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Da tempo ormai uso la stessa struttura di partizioni per le installazioni di ubuntu.

partiz.1        root
partiz.2        home
partiz.3        swap

Quando cambio versione di ubuntu preferisco reinstallare per fare pulizia dei casini che faccio durante i sei mesi. Visto però che giocherello con impostazioni, temi, ecc, parto dalla live di ubuntu, monto la home e CANCELLO TUTTI I FILE escluse le cartelle che contengono i miei dati. Per tutto intendo che elimino anche tutti i file nascosti. Questo però ho notato che genera dei fastidi. Tutte le impostazioni di base del terminale (come per sempio la funziona di autocompletamente con il tasto TAB) non esiste, tanto meno l'opzione che colora automaticamente le cartelle nel terminale rispetto ai file.

Come posso rigenerare queste configurazioni? In altre parole, come posso sapere che file ubuntu installa nella cartella home di default?

Certi file vengono creati quando crei un utente (~.bashrc per esempio), altri al primo avvio della applicazione. La tua soluzione è troppo drastica, devi capire quale configurazioni tenere e quali no. Io ho la stessa home compresa file nascosti da anni, quando una applicazione crea problemi rimpiazzo solo le sue impostazioni dal backup.