Bioinformatici su Ubuntu

[korda]

https://help.ubuntu.com/community/UbuntuScience/Biology

UbuntuScience/Biology (l'ultima modifica è del 2013-12-14 12:01:57, fatta da knome)

Credo che occorra aggiornarsi un poco. Io sono a disposizione se serve un poco di documentazione...


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Link alla pagina di prova Scienza/AppBiologia

[wilecoyote]

Salve, vediamo se ho capito bene, stai proponendo di creare una wiki in cui listare i software scientifici disponibili ?

Se è così sei fuori sezione, e sbagli pure approccio.

La sezione in cui proporre una nuova wiki è la Gruppo Documentazione, quanto all'approccio potresti cominciare col creare una pagina di prova, in cui caricare una versione tradotta in italiano della wiki internazionale.

Poi si vede il da farsi.

In caso confermi provvedo a richiedere lo spostamento di questa discussione nell'appropriata sezione.

Ciao

[korda]

Non ho la pretesa di editare una pagina wiki, non ne ho le competenze. Dico solo che quella pagina, e i relativi tool proposti, sono un pochino datati.

Se c'è la voglia e lo spirito di aggiornare ben venga. Il mio contributo potrebbe limitarsi a suggerire tool più recenti, considerato che Linux, nelle sue varie declinazioni, è il sistema di riferimento per i bioinformatici (e Ubuntu, in particolare, è un approccio molto usato in ambito accademico).

Se ci sono le premesse, @wilecoyote, direi che si potrebbe certamente spostare di sezione questa discussione.

[wilecoyote]

) Salve, dell'editazione non preoccupartene, per le sistemazioni semantiche e di forma c'è il GruppoDoc.

Però in questi giorni sono in mezzo a diversi grattacapi, non ho proprio il tempo di tradurla, quindi traducila anche come file di testo, poi vedo come sistemarla.

Ciao

[korda]

Va bene, cercherò di ritagliare un po' di tempo e mi metto sotto

[korda]

Ho fatto una prima lista dei tool che conosco. Alcuni erano già presenti sulla pagina della wiki, molti altri no. Così come diversi tool menzionati sulla wiki non li conosco.

Ho preparato una tabella, che man mano riempirò con i dettagli. Proverò a dare una descrizione in italiano, anche se non è sempre agevole riuscire a tradurre e spiegare in modo chiaro la terminologia tecnica (di cui non sono nemmeno padrone in alcune discipline specifiche).

Magari, se posso chiedervi un aiuto sarà sulla parte strettamente Ubuntu. Ad esempio, di tutti questi tools, quali sono già pacchettizzati sui repo ufficiali Ubuntu?

@wilecoyote procedete pure a spostare questa discussione nella sezione più adeguata

Keep in touch

P.S.: come potrete notare dai riferimenti bibliografici, alcuni tool sono stati inizialmente sviluppati anche decine di anni fa. In effetti il background teorico alla base di alcuni software è studiato e consolidato da parecchio tempo. Vi posso comunque garantire che tali tool sono attualmente mantenuti e impiegati dalla comunità scientifica odierna

[wilecoyote]

) Salve, già spostata da ieri…

Per verificare se sono presenti nei repository, basta cercarli qui https://ubuntu.pkgs.org/ , scorrendo in basso alla voce Ubuntu si può vedere se e in quali release sono presenti.

Comunque viene verificato anche dal GruppoDoc prima della pubblicazione.

:: Ciao

[jeremie2]

Alt fermi tutti!
Intanto benvenuto korda!

Questo non è il miglior modo di procedere, dover tenere d'occhio un file esterno che viene aggiornato è una situazione horror. Il wiki esiste proprio per facilitare queste cose

La cosa migliore è avere una pagina, inizialmente di prova, dove poter aggiungere i vari contenuti. La cosa è piuttosto semplice, ne ho già creata una con giusto un paio di voci: ProveAppBiologia
Come vedi è molto schematica e faresti bene a scrivere direttamente li dentro, è tutto più semplice.
Quindi creati pure un account, in questa pagina ci sono le indicazioni (basta che segui i primi 3 punti, il resto lo stiamo già facendo!) così vedi come funziona l'editazione di una pagina.
Per qualsiasi dubbio chiedi pure


Alcuni dettagli tecnici sulla pagina di prova ProveAppBiologia:
- ho evitato le tabelle perché l'editazione può complicarsi, l'elenco puntato è più snello da gestire.
- importante cercare di essere essenziali, ho ad esempio evitato i riferimenti bibliografici.


