anche l' hd esterno è in fat32? non penso senno non potresti metterci file più grossi di 4 GB, quindi stai copiando un qualcosa da un file system fat32 a NTFS, considerando poi NTFS non è predefinito di linux e usa un driver fatto da reverse engineering ci sta sia più lento.
Se usi solo linux potresti mettere l' hd esterno in ext. Se invece vuoi continuare ad usarlo anche su un eventuale windows purtroppo c' è poco da fare, potresti provate in fat32 ma poi non ti ci vanno i file più grossi da 4 GB. Non so se Fat64 sia "open souce" come formato.
Comunque penso sia un problema del driver ntfs-3g, ma non saprei cosa altro consigliarti, non sono così esperto di FS purtroppo

