/charmc
/home/elisa/Documenti/NAMD_CVS-2014-04-29_Source/charm-6.6.0-rc3/src/libs/ck-libs/tcharm/tcharmc.h
/home/elisa/Documenti/NAMD_CVS-2014-04-29_Source/charm-6.6.0-rc3/src/scripts/charmc
/home/elisa/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source/charm-6.6.0-rc3/multicore-linux64/tmp/charmconfig.out
/home/elisa/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source/charm-6.6.0-rc3/src/libs/ck-libs/tcharm/tcharmc.h
/home/elisa/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source/charm-6.6.0-rc3/src/scripts/charmc
Grazie ancora per l'aiuto!
Avatar utente
zdf_9
Scoppiettante Seguace
Scoppiettante Seguace
Messaggi: 940
Iscrizione: venerdì 18 giugno 2010, 10:03
Distribuzione: debian x86_64

Re: Problemi installazione: NAMD(Scalable MD)

Messaggio da zdf_9 »

Potresti postare il contenuto dei file "arch/Linux-x86_64.fftw" e "arch/Linux-x86_64.tcl" ?

Potrebbe esserci un file di configurazione dove viene assegnato il percorso da associare a "Project"...
Posta l'output del comandi

Codice: Seleziona tutto

ls -l ~/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source/arch
grep Projects ~/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source/Makefile
il nemico più grande si nasconde nell'ultimo posto dove guardi
elisa_m89
Prode Principiante
Messaggi: 39
Iscrizione: mercoledì 2 aprile 2014, 10:28

Re: Problemi installazione: NAMD(Scalable MD)

Messaggio da elisa_m89 »

Il file Linux-x86_64.fftw contiene questo:
  • FFTDIR=/Projects/namd2/fftw/linux-x86_64
    FFTINCL=-I$(FFTDIR)/include
    FFTLIB=-L$(FFTDIR)/lib -lsrfftw -lsfftw
    FFTFLAGS=-DNAMD_FFTW
    FFT=$(FFTINCL) $(FFTFLAGS)
mentre l'altro file contiene questo :
  • #TCLDIR=/Projects/namd2/tcl/tcl8.5.9-linux-x86_64
    TCLDIR=/Projects/namd2/tcl/tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded
    TCLINCL=-I$(TCLDIR)/include
    #TCLLIB=-L$(TCLDIR)/lib -ltcl8.5 -ldl
    TCLLIB=-L$(TCLDIR)/lib -ltcl8.5 -ldl -lpthread
    TCLFLAGS=-DNAMD_TCL
    TCL=$(TCLINCL) $(TCLFLAGS)
Gli output di quei comandi sono questi

