[Risolto] Free Surfer

[rai]

Se ci stiamo confrontando come ti ho chiesto con l'installazione in /usr/local e se si tratta di una installazione esente da interventi indeterminabili, l'unica possibilità è che hai chiuso il terminale e le variabili sono svanite
ogni volta che devi lanciare il programma, prima bisogna fare questo

Codice: Seleziona tutto

cd /usr/local/freesurfer
. ./SetUpFreeSurfer.sh

Non ti preoccupare della seccatura ripetitiva, si mettono tutti i comandi in un alias o una funzione se riusciamo a farlo andare. Oppure si mettono in un file di configurazione della tua shell una volta per tutte

[striplex]

Sei un mito grazie mille , guarda su ubuntu pensavo di averle installate le librerie invece non lo avevo fatto e dopo averle installate dando:

Codice: Seleziona tutto

 freeview -v $SUBJECTS_DIR/bert/mri/brainmask.mgz -v $SUBJECTS_DIR/bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/lh.white:edgecolor=yellow -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/rh.white:edgecolor=yellow -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/lh.pial:annot=aparc:edgecolor=red -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/rh.pial:annot=aparc:edgecolor=red

il programma e' partito

l errore " SUBJECTS_DIR: Undefined variable" me lo aveva ridato e ho dovuto ridare il comando . ./SetUpFreeSurfer.sh probabilmente avevo chiuso il terminale.

Partito anche su xubuntu . Grandissimoooooo!!!!

[striplex]

Per farlo partire subito ho fatto un file di testo con questi comandi e basta che copio e incollo

Codice: Seleziona tutto

 
cd /usr/local/freesurfer
 . ./SetUpFreeSurfer.sh
 freeview -v $SUBJECTS_DIR/bert/mri/brainmask.mgz -v $SUBJECTS_DIR/bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/lh.white:edgecolor=yellow -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/rh.white:edgecolor=yellow -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/lh.pial:annot=aparc:edgecolor=red -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/rh.pial:annot=aparc:edgecolor=red

[rai]

Benissimo ;-)
Ma non crederai di cavartela con un grazie!
ti lascio come compiti a casa di eseguire tutti i test di questa pagina per vedere se tutto è a posto. Ma soprattutto sono interessato a capire la sezione Getting started with your own data: funziona? e per lanciare il programma ci vogliono sempre comandi lunghi tre righe? insomma, se mi convinci me lo scarico e installo. Finora tutto quello che ho trovato per visualizzare imaging RM o TC su Linux non è soddisfacente.
Ma a proposito, nell'Istituto del tuo Prof. usano tutti solo Win e Mac? non è che c'è qualcuno a cui chiedere?
Per oggi buonanotte che domani è lunedì e si fatica

[striplex]

Azz mi tocca studiare pure qui :P ahahahaha
Ok domani allora provo a fare come mi hai detto e ti faccio sapere . Cmq si in Win e Mac (a dir la verità solo Mac). Cmq il mio prof mi ha dato due programmi con cui familiarizzare ,mricro, che mi ha detto è un programmino utile per fare dimestichezza ma non è professionale e questo ,freesurfer, che viene usato proprio a livello professionale soprattutto in ricerca . Cmq martedi devo incontrare il prof e chiedo , anche perchè dovrebbe spiegarmi un po come funziona . Dai notte anche a te .

[striplex]

Allora in Testing freesurfer per adesso funziona tutto , sono arrivato fino a recon-all -all .
Un paio d ore fa ho dato il comando "recon-all -s bert -all" e sto aspettando che la procedura finisca , c'è scritto in riferimento a questo comando "Note that this operation may take 24 hours to complete" però da quanto ho capito serve a vedere se non ci sono stati problemi con l installazone. Speriamo ci voglia meno di 24 perchè il pc non lo uso solo io altrimenti faccio ripartire il comando sta notte .

[rai]

Hai visto vero, che puoi eseguirlo a tappe?

