Gnome Color Chooser serve solo per i colori di sistema, quindi se non hai problemi con gli altri programmi di Gnome lascia pure predere.
Usa come cavia Gegit per fare prove con Gnome Color Chooser, al limite, mettendo la spunta sulle voci del menù e osservando dove appare il colore selezionato quando clicchi su Applica.
Alle volte, per capire, è più semplice provare a fare qualcosa invece che tornare qui a chiedere.
Comunque è uno strumento che, con Firefox, ti servirà a poco o nulla.
Con Firefox ti serve l'estensione Stilish, che... un attimo che controllo... si, è felicemente aggiornato per Firefox 3:
https://addons.mozilla.org/it/firefox/addon/2108
Con quello risolvi il problema dell'idiosincrasia di Firefox verso i temi scuri.