Innanzi tutto, faccio girare Compiz (cmq gli effetti desktop) a 16bit (per via della scheda grafica ATI), quindi con java, come ho letto in parecchi post, ho avuto dei problemi utilizzando la GUI Swing (il fatto che non si vedano le componenti grafiche, anche se comunque sotto ci sono). Ho letto che c'è una soluzione per questo problema, solo che, utilizzando qualche programma con GUI (usando specialmente il L&F Metal con o senza bordi Metal nelle finestre, e con Compiz attivato prima, durante e dopo la creazione di tali finestre) il problema non c'è, senza che io abbia installato quella patch per risolvere il problema. Ma in alcuni casi il problema persiste.
L'altro problema riguarda probabilmente il classpath. Praticamente, quando dentro un programma faccio riferimento ad una risorsa tipo "archivio//materiale.data", insomma faccio qualche operazione I/O su file, il programma non trova il percorso e quindi non esegue l'operaione (questo facendo partire o il JAR dandogli il suo percorso, oppure da sorgente sempre dando il percorso del file principale). Mentre se mi posiziono nella cartella in cui c'è il JAR oppure da sorgente nella cartella in cui c'è il file principale, ed eseguendo il programma da lì, funziona correttamente. Il problema non c'è quando compilo i programmi (almeno per i sorgenti).
Infine vorrei sapere cosa installano di preciso questi pacchetti presenti nei repository (quelli proposti dalla guida):
sun-java6-bin
sun-java6-jre
sun-java6-jdk
Nel caso avessi fatto un pò di casino, sono disposto reinstallare tutto.sun-java6-plugin
Grazie anticipatamente.

