Lo si fa per risparmiare sul tempo di compilazione. Spesso si sceglie di dividere un pacchetto sorgente in più pacchetti binari per "isolare" il codice da compilare (le applicazioni) dai file di dati (immagini, musica, documenti, e così via). Più in generale lo si fa per dividere i pacchetti che necessitano di essere compilati su tutte le architetture (quelli scritti in C, per esempio) da quelli indipendenti (quelli in python o perl, tra i tanti).
Dividere è bene, esagerare è male: una delle cause di rifiuto da parte degli archive-admins o ftpmasters è la suddivisione in troppi pacchetti senza un valido motivo: se i vari pacchetti sono davvero molto piccoli e si poteva tranquillamente fare con un singolo pacchetto binario, il tutto viene scartato: le dimensioni contano, in questo caso

Per quanto riguarda la creazione, occorre inserire i dati necessari nel file
debian/control e modificare opportunamente il file
debian/rules e correlati (i vari install, docs, links, e così via).
Qui c'è un esempio pratico, molto semplificato ma efficace per comprendere le basi.