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Salve
Ho necessità di tenere attive queste due schede video, probabilmente bisogna informare il sistema su quale sia la principale perché ogni volta che tento di avviare non raggiungo il desktop.

Ho appena provato anche sulla mia macchina, GTX 950 + HD 4600, avviando il sistema si blocca, non solo, disabilitando dopo il blocco l'integrata il sistema rimane irrimediabilmente corrotto.

Con una video per volta nessun problema.

Ho disinstallato i Driver Nvidia e il problema non si presenta, posso tenere attive le due schede, quindi immagino che dovrei fare un xorg.conf per i driver Nvidia che informi il sistema su quale sia il dispositivo primario.

Usando poco Linux non so nemmeno se xorg.conf si usa ancora...

Ti passo quanto ho potuto apprendere su queste ultime GPU Nvidia, tenendo comunque presente che le cose possono cambiare da caso a caso.
Purtroppo non dai alcuna indicazione della versione di Ubuntu con cui lamenti i problemi, sarebbe stato d'aiuto saperlo.
Fino alla versione 16.04(forse anche 16.04.1) l'installazione di Ubuntu con queste schede solitamente non richiedeva parametri di avvio particolari, dalla 16.04.2 e successive(compresa la 17.04 che sta per uscire) necessita invece selezionare il parametro "nomodeset" all'avvio della live, parametro che l'installer provvede, in caso si proceda con l'installazione, ad inserire nel file /etc/default/grub.
Per GPU come la 1070 bisogna anche fare attenzione alla porta di connessione del monitor perché si è visto che a volte la HDMI non è supportata dalla live, quindi conviene, all'avvio di questa collegare il monitor in DVI, rimettendo in HDMI una volta installati i driver proprietari.
Gli ultimi driver Nvidia implementano la tecnologia Optimus, ovvero gestiscono la "grafica ibrida" costituita da GPU integrata e GPU aggiuntiva, e la selezione della scheda da utilizzare viene fatta in automatico, e non necessita perciò più l'uso di "Bumblebee", progetto che tra l'altro credo abbandonato.
Quanto sopra è in linea di massima come stanno le cose per Ubuntu e derivate con la grafica ibrida, però come ho detto i casi particolari, dove entra in gioco anche la MoBo, possono benissimo non mancare.

Ciao e grazie per la risposta, il problema c'è "sempre" stato, ogni volta che mi dimenticavo di disabilitare la video on board con Nvidia Driver avevo il problema.

Versioni attuali (ma lo faceva anche con le precedenti) 14.04.5 16.04.2, Optimus riguarda più il discorso notebook, in ogni caso Nvidia lo installa.

Tempo fa a avevo visto fare una configurazione xorg che informava il sistema sulle schede.

Section "ServerLayout"
Identifier "layout"
Screen 0 "nvidia"
Inactive "intel"
EndSection

Ho provato questa ma senza risultato...

Forse dovrei usare la sezione "Screen":

Section "Screen"
Identifier "name"
Device "devid"
Monitor "monid"
SubSection "Display"
Depth depth
Modes "mode-name" "mode-name2" "..."
EndSubSection
EndSection

Oppure:

Section "Device"
Identifier "Card A"
Driver "nvidia"
BusID "PCI:1:00:0"
EndSection

Section "Device"
Identifier "Card B"
Driver "nvidia"
BusID "PCI:2:00:0"
EndSection

Il discorso Optimus riguarda non solo i notebook, ma tutti i PC con doppia GPU, integrata + aggiuntiva.
Tempo fa ad avere questa tecnologia erano quasi solamente i notebook(risparmio di energia), mentre oggi è invalso l'uso tra i vari produttori di dotare quasi tutte le MoBo con chipset H/Z 170/270(solitamente quelle non di alta gamma e vendute per Gaming) di GPU integrata(mai di elevatissime prestazioni), costringendo l'utente desideroso di potenziare la grafica, ad avere una doppia GPU, con i relativi problemi. Però vedo che al momento, salve qualche caso tutti questi problemi neanche ci sono.
La configurazione manuale dell'xorg, come dici, era roba di "tempo fa", ora il file /etc/X11/xorg.conf normalmente non lo trovi neanche più e la sua creazione manuale, associata ai driver proprietari, porta per lo più ad inchiodare il sistema.
Prova ad affrancarti dai vecchi cliché ed a lavorare inizialmente sui parametri di avvio, le cose rispetto a tempo fa sono un po' cambiate e se non ti affidi ai driver proprietari(sempre scarsi purtroppo per Linux) con quella "potente" 1070 ci fai poco.

Si, sul desktop "forse" la differenza e che io posso e faccio il boot da Nvida... Xorg allora non sto nemmeno a perdere tempo, grazie per la info, senza driver Nvidia non ci sono problemi ma nemmeno le prestazioni.

Fatta una prova sulla mia macchina e con i Nouveau, non ci sono problemi, al contrario si pianta e devo addirittura reinstallare:

00:02.0 VGA compatible controller: Intel Corporation Xeon E3-1200 v3/4th Gen Core Processor Integrated Graphics Controller (rev 06)
01:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GM206 [GeForce GTX 950] (rev a1)

Dite che con 2 schede Nvidia avrò lo stesso problema o forse no...