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Sì, per programmi così pesanti devi per forza usare fglrx, il driver open non è ancora abbastanza potente!

Sì intendo CTRL-ALT-BACKSPACE: ogni tanto mi ha anche funzionato, ma non sempre e non ho mai capito bene perché :P

Uhm se badblock inizia a trovare blocchi danneggiati non è un buon segno!! Non stai usando l'opzione -w vero? Perché con -w cancelli tutti i dati presenti sulla partizione!

Se non ce l'hai installato, installa smartmontools: ti permette di controllare la salute dell'HD usando i sensori SMART integrati in tutti gli HD non troppo vecchi!

61 blocchi danneggiati, e uno sta proprio sotto ntpd.
Ecco spiegati i rallentamenti.

no certo che no. Ho bootato da una live, e ho usato:
e2fsck -c -c -k -f -v /dev/sdaX

In effetti è il caso che monitori lo stato SMART del mio disco. Se i settori danneggiati cominciano ad aumentare, e meglio cambiarlo.

visto che molti mi sono stati di molto aiuto, cerco di contraccambiare e a beneficio di tutti, posto cosa ho fatto io per sistemare l'HDD:

quando ho eseguito e2fsck con il check superficiale, mi ha trovato diversi blocchi danneggiati. Poi quando fa il check logico, sposta i blocchi danneggiati in altre parti libere del disco in modo da marcare i blocchi guasti e non usarli +.
Se qualcuno di quei blocchi era allocato a dei file o a degli inode, in questa fase chiede delle conferme all'utente, io ho risposto sempre y, però mi sono segnato quali file erano danneggiati. Erano:
/usr/sbin/ntpd
/usr/share/fonts/X11/75dpi
A quel punto i file spostati sono sicuramente danneggiati, perchè letti da settori rotti. Allora per riinstallarli ho cercato con synaptic inserendo il path/file nella casella cerca per scoprire in quali pacchetti fossero compresi (beh per ntpd era banale). Poi per forzare il riscaricamento e riinstallazione ho fatto:

logout
CTRL-ALT-F1
login da root
init 1
apt-get purge ntp
apt-get install ntp

per xfonts-75dpi richiede di rimuovere + di 1 pacchetto. Allora meglio usare:

apt-get clean xfonts-75dpi
apt-get install --reinstall xfonts-75dpi

infine:
init 6
(init 5 o startx non funzionavano)