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Ho un server configurato con vari servizi che girano. Con webmin vedo che la mia lista utenti è piena di servizi vari:
Daemon
bin
sync
sys
list
irc
gnats
e altri ancora...

è consigliabile eliminarli lasciando solo root e utente? mi spiegate a cosa servono?

Sono utenti utili a far girare un sacco di processi. Visto che è insicuro far girare come root dei processi che non necessitano dei permessi root, l'installer crea solitamente un utente apposito sotto il quale gira il demone in questione.
Assolutamente non cancellarli. Se vuoi più informazioni, e se vuoi capire come funziona un sistema linux, google is your friend.