lanciare script perl da script bash
Inviato: mercoledì 15 marzo 2017, 15:43
Salve ragazzi, sono nuovo del gruppo e approfitto per salutare ttutti i partecipanti.
Avrei un problemino da risolvere e nello specifico ho un script perl chiamato cds_extractor il quale processa un file di testo di tipo .gbk estraendone alcuni campi che vengono scritti in un nuovo file con estensione .faa
il lancio dello script avviene nel seguente modo
perl cds_extractor.pl -i nome_file.gbk -p
dove -p è una opzione che è necessario fornire per far si che lo script estragga solo alcuni tipi di campi del .gbk. Fornire tale opzione è obbligatorio.
Volendo far lanciare lo script perl da uno script bash ho creato il file extractor.sh:
#!/bin/bash
perl cds_extractor.pl -i nome_file.gbk -p
lanciando lo script bash lo script perl viene correttamente eseguito ma l'opzione -p non viene letta come opzione e lo script si interrompe dando errore e chiedendomi di specificarla.
Come posso risolvere??
Avrei un problemino da risolvere e nello specifico ho un script perl chiamato cds_extractor il quale processa un file di testo di tipo .gbk estraendone alcuni campi che vengono scritti in un nuovo file con estensione .faa
il lancio dello script avviene nel seguente modo
perl cds_extractor.pl -i nome_file.gbk -p
dove -p è una opzione che è necessario fornire per far si che lo script estragga solo alcuni tipi di campi del .gbk. Fornire tale opzione è obbligatorio.
Volendo far lanciare lo script perl da uno script bash ho creato il file extractor.sh:
#!/bin/bash
perl cds_extractor.pl -i nome_file.gbk -p
lanciando lo script bash lo script perl viene correttamente eseguito ma l'opzione -p non viene letta come opzione e lo script si interrompe dando errore e chiedendomi di specificarla.
Come posso risolvere??