Ciao!

[korda]

Grazie @jeremie2 per la disponibilità.

Ora sono un po' sotto con il lavoro, ma sicuramente dirotterò i miei sforzi sulla wiki.

La questione dei riferimenti bibliografici era una esigenza prettamente professionale. Tipicamente un ricercatore che usa questi tools li usa al fine di poter, a sua volta, pubblicare il proprio lavoro. E, ovviamente, quando si pubblica un articolo scientifico bisogna citare i riferimenti bibliografici di tutti i Materiali e Metodi adottati. Tutto qui.

Bene, sono contento che l'argomento interessi.

A presto

[jeremie2]

La questione dei riferimenti bibliografici era una esigenza prettamente professionale. Tipicamente un ricercatore che usa questi tools li usa al fine di poter, a sua volta, pubblicare il proprio lavoro. E, ovviamente, quando si pubblica un articolo scientifico bisogna citare i riferimenti bibliografici di tutti i Materiali e Metodi adottati. Tutto qui.

OK, se si tratta di informazioni utili a colpo d'occhio, aggiungi pure una voce per i riferimenti biografici.
(Lo stesso vale per eventuali voci che possano risultare fondamentali).

Ho pensato giusto a dare un'impostazione di base alla guida, pensando a criteri di "essenzialità", leggibilità, ecc..
Non entro nel merito di biologia e relativi software, per i quali so meno di zero

[korda]

Ho pensato giusto a dare un'impostazione di base alla guida, pensando a criteri di "essenzialità", leggibilità, ecc..
Non entro nel merito di biologia e relativi software, per i quali so meno di zero

Sono d'accordo con te sulla leggibilità. Evitiamo allora le ref bibliografiche, il ricercatore può farsi anche lo sbattimento di cercarsele da solo.

Un'altra cosa: molti tool sono proprietari e/o non sono disponibili nei repo ufficiali Ubuntu. Per uso non commerciale sono comunque free e sicuramente girano su Linux. Questo rappresenterebbe un problema oppure no?

[jeremie2]

Un'altra cosa: molti tool sono proprietari e/o non sono disponibili nei repo ufficiali Ubuntu. Per uso non commerciale sono comunque free e sicuramente girano su Linux. Questo rappresenterebbe un problema oppure no?

L'importante è che girino su Linux/Ubuntu.

Questa è una cosa che potrebbe essere messa in evidenza in vari modi.
Potrebbe essere aggiunta una voce che specifica se l'applicazione è closed.
Oppure nel caso i due gruppi di software (closed e open) fossero ben popolati, per evitare ripetizioni la pagina potrebbe essere suddivisa in paragrafo con programmi open e paragrafo con programmi proprietari.
...dipende cosa torna meglio, da valutare pro e contro

[wilecoyote]

) Salve, bene, @korda vedo che sei stato convinto d'usare una pagina di prova, ottimo.

Contribuisco subito aggiungendoci un link esterno per chiarire cos'è il force field, ed un altro al sito ufficiale di Blender.

:: Ciao

[korda]

Contribuisco subito aggiungendoci un link esterno per chiarire cos'è il force field.

Lascia perdere... è roba troppo tecnica e complicata. Diciamo così... ho menzionato tre software di simulazione di dinamica molecolare perché: uno è usato molto per fare simulazioni classiche, l'altro è usato molto per fare (meta)simulazioni avanzate, il terzo è usato molto perchè ha tanti strumenti di analisi post produzione. Solitamente si usano tutti e tre assieme, switchando i dati da una parte all'altra.

Ci sono tool molto usati ma controversi. Ti porto l'esempio di PyMOL, che è un ottimo viewer molecolare (ideale per produrre materiale da pubblicare o presentare). Esiste una versione di PyMOL sui repo di Ubuntu, ma si tratta di una versione piuttosto vecchiotta. Penso che su Ubuntu non abbiano più aggiornato PyMOL più o meno da quando è morto il suo creatore, Warren DeLano. Guarda caso, dopo la sua morte, chi ha preso l'eredità di sviluppare PyMOL ha deciso di fare tanti dindini e ha messo il software sotto licenza a pagamento (non ricordo bene... forse si può usare liberamente per fini non commerciali, ma con fortissime limitazioni).