Codice: Seleziona tutto

ls -l ~/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source/arch
totale 404
-rw-r--r-- 1 elisa elisa    0 mag 27  2005 AIX-POWER.base
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  144 feb 27  2011 AIX-POWER.fftw
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  139 feb 27  2011 AIX-POWER.tcl
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  641 mar  3  2011 AIX-POWER-xlC.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa    0 feb 10  2004 BlueGeneL.base
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  176 dic 13  2005 BlueGeneL.fftw
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  428 mag 23  2007 BlueGeneL-g++.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  475 mag 23  2007 BlueGeneL-MPI-g++.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  423 mag 23  2007 BlueGeneL-MPI-xlC.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  128 dic 20  2007 BlueGeneL.tcl
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  538 giu  4  2007 BlueGeneL-xlC.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa    0 mag 23  2007 BlueGeneP.base
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  153 feb  1  2012 BlueGeneP.fftw
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  467 feb 26  2009 BlueGeneP-g++.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  419 mag 23  2008 BlueGeneP-MPI-g++.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa   72 feb  1  2012 BlueGeneP-MPI-xlC.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  143 feb  1  2012 BlueGeneP.tcl
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  566 feb  1  2012 BlueGeneP-xlC.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa    0 mar 28  2011 BlueGeneQ.base
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  198 gen 22  2013 BlueGeneQ.fftw
-rw-r--r-- 1 elisa elisa   72 ott  2  2012 BlueGeneQ-MPI-xlC.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  152 gen 22  2013 BlueGeneQ.tcl
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  515 giu 20  2013 BlueGeneQ-xlC.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa    0 ott  5  2013 CRAY-XC.base
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  514 dic 13  2013 CRAY-XC.cuda
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  137 ott  5  2013 CRAY-XC.fftw
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  379 ott  5  2013 CRAY-XC.fftw3
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  654 dic 13  2013 CRAY-XC-intel.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  131 ott  5  2013 CRAY-XC.tcl
-rw-r--r-- 1 elisa elisa    0 ott  5  2013 CRAY-XE.base
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  667 feb  5  2014 CRAY-XE.cuda
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  145 ott  5  2013 CRAY-XE.fftw
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  387 ott  5  2013 CRAY-XE.fftw3
-rw-r--r-- 1 elisa elisa 1037 dic 13  2013 CRAY-XE-gnu.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  131 ott  5  2013 CRAY-XE.tcl
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  474 mar  7  2009 CRAY-XT3.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa    0 ott 27  2004 CRAY-XT3.base
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  153 mag 20  2008 CRAY-XT3.fftw
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  912 mar  7  2009 CRAY-XT3-g++.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  135 mag 20  2008 CRAY-XT3.tcl
-rw-r--r-- 1 elisa elisa    0 feb 22  2009 CRAY-XT.base
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  799 dic 13  2013 CRAY-XT-cce.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  463 ott 26  2012 CRAY-XT-craycc.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  514 dic 13  2013 CRAY-XT.cuda
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  145 feb 22  2009 CRAY-XT.fftw
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  182 ott 11  2011 CRAY-XT.fftw3
-rw-r--r-- 1 elisa elisa 1015 ago 21  2012 CRAY-XT-g++.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  289 lug 26  2011 CRAY-XT-pgcc.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  131 giu 17  2011 CRAY-XT.tcl
drwxr-xr-x 2 elisa elisa 4096 apr 29 09:07 CVS
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  178 feb 26  2009 Cygwin.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa    0 feb 26  2009 Cygwin.base
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  145 feb 26  2009 Cygwin.fftw
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  238 ott  9  2009 Cygwin-MPI-mingw.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  142 feb 26  2009 Cygwin.tcl
-rw-r--r-- 1 elisa elisa    0 dic 11  2012 Linux-ARM.base
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  362 feb  6  2013 Linux-ARM.cuda
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  156 dic 11  2012 Linux-ARM.fftw
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  473 feb  5  2014 Linux-ARM-g++.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  264 dic 11  2012 Linux-ARM.tcl
-rw-r--r-- 1 elisa elisa    0 feb 27  2009 Linux-Itanium.base
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  138 feb 27  2009 Linux-Itanium.fftw
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  409 dic 20  2009 Linux-Itanium-icc.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  147 feb 27  2009 Linux-Itanium.tcl
-rw-r--r-- 1 elisa elisa    0 mag 20  2009 Linux-mips64.base
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  141 mag 20  2009 Linux-mips64.fftw
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  251 mag 20  2009 Linux-mips64-MPI-g++.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  384 mag 20  2009 Linux-mips64-MPI-pathcc.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  152 mag 20  2009 Linux-mips64.tcl
-rw-r--r-- 1 elisa elisa    0 feb  7  2011 Linux-POWER.base
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  138 feb  7  2011 Linux-POWER.fftw
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  133 feb  7  2011 Linux-POWER.tcl
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  495 feb  7  2011 Linux-POWER-xlC.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa    0 ott  5  2007 Linux-PPC.base
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  156 mag 20  2008 Linux-PPC.fftw
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  195 mar  7  2009 Linux-PPC-MX64-xlc64.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  182 mar  7  2009 Linux-PPC-MX-xlc.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  150 mag 20  2008 Linux-PPC.tcl
-rw-r--r-- 1 elisa elisa    0 feb 22  2009 Linux-x86_64.base
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  424 mar 21  2012 Linux-x86_64.cuda
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  159 feb 22  2009 Linux-x86_64.fftw
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  145 lug 12  2011 Linux-x86_64.fftw3
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  189 mar  1  2012 Linux-x86_64-g++.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  230 apr  5  2013 Linux-x86_64-icc.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  134 mar 13 19:56 Linux-x86_64.mic
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  394 mag 20  2009 Linux-x86_64-MPI-pathcc.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  270 giu 17  2011 Linux-x86_64.tcl
-rw-r--r-- 1 elisa elisa    0 feb 27  2009 Linux-x86.base
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  152 feb 27  2009 Linux-x86.fftw
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  151 mag 24  2011 Linux-x86-g++.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  251 apr  5  2013 Linux-x86-icc.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  160 giu 17  2011 Linux-x86.tcl
-rw-r--r-- 1 elisa elisa   17 apr 27  2011 MacOSX-x86_64.base
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  407 mar 21  2012 MacOSX-x86_64.cuda
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  160 apr 27  2011 MacOSX-x86_64.fftw
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  278 ott 24  2013 MacOSX-x86_64-g++.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  168 giu 17  2011 MacOSX-x86_64.tcl
-rw-r--r-- 1 elisa elisa   17 feb 26  2009 MacOSX-x86.base
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  157 feb 26  2009 MacOSX-x86.fftw
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  285 ott 24  2013 MacOSX-x86-g++.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  165 giu 17  2011 MacOSX-x86.tcl
-rw-r--r-- 1 elisa elisa    0 ott 30  1999 Solaris-Sparc.base
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  403 mar  8  2004 Solaris-Sparc-CC.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  154 lug  5  2002 Solaris-Sparc.fftw
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  123 mag 22  2001 Solaris-Sparc-g++.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  174 dic 20  2007 Solaris-Sparc.tcl
-rw-r--r-- 1 elisa elisa    0 feb 26  2009 Solaris-x86_64.base
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  467 dic 31  2012 Solaris-x86_64-CC.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  161 feb 26  2009 Solaris-x86_64.fftw
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  184 giu 17  2011 Solaris-x86_64.tcl
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  253 feb  6  2009 Win32.base
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  154 feb  6  2009 Win32.fftw
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  220 gen 18  2013 Win32-MSVC.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  279 giu 19  2011 Win32.tcl
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  253 feb  6  2009 Win64.base
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  489 mar 21  2012 Win64.cuda
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  154 nov 12  2010 Win64.fftw
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  222 gen 18  2013 Win64-MSVC.arch
-rw-r--r-- 1 elisa elisa  279 giu 19  2011 Win64.tcl
elisa@elisa-SATELLITE-P755:~$ 

