Tanto per la cronaca, identico problema con l'orologio.
Credo sia una noia di natty... perchè mi sembra strano possa succedere a tante persone.
Comunque per il riavvio del pannello, potete crearvi un lanciatore su di esso (che poi potete usare per qualsiasi altra applicazione) con il comando xkill, dategli una bella icona a vostro piacere (io uso un teschio) e poi, se cliccate sopra il cursore diventa a croce, e qualsiasi cosa tocchiate con esso (cliccandoci sopra) viene chiusa di botto.
Torna buono se fate esperimenti come me e spesso impallate qualcosa.
PS: nel caso specifico del pannello gnome, esso si riavvierà poi automaticamente.