Allora, non so esattamente come, visto che i nomi dei dispositivi sono dati a cacchio, ma sono riuscito a registrare qualcosa nel modo seguente:
- clic sull'icona del volume nell'area di notifica
- clic sul pulsante Regolazione volume
- nella finestra che si apre, scelto HDA Intel (Alsa Mixer) nella casella Dispositivo (che poi era quello già scelto di default)
- clic in basso su Preferenze
- attivate le spunte alle voci Cattura, Cattura 1 e le due Input Source
- chiuso il dialogo preferenze, nella finestra iniziale sono comparse due nuove schede
- nella scheda Opzioni scelto Front Mic per la casella Input Source
A questo punto, provando a registrare senza microfono esterno, pare funzionare.
Certo, rimane personalmente il dubbio del perché ci siano due voci Cattura e due voci Input Source, come eventualmente distinguerle e se, una volta messo il microfono esterno registra anche da lì, ma sono troppo sconvolto da quello che ho scoperto per continuare

PS speriamo che nella 9.10 con la gestione di questa "robba" demandata completamente a PulseAudio, le cose diventino più semplici, così come promesso da Bastien Nocera e così come dovrebbe essere disponibile su Fedora 11