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Come da titolo ho recuperato con photorec tutte le immagini da un mio hd esterno ed ora mi trovo con migliaia di immagini minuscole inutili.
Ho riscontrato che sotto i 50kb sono solo thumbnail ergo vorrei chiedere se c'è modo di eliminarle da shell con uno script o un comando apposito grazie.

Se poi ti trovi con le immagini da cancellare aggiungi -delete Il meno davanti alla dimensioni indica che verranno cancellati i file con dimensione fino a 51 kilobyte estremo escluso.
Per maggiori informazioni dai Di meglio non saprei fare perché non conosco la bourne (again) shell. È solo un trucchetto che mi è tornato utile per eliminare file prodotti dal compilatore.

si ma a me serve cancellare solo quelli in una determinata cartella che ne contiene tante altre (cartelle in cui ci sono i jpg)

No, è ricorsivo, trova e cancella file anche nelle sottodirectory, per questo è meglio se prima provi senza -delete.
Se vuoi che cancelli file anche con altre estensioni, puoi fare una cosa del genere, dalla directory contenente file e sottodirectory:
prima provare con poi

ok mi sono spostato direttamente nella cartella grazie mille

Puoi usare -mindepth 1 -maxdepth 1