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Mi spieghereste praticamente come fa un rootkit a prendere il controllo del computer senza che noi ce ne accorgiamo? E' contenuto all'interno di qualche programma al quale diamo la password root per installarlo? Davvero è in grado di mangiare i file e l'intero hd? Qual è il reale rischio di infettarsi?

Su linux?
Mhhhh!
E' davvero difficile, l'unica è avviarsi da script, ma gli script che esegui sono VISIBILI e li puoi controllare quindi molto poche.

qua una descrizione (in inglese)
http://en.wikipedia.org/wiki/Rootkit

Qual è il reale rischio di infettarsi?

su un pc per uso desktop, basso, molto basso.

Dato che dipendono da vulnerabilità, basta che scarichi gli aggiornamenti di sicurezza.