ogni volta che devi lanciare il programma, prima bisogna fare questo
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cd /usr/local/freesurfer
. ./SetUpFreeSurfer.sh
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cd /usr/local/freesurfer
. ./SetUpFreeSurfer.sh
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freeview -v $SUBJECTS_DIR/bert/mri/brainmask.mgz -v $SUBJECTS_DIR/bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/lh.white:edgecolor=yellow -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/rh.white:edgecolor=yellow -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/lh.pial:annot=aparc:edgecolor=red -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/rh.pial:annot=aparc:edgecolor=red
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cd /usr/local/freesurfer
. ./SetUpFreeSurfer.sh
freeview -v $SUBJECTS_DIR/bert/mri/brainmask.mgz -v $SUBJECTS_DIR/bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/lh.white:edgecolor=yellow -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/rh.white:edgecolor=yellow -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/lh.pial:annot=aparc:edgecolor=red -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/rh.pial:annot=aparc:edgecolor=red
Consult recon-all --help for instructions on how to conduct multi-stage processing (eg. -autorecon1, -autorecon2 and -autorecon3). The -autorecon1 stage completes in less than a half an hour, and is worth running to test your installation, as it exercises most of the libraries. To run, type:
recon-all -s bert -autorecon1
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recon-all -s bert finished without error at Mon Oct 20 17:18:32 CEST 2014
done
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recon-all -s bert finished without error at Mon Oct 20 20:52:11 CEST 2014
done
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recon-all -s bert finished without error at Mon Oct 20 20:52:11 CEST 2014
done
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#
# --- scarica la versione di FreeSurfer necessaria per il proprio sistema ---
#
cd ~
[[ $(uname -m) == x86_64 ]] && ver=6_x86_64 || ver=4
wget -c ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/5.3.0/freesurfer-Linux-centos$ver-stable-pub-v5.3.0.tar.gz
sudo tar -C /usr/local -xzvf ~/freesurfer-Linux-centos$ver-stable-pub-v5.3.0.tar.gz
#
# --- corregge un bug nel file di configurazione di FreeSurfer ---
#
sudo cp /usr/local/freesurfer/SetUpFreeSurfer.sh /usr/local/freesurfer/SetUpFreeSurfer.sh.originale
sudo sed -i "s%/stable5%%" /usr/local/freesurfer/SetUpFreeSurfer.sh
#
# --- installa le dipendenze mancanti su *ubuntu ---
#
sudo apt-get install -y tcsh libjpeg62-dev
#
# --- configura le variabili di ambiente per la shell ---
#
echo -e "export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer\n. \$FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh" >> ~/.bashrc
#
# --- crea il file con i dati della licenza ---
#
sudo nano /usr/local/freesurfer/license.txt
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devi dare più dettagli che puoi su quello che hai fatto e gli errori che si verificano, altrimenti ti possiamo soltanto compatire, aiutare sicuro norai [url=http://forum.ubuntu-it.org/viewtopic.php?p=4883775#p4883775][img]http://forum.ubuntu-it.org/images/icons/icona-cita.gif[/img][/url] ha scritto: In caso di errori, copia dal terminale TUTTI i comandi che hai dato e TUTTO quello che ti è uscito e riportalo qui incollandolo in una risposta tra i tagche ottieni premendo il tasto "Codice" prima di incollare il tuo testoCodice: Seleziona tutto
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cat $HOME/.bashrc
l'idea era di eseguire i comandi esattamente come te li ho scrittiP.S. Ho provato a fare tutto da capo mettendo i tuoi comandi, volevo capire la terza riga come la devo modificare?
Io alla fine non ho dovuto usarlo nel mio lavoro e ho utilizzato altri due programmi moto validi nell elaborazione delle immagini di risonanza magnetica che sono ITK-Snap ed FSL. Io non molto tempo fa ho installato freesurfer su una beta di ubuntu 16.04 quindi il problema non penso sia la distribuzione ma qualche passaggio inesatto comunque questa sera vedo se riesco a fare una piccola guida di installazione.connectoma [url=http://forum.ubuntu-it.org/viewtopic.php?p=4883950#p4883950][img]http://forum.ubuntu-it.org/images/icons/icona-cita.gif[/img][/url] ha scritto:Grazie per l'aiuto, ma purtroppo non riesco, ad installarlo neanche così; il sistema operativo è ubuntu 16.04 LTS X64, l'estrazione l'ho già effettuata con successo, adesso la cartella i trova in usr/local/freesurfer.
Per caso devo creare altre cartelle al suo interno, ho letto più volte FREESURFER_HOME, cosa sarebbe?
Grazie mille sei molto gentile.
P.S. Ho provato a fare tutto da capo mettendo i tuoi comandi, volevo capire la terza riga come la devo modificare?
Ho realizzato una piccola guida nel primo post spero possa essere d'aiuto. Nel caso incontri ancora problemi fai riferimento ai passaggi che ti creano problemiconnectoma [url=http://forum.ubuntu-it.org/viewtopic.php?p=4883950#p4883950][img]http://forum.ubuntu-it.org/images/icons/icona-cita.gif[/img][/url] ha scritto:Grazie per l'aiuto, ma purtroppo non riesco, ad installarlo neanche così; il sistema operativo è ubuntu 16.04 LTS X64, l'estrazione l'ho già effettuata con successo, adesso la cartella i trova in usr/local/freesurfer.
Per caso devo creare altre cartelle al suo interno, ho letto più volte FREESURFER_HOME, cosa sarebbe?
Grazie mille sei molto gentile.
P.S. Ho provato a fare tutto da capo mettendo i tuoi comandi, volevo capire la terza riga come la devo modificare?
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