[wilecoyote]

) Salve, per quanto troppo tecnico qualche link per farsi un'idea di che trattasi è sempre utile, non foss'altro proprio per lasciar perdere.

:: Ciao

[korda]

Ho aggiornato la pagina dandogli un taglio diverso...

Visto che è una pagina di prova io procederei così: comincio a buttarci dentro tutto il materiale che reperisco. A lavoro ultimato potremmo fare una valutazione di cosa sia già presente sui repo di Ubuntu e cosa no (anche perché talvolta sui repo potrebbero essere presenti delle versioni piuttosto datate dei software).

Per quanto riguarda l'editing della pagina... Non ho problemi ad editare la pagina con i tag as is, ma non esisterebbe un editor che mi fornisca in tempo reale la formattazione in anteprima? Con magari due bottoncini per formattare il testo (così come succede già qui sul forum)... Sono consapevole di chiedere un approccio più Microsoft Windows style, però mi semplificherebbe la vita nel momento in cui la pagina diventasse corposa.

[jeremie2]

Ho aggiornato la pagina dandogli un taglio diverso...

Bene!

Visto che è una pagina di prova io procederei così: comincio a buttarci dentro tutto il materiale che reperisco. A lavoro ultimato potremmo fare una valutazione di cosa sia già presente sui repo di Ubuntu e cosa no (anche perché talvolta sui repo potrebbero essere presenti delle versioni piuttosto datate dei software).

Se qualcosa è già presente nei repo e (a meno di evidenti contro indicazioni) utilizzabile, allora consiglierei di aggiungere subito anche una voce per il pacchetto installabile.
Poi se un programma necessitasse di procedure più articolate per l'installazione, potrà essere creata una sotto pagina dedicata in un secondo momento.

Altro consiglio. In un primo momento penso sia bene mirare ad avere intanto una lista delle applicazioni più popolari, senza cercare di dare una panoramica troppo "enciclopedica". Questo in modo di restringere il campo e arrivare in tempi brevi a pubblicare una pagina che abbia già una buona base di notizie utili.

Per quanto riguarda l'editing della pagina... Non ho problemi ad editare la pagina con i tag as is, ma non esisterebbe un editor che mi fornisca in tempo reale la formattazione in anteprima? Con magari due bottoncini per formattare il testo (così come succede già qui sul forum)... Sono consapevole di chiedere un approccio più Microsoft Windows style, però mi semplificherebbe la vita nel momento in cui la pagina diventasse corposa.

Ehm... nota dolente
Il wiki aveva/avrebbe anche una modalità grafica ma fu disattivata perché mal funzionante. Possiamo dire che tutta la piattaforma è abbondantemente vetusta. Purtroppo nel breve periodo non è previsto un aggiornamento a un qualcosa di più moderno.

[korda]

Ok.. cercherò di mettere dentro i tool più conosciuti.

Sulla necessità di usare i tool più aggiornati possibile, lì dipende dai casi specifici...

[wilecoyote]

) Salve,

Sulla necessità di usare i tool più aggiornati possibile, lì dipende dai casi specifici...

Ovviamente sì, per aiutarti sulla struttura puoi copiare interi parti da altre wiki, ad esempio questa Programmazione/Gambas.

In funzione della release di *Ubuntu presenta l'opzione dell'installazione della versione del programma da repository, da ppa poiché non più presente nei repository ed ancora da ppa poiché quella dei repository e desueta e rotta.

Ti basta fare il copia/incolla del paragrafo, adattando i link al sito dell'applicazione che desideri.

Per copiare il grezzo della pagina clicca in alto sul menù a tendina Altre azioni: → Mostra il testo grezzo, copia la parte che vuoi ed incollala sulla tua pagina di prova.

:: Ciao

[korda]

Personalmente ho qualche/parecchie lacune per districarmi agevolmente nella giungla di possibili licenze.

Io provo a mettere dentro questa info perché la reputo utile, se poi qualcuno di voi (sicuramente più competente di me in materia) riuscisse a revisionarle sarebbe l'ideale...