Consult recon-all --help for instructions on how to conduct multi-stage processing (eg. -autorecon1, -autorecon2 and -autorecon3). The -autorecon1 stage completes in less than a half an hour, and is worth running to test your installation, as it exercises most of the libraries. To run, type:

recon-all -s bert -autorecon1

[striplex]

Eh....ho visto dopo che poteva essere fatto a tappe , Infatti ho dovuto interrompere e reinstallare tutto, andesso sto eseguendo la procedura a tappe . Speriamo non ci metta troppo anche cosi

[rai]

e perché anche reinstallare?

[striplex]

Perchè oggi ho dato il comando -recon-all -s bert -all e ho dovuto interrompere la procedura prima che terminasse. Poi ho provato ad eseguire i comandi -recon-all -s bert -autorecon1 2 e 3 e non andavano e nemmeno -recon-all -s bert -all . Non davano errore ,ma usciva un elenco con le informazioni del mio pc e poi ---------------------------------------------------------------------------- Solo che sinceramente non ho pensato a copiare il risultato che mi dava il terminale e postarlo qui :.( . Allora ho reinstallato e adesso sto eseguendo la procedura a tappe come mi hai consigliato.

Al comando -recon-all -s bert -autorecon1 ho ottenuto :

Codice: Seleziona tutto

 recon-all -s bert finished without error at Mon Oct 20 17:18:32 CEST 2014
done

Al comando -recon-all -s bert -autorecon2 ho ottenuto:

Codice: Seleziona tutto

 recon-all -s bert finished without error at Mon Oct 20 20:52:11 CEST 2014
done
 

Al comando -recon-all -s bert -autorecon3 ho ottenuto:

Codice: Seleziona tutto

 recon-all -s bert finished without error at Mon Oct 20 20:52:11 CEST 2014
done
 

[striplex]

Oggi il professore mi ha mandato a parlare con un fisico dell università che lo affianca e questo mi ha detto che freesurfer è un ottimo programma per lo studio delle immagini di risonanza magnetica ma che forse presnta più funzioni di quelle che mi servono e mi ha consigliato e fatto scaricare questo programma per la segmentazione manuale "itksnap" presnete per linux, windwos e mac.

Freesurfer un programma che usa vari algoritmi per la segmentazione automatica (in pazienti sani ) e inoltre presenta molte atre funzioni , quindi diciamo che è un programma completo per lo studio delle immagini dell encefalo per quanto riguarda la risonanza magnetica.

[rai]

Quindi con freesurfer abbiamo chiuso, direi.
Comunque, dato che a installarlo sei riuscito, dovresti mettere [Risolto] nel titolo del tuo primo post per aiutare nella ricerca il prossimo malcapitato.
Buono studio e buona vita

[striplex]

A dire il vero vorrei cmq imparare ad usarlo freesurfer visto che la mia speranza è quella in futuro di fare ricerca , quindi piu cose imparo meglio è appena posso provo anche l ultimo passaggio "Getting started with your own data". Grazie mille di nuovo del tuo aiuto

[rai]

allora, se procedi, condividi qui progressi che fai e i problemi che incontri. Si va avanti meglio insieme

[connectoma]

Ragazzi io purtroppo pur seguendo i vostri passi, non sono riuscito ad installarlo, sapreste aiutarmi?

[rai]

EDIT
Riassumo i passaggi che dovrebbero funzionare su qualsiasi *ubuntu, almeno fino a Freesurfer 5.3 stable.

Facendo tutto da terminale, copia e incolla un rigo/comando alla volta

Codice: Seleziona tutto

#
# --- scarica la versione di FreeSurfer necessaria per il proprio sistema ---
#
cd ~
[[ $(uname -m) == x86_64 ]] && ver=6_x86_64 || ver=4
wget -c ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/5.3.0/freesurfer-Linux-centos$ver-stable-pub-v5.3.0.tar.gz
sudo tar -C /usr/local -xzvf ~/freesurfer-Linux-centos$ver-stable-pub-v5.3.0.tar.gz

#
# --- corregge un bug nel file di configurazione di FreeSurfer ---
#
sudo cp /usr/local/freesurfer/SetUpFreeSurfer.sh /usr/local/freesurfer/SetUpFreeSurfer.sh.originale
sudo sed -i "s%/stable5%%" /usr/local/freesurfer/SetUpFreeSurfer.sh

#
# --- installa le dipendenze mancanti su *ubuntu ---
#
sudo apt-get install -y tcsh libjpeg62-dev

#
# --- configura le variabili di ambiente per la shell ---
#
echo -e "export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer\n. \$FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh" >> ~/.bashrc

#
# --- crea il file con i dati della licenza ---
#
sudo nano /usr/local/freesurfer/license.txt

quando hai dato l'ultimo comando, copia dalla mail di registrazione le 4 righe necessarie e incollale nel terminale con Ctr+Maiusc+V poi Ctrl+X per salvare


In caso di errori, NON fare tentativi estemporanei; copia dal terminale TUTTI i comandi che hai dato e TUTTO quello che ti è uscito e riportalo qui incollandolo in una risposta tra i tag

Codice: Seleziona tutto

che ottieni premendo il tasto "Codice" prima di incollare il tuo testo

Se non hai avuto errori, apri un nuovo terminale e prova ad eseguire i test consigliati

[connectoma]

Grazie per l'aiuto, ma purtroppo non riesco, ad installarlo neanche così; il sistema operativo è ubuntu 16.04 LTS X64, l'estrazione l'ho già effettuata con successo, adesso la cartella i trova in usr/local/freesurfer.
Per caso devo creare altre cartelle al suo interno, ho letto più volte FREESURFER_HOME, cosa sarebbe?
Grazie mille sei molto gentile.
P.S. Ho provato a fare tutto da capo mettendo i tuoi comandi, volevo capire la terza riga come la devo modificare?

[rai]

In caso di errori, copia dal terminale TUTTI i comandi che hai dato e TUTTO quello che ti è uscito e riportalo qui incollandolo in una risposta tra i tag

Codice: Seleziona tutto

che ottieni premendo il tasto "Codice" prima di incollare il tuo testo

devi dare più dettagli che puoi su quello che hai fatto e gli errori che si verificano, altrimenti ti possiamo soltanto compatire, aiutare sicuro no
Tra l'altro, cosa fai per essere sicuro che l'installazione non è andata a buon fine?
posta anche

Codice: Seleziona tutto

cat $HOME/.bashrc

rispondo al tuo PS

P.S. Ho provato a fare tutto da capo mettendo i tuoi comandi, volevo capire la terza riga come la devo modificare?

l'idea era di eseguire i comandi esattamente come te li ho scritti

[striplex]

Grazie per l'aiuto, ma purtroppo non riesco, ad installarlo neanche così; il sistema operativo è ubuntu 16.04 LTS X64, l'estrazione l'ho già effettuata con successo, adesso la cartella i trova in usr/local/freesurfer.
Per caso devo creare altre cartelle al suo interno, ho letto più volte FREESURFER_HOME, cosa sarebbe?
Grazie mille sei molto gentile.
P.S. Ho provato a fare tutto da capo mettendo i tuoi comandi, volevo capire la terza riga come la devo modificare?

Io alla fine non ho dovuto usarlo nel mio lavoro e ho utilizzato altri due programmi moto validi nell elaborazione delle immagini di risonanza magnetica che sono ITK-Snap ed FSL. Io non molto tempo fa ho installato freesurfer su una beta di ubuntu 16.04 quindi il problema non penso sia la distribuzione ma qualche passaggio inesatto comunque questa sera vedo se riesco a fare una piccola guida di installazione.

Fai attenzione alle librerie cmq dai "sudo apt-get install libjpeg62" e vedi se sono installate

[striplex]

Grazie per l'aiuto, ma purtroppo non riesco, ad installarlo neanche così; il sistema operativo è ubuntu 16.04 LTS X64, l'estrazione l'ho già effettuata con successo, adesso la cartella i trova in usr/local/freesurfer.
Per caso devo creare altre cartelle al suo interno, ho letto più volte FREESURFER_HOME, cosa sarebbe?
Grazie mille sei molto gentile.
P.S. Ho provato a fare tutto da capo mettendo i tuoi comandi, volevo capire la terza riga come la devo modificare?

Ho realizzato una piccola guida nel primo post spero possa essere d'aiuto. Nel caso incontri ancora problemi fai riferimento ai passaggi che ti creano problemi