Bioinformatici su Ubuntu

[wilecoyote]

) Salve, tranquillo colle licenze, prima di pubblicare il tutto verrà vagliato e sistemato.

:: Ciao

[korda]

UPDATE

Credo, per il momento, di aver finito la bozza della pagina. Ovviamente esisteranno altri tools che non ho inserito, sto attendendo feedback dalle comunità scientifiche che frequento. Però direi che si potrebbe già cominciare a lavorare su questo materiale.

In fondo alla pagina ho messo un riferimento alla wiki originale già pubblicata. Alcuni tool li ho già inseriti nella pagina attuale. Molti altri no, onestamente non li conosco e non li ho mai usati (rimango in attesa che qualcuno mi possa aggiornare). Sicuramente alcuni tool sulla pagina originale sono ormai desueti: ad esempio, anche se io sono un nostalgico e ci sviluppo, ormai quasi nessuno in ambito bio sviluppa più in Perl (e relativo BioPerl).

Credo che si possa già procedere ad una seconda fase di revisione da parte vostra. Dal canto mio, io rimango attivo sulla ricerca di nuovo materiale e sono disponibilissimo a offrire chiarimenti e delucidazioni dove serva. Nei limiti del possibile, ovviamente: sono un poco più skillato sulla chimica computazionale che non sulla bioinformatica (aka omiche e big data), per intenderci.

A presto

[jeremie2]

Grazie mille

Ho dato qualche piccolo ritocco alla pagina e l'ho rinominata Scienza/AppChimicaBiologia.
Come si nota dato che non c'era ho creato appositamente il portale Scienza per software legati all'ambito scientifico, nella quale ho elencato la pagina.
(Aprirò una discussione a posta per il nuovo portale).

Il nome "AppChimicaBiologia" è bruttino, ma ho cercato di evitare un nome chilometrico.

@korda visto che scrivi bene ne approfitto per un paio di dritte stilistiche
- Nelle guide le frasi le mettiamo in forma impersonale.
- Il nome di un software lo evidenziamo col grassetto. A tal proposito in questa tabellina c'è un elenco dei formati che utilizziamo a seconda dei casi.

Ottimo lavoro!

[korda]

Ok... seguirò le linee guida, non c'è problema.

In realtà ho già ricevuto diversi feedback, è ci sarebbe ancora parecchio materiale FOSS da aggiungere. Si tratta di tool basici per un bioinfo, ne mancano ancora un bel po'. Ci sarebbero interi ambiti di ricerca un poco trascurati, ma sono tutti d'accordo che la divisione bioinformatica/chimica computazionale sia accettabile per una platea più ampia.

Per il titolo della pagina io lascerei solo Biologia o, al massimo, bioinformatica. La chimica farebbe un discorso a sé stante, con una marea di risorse proprie. Anche quando parlo di chimica computazionale in realtà sto strