Spettri infrarossi

[blackmaria]

mi piacerebbe sapere se esiste qualche programma per poter leggere ed elaborare spettri infrarossi. Non importa quale formato riesca a leggere ma comunque almeno uno dei più diffusi (jkemp, nicolet, perkin elmer, grams o bruker) (estensioni *.dx, *.spa, *.sp, *.spc).
anche perchè la gestione degli spettri ir è una dell'ultime cose che vincola ad una partizione xp.
qualcuno ne sa qualcosa?

[reahel93]

Ciao!
Non sono cercto che sia quello che ti serva, ma prova a darci un occhio

https://help.ubuntu.com/community/IrdaHowto

http://irda.sourceforge.net/smcinit/

[blackmaria]

grazie ma i tuoi link si riferiscono a come supportare la comunicazione infrarossi mentre io cerco un programma che legga ed elabori spettri nel medio infrarosso registrati dai software (tipo opus nel caso degli strumenti bruker o omnic nel caso di strumenti nicolet) che gestiscono gli spettrofotometri
cmq grazie

[reahel93]

http://sourceforge.net/projects/spectratools/


Ad ogni modo, se giá non l'hai fatto, prova a cercare sempre in questo sito: la maggior parte dei progetti linux li vedo quasi sempre passare da li, oppure dovresti dare un occhio in qualche centro di ricerca universitario, a volte rilasciano software GPL (ni ho visti alcuni di astronomia e di biologia molecolare).

Buona ricerca!

PS

Ho trovato anche questo link che misembra interessante http://www.redbrick.dcu.ie/~noel/linux4chemistry/

[blackmaria]

grazie rehael il primo link è interessante perchè è un programma che estrae dai file la coppia numero d'onda/assorbanza e quindi permette successivamente di plottarsi il grafico in qualsiasi programma
è che spesso serve qualche feature in più per interpretarli correttamente
il secondo link lo avevo già trovato e sto picchiando la testa per far funzionare chemsuite
molte grazie

[reahel93]

Che problemi ti dá chemsuite?
Problemi nell'installazione?

(... mi hai risvegliato ricordi dai laboratori di chimica e di biologia...:) )

PS

Credo di aver capito che problemi ti dá...

Codice: Seleziona tutto

configure: error: Qt (>= Qt 2.2.2) (headers and libraries) not found. Please check your installation!

Se reisco a risolvere posto... ciao!

[reahel93]

Ne ho provate di tutti i colori, ma senza risultato. Ho provato a fare girare qt 2.2 vecchi, trovati da una distro red hat, ma li ho compilati con alien per ubuntu... niente. Gli headers non me li compilava.
Ho provato a rinominare cartelle, a copiarle nei percorsi che cerca l'installer(chiamiamolo cosí)... ma niente.
Cosí compila i vari file *.h, ma si blocca con un altro errore... si accorge che non é la versione di qt che vuole.
Ho provato a compilare i sotto-programmi, ma sempre lo stesso errore.
Ho scaricato con synaptic vari pacchetti -dev e librerie, ma niente. Ad esempio libpoppler-qt2_0.10.5-1ubuntu2.2_i386.deb, e sistemate le dipendenze... niente... solito errore.
Penso che o contatti qualcuno dal sito del progetto, che vedo fermo da un pó, che magari ti sappia dare qualche dritta, o consigliarti qualche altro programma, o riesumi qualche vecchia distro, che supporta qt2 ...
Faccio qualche altra prova...

Edit

Non ci sono riuscito, neanche con la vecchia intrepid. Ho fatto un prova con debian ma niente, con la slack non só come fare...
Neanche con i link simbolici ho risolto,... non só proprio che pacchetti possano essere, o da dove reperirli...

[Bergoglio]

Non per scoraggiarvi, ma ho paura che ne caverete ben poco perché la compatibilità tra le Qt 2.2 e le attuali 4.3, 4.5, 4.6 è decisamente scarsa.

Quindi la soluzione potrebbe essere di provare a fare una compilazione statica, ovvero rinvenire una versione di Qt 2.2, compilarla e renderla esclusivamente disponibile a Chemsuite. Ovvio che questo è contrario ai principi Unix e, cosa decisamente più importante, bisogna mettere mano al codice sorgente per modificarlo in modo che non esegua delle chiamate generiche al sistema altrimenti continuano a rispondere le Qt più nuove ( detto molto alla scarpona ).

[reahel93]

Grazie Bergoglio... era piú o meno quello che mi immaginavo, anche senza alcune tue precisazioni, come le chiamate generiche al sistema... Non ho le conoscenze tali per fare un lavoro del genere e per il poco che ne comprendo si pasticcierebbero un pó le cose nel sistema. A questo punto sarebbe sensato modificare il sorgente per farlo girare con le qt nuove... altra cosa che non só fare, o mettere davvero una partizione a parte dedicata a questo servizio, magari anche in macchina virtuale, con solo le qt vecchie installate (vale la pena peró? In fondo il progetto é pure fermo da un pó...).
Ho trovati altri progetti analoghi interessante, ma che sono stati tolti da internet(mi sfugge la parola corretta)...discontinuati(?)...cmq progetti abbandonati.

Continuo a dare un occhio in giro, solo per imparare qualcosa di nuovo e perché sono testardo.

Ho trovato un link su ubuntu-es.org, che dovrebbe parlare di questo problema con chemsuite, ma non riesco a connettermi, non só perché. É da molto che ci provo. Anticamente (4 o 5 mesi fá) mi visualizzava la pagina ognitanto... credevo fosse qualche problema di traffico (vivo in america latina, un sito in spagnolo mi immagino sia frequentato da tantissime persone...).

Da qualche giorno mi dá una schermata di errore login MySQL server, ...dalla iconcina ha a che fare con Drupal.
Non só se é necessaria una qualche tipo di iscrizione o il sito lo stanno rinnovando e il problema é momentaneo, e non é accessibile ai visitanti...

http://www.ubuntu-es.org/?q=node/93646

[Bergoglio]

Ho visitato la pagina che dici, non ho problemi di visualizzazione.

Veniamo al contenuto.

Lo spagnolo non lo conosco quindi ho capito si e no una riga ogni 3, comunque mi pare che non diano una soluzione.
Ho però compreso bene il man del configure per chemsuite lì riportato perché è in inglese; secondo me dovresti cercarti da Debian un pacchetto delle vecchie Qt 2.2, installarlo, scoprire in quale cartelle vengono posizionate, controllare con update alternatives che il sistema non abbia deciso di abbandonare la via del progresso (  che il sistema continui ad utilizzare di default le Qt più recenti ! ) e poi compilare specificando il posizionamento delle Qt 2.2 con le opzioni --with-qt-dir=DIR  --with-qt-includes=DIR  --with-qt-libraries=DIR  .
Non è semplicissimo ma neanche difficile. Bisogna solo valutare se ne vale la pena......

[reahel93]

Grazie. Bergoglio sei un mito !

Lo spagnolo lo conosco benino, ma sai che anche ora non mi lascia caricare il sito in questione?
Che ci sia un blocco per noi extra-comunitari acquisiti? Ostracismo? Spagna é stanca del sud-america?
Neanche sugli altri pc di casa funziona...

Vediamo, quasi faccio un tentativo seguendo le tue indicazioni... ho una voglia di imparare cose nuove...
Magari lavoro su virtual box,... per non incasinarmi il sistema...
Ho provato a contattare i prof. del progetto... mail rimandate in dietro... in fondo é dal 2001 che tutto é fermo.
Si diciamo che se riesco nell'impresa mi auguro il prog valga la pena... sicuro che posto in giro come ho fatto... hahahahahah!

Ciao!

[blackmaria]

ma supergrazie a tutti!!
non volevo scatenare sto marremoto
cmq ho trovato la versione linux di un programma corporate http://www.brukeroptics.com/downloads.html
ma anche questo mi da problemi di installazione
nel senso che lo installa correttamente ma non parte (non crea il gruppo e altre cosette cui sto cercando di metter mano)
il file è un rpm che ho convertito con alias come suggerito ma senza --scripts dite che potrebbe essere quello?
ora lo disinstallo e lo reinstallo dopo averlo aliasato come suggerito
la casa madre (gentilissimi) mi ha anche mandato il cd di installazione peccato che non installasse solo il programma opus ma pure hardy...

[blackmaria]

installato con il nuovo .deb
situazione migliorata ha creato l'icona sotto graphics e fatto tutto con i gruppi
peccato non parta cliccandoci sopra
lanciandolo con opus_louncher.sh mi dice:

Removing .UTF-8 from your locale settings
NOTE: Setting maximum memory ulimit to be used by OPUS to 384MB.
Starting OPUS (via /usr/bin/opus_launcher.sh) and sending log to /home/blackmaria/opus.log
e basta torna alla riga di comando

[Bergoglio]

@ blackmaria

1) Forse più che alias si chiama Alien.....

2) Non ho capito molto bene cosa hai scritto, comunque se ti hanno risposto ( ma non c'è da qualche parte un file "readme" ? ) di usare l'opzione --scripts direi che si tratta di qualcosa fondamentale ( l'opzione --scripts include anche gli script nella conversione, probabilmente sono quelli che gli servono per creare il gruppo etc. )

3) Ogni tanto proviamo a buttare un occhio alla punteggiatura, io sicuramente non sono un campione in merito ma cerco di prestarci attenzione. Anche perché la mia età avanza, aumentano le mie difficoltà a comprendere ed ormai linguaggi di tipologia SMS attestano la mia non appartenenza alle giovani generazioni   

[Bergoglio]

Posta il contenuto del file opus.log ( si apre con un semplice editor di testo tipo Kate o Gedit ), vediamo cosa dice...

[reahel93]

Ma vedo che progressi sulla questione... E con un programma di questo secolo ...

Non ho risolto nulla invece per Chemsuite... mi segna anche un errore di compilazione dicendo che non trova /usr/bin/ld che é dal pacchetto di compilazione libc6-dev che é perfettamente installato e l'ho giá usato per compilare altre cose.
Che serva un compilatore piú datato?

Direi che rinuncio alla cosa, piú che altro non ne vale la pena, come disse la volpe all'uva....hahahhahahahahahah!

Ad ogni modo ho scoperto un pó di cose nuove, anche se me rode non essere riuscito a compilare ...

@ blackmaria dai che ci sei quasi... come dice il saggio e piú giovane di me Bergoglio, credo che il problema sia solo di digitazione di comandi... gli alieni non só se esistono, ma sono permalosi...ahahaha

Edit

Rinuncio. A volte é saggio... ahahahaha Un macello pure con le dipendenze etc per un progetto poi che non é piú supportato...

[Sevin]

stavo cercando altre cose (un sw per analisi dati che analizzi sono alcune righe e non tutte) e guardando le caratteristiche di fityk (installabile dai repo con un semplice sudo apt-get install fityk) c'è scritto:

Supported filetypes
text
ASCII format, at least two numbers in each line
htext
Similar to text, but the first line contains title
MCA
Spectral data stored by Canberra MCA systems
RIT
RIT format used by DBWS (the program for Rietveld analysis)
CPI
Sietronics Sieray CPI format
BrukerRAW
Simens-Bruker RAW format (version 2)

credo che fare una prova non sarebbe male nè troppo difficile

[blackmaria]

il file opus.log mi dice:
./opus: error while loading shared libraries: libcurl.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
ora mi dedichero a cercarle o dirgli dove sono se già presenti o installarle
quello che confusamente ieri ho cercato di dire è che prima di quello ho dovuto settare lc_numeric come "C" e settare il gruppo opus perchè potesse accedere alla directory di lavoro e dire che l'utente anche non root appartiene al gruppo opus
per quanto riguarda l'altro programma proverò a darci un occhio ma temo che l'estensione .raw bruker sia quella degli spettri NMR

[reahel93]

Per l'estensione, al massimo potresti sempre vedere se c'é un qualche programma di conversione che non ne perda significativamente la qualitá, o qualche filtro... oppure fare una ricerca di un programma partendo dal tipo di esensioni che devi analizzare

Trovata la libreria in questione?

[Bergoglio]

La libreria in questione è contenuta nel pacchetto libcurl3 se sei in architettura 32 bit, altrimenti in architettura 64 bit il pacchetto è ia32-libs.
Una volta installato il pacchetto la posizione di cotesto file è /usr/lib/libcurl.so.3 per architettura 32 bit e /usr/lib32/libcurl.so.3 per architettura 64 bit.
Fai attenzione perché in Hardy 64 bit la libreria in questione sembra essere sparita per poi riapparire in Intrepid 64 bit.