Codice: Seleziona tutto

elisa@elisa-SATELLITE-P755:~$ grep Projects ~/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source/Makefile
elisa@elisa-SATELLITE-P755:~$
Avatar utente
zdf_9
Scoppiettante Seguace
Scoppiettante Seguace
Messaggi: 940
Iscrizione: venerdì 18 giugno 2010, 10:03
Distribuzione: debian x86_64

Re: Problemi installazione: NAMD(Scalable MD)

Messaggio da zdf_9 »

Modifica questi 2 file:
Il file Linux-x86_64.fftw

Codice: Seleziona tutto

#FFTDIR=/Projects/namd2/fftw/linux-x86_64
FFTDIR=/home/elisa/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source/fftw/linux-x86_64
FFTINCL=-I$(FFTDIR)/include
FFTLIB=-L$(FFTDIR)/lib -lsrfftw -lsfftw
FFTFLAGS=-DNAMD_FFTW
FFT=$(FFTINCL) $(FFTFLAGS)
Il file Linux-x86_64.tcl

Codice: Seleziona tutto

#TCLDIR=/Projects/namd2/tcl/tcl8.5.9-linux-x86_64
#TCLDIR=/Projects/namd2/tcl/tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded
TCLDIR=/home/elisa/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source/tcl/tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded
TCLINCL=-I$(TCLDIR)/include
#TCLLIB=-L$(TCLDIR)/lib -ltcl8.5 -ldl
TCLLIB=-L$(TCLDIR)/lib -ltcl8.5 -ldl -lpthread
TCLFLAGS=-DNAMD_TCL
TCL=$(TCLINCL) $(TCLFLAGS)
Per essere sicura dell'esatto nome della subdirectory da inserire nell'ultimo file, controlla esista la subdirectory "tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded" con il seguente comando:

Codice: Seleziona tutto

ls -l /home/elisa/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source/tcl
Nel caso modifica la riga "TCLDIR=/home/elisa/Scaricati/NAMD_CVS-2014-04-29_Source/tcl/tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded"

A questo punto prova a ricompilare il programma:

Codice: Seleziona tutto

./config Linux-x86_64-g++ --charm-arch multicore-linux64
cd Linux-x86_64-g++
make
il nemico più grande si nasconde nell'ultimo posto dove guardi
Scrivi risposta

Ritorna a “Applicazioni professionali”

Chi c’è in linea

Visualizzano questa sezione: 0 utenti iscritti e 9 ospiti