Puoi usare il secondo metodo, creando una partizione di /boot su uno dei due dischi IDE, risolvendo per sempre il problema.
Quella scheda ha ben due rilasci Bios che risolvono problemi con gli hard disc sata, non uno.
Non ha problemi perchè è anziana, ma perchè alla asus fanno sempre qualche errore, e non conviene comprare schede asus, se non si è disposti i primi due anni ad aggiornare il bios ogni 2 mesi, per la mia finalmente da 6 mesi non rilascia più nulla.
Io mi sono limitato a tradurre in italiano l'errore, visto che hai detto di avere qualche problema con l'inglese.
Qualsiasi cosa fai ti augoro buona fortuna.

In ogni caso, ti faccio presente qualcosa di importatnte:
Hai 2 hard disc in Ntfs, che senza windows non puoi deframmentare, quindi sei costretto a portarli in ext3, o un filesystem gestibile da Ubuntu.
I dati da live cd li puoi spostare copiare e farci cosa vuoi, nel frattempo che con gparted (si trova sul livecd) crei ed elimini partizioni, e sei hai problemi basta aprire nautilus come root da terminale $ sudo nautilus .
Dopo che hai cambiato le partizioni, al riavvio avrai problemi con fstab, visto che gli mancherà qualche partizione, o i blocchi di inizio/fine di un'altra saranno cambiati.
Per fare lo scandisk $ fsck /dev/sdXY
naturalmente il disco deve essere smontato, e se non ci hai cliccato sopra lo è, se no $ sudo umount /dev/sdXY
Non mi resta che augurarti buona fortuna. :)
Il bios si può aggiornare con un dischetto floppy, senza alcun sistema operativo, basta mettere il pc sotto gruppo UPS per evitare il peggio, poi fa tutto in automatico, e non ci sono altri rischi oltre quello dell'interruzione dell'alimentazione, visto che quasi tutte le schede madri hanno nel bios una opzione per prendersi le informazioni per riscrivere la eprom.