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Non ho capito a cosa serve. Ho provato a mettere il flag sulla partizione sda11 dove ho Intrepid (con grub installato nella partizione) e non succede niente, cioè parte il grub di Hardy che è in Hd0.

La partizione dove hai messo il flag è primaria? (e non estesa)

oltre ad essere  "bootable" ?

esempio:

Disk geometry for /dev/hda: 0.000-9765.492 megabytes
Disk label type: msdos
Minor    Start      End    Type      Filesystem  Flags
1          0.031    101.975  primary  ext3        boot
2        101.975    611.850  primary  linux-swap 
3        611.851    760.891  primary  ext3       
4        760.891  9758.232  extended              lba
5        760.922  9758.232  logical  ext3       

inizialmente il flag era su sda1 primaria di win, poi per prova l'ho messo su sda11 (ovviamente logica essendo la undicesima)

Allora è chiaro che non funziona!

non mi hai dato una grande spiegazione, il flag sulla sda1 non c'è più e il boot avviene ugualmente. A quanto pare il flag non serve a niente.

Non ci sarà il flag ma rimane comunque la partizione promaria che per primo il sistema riconosce all'avvio.

http://kerneltrap.org/node/6033

La conclusione è quindi che il flag non serve a niente, forse è rimasto per compatibilità con vecchi sistemi.

Diciamo che è un dato di informazione non essenziale o, comunque, non vincolante. La priorità è nella tipologia della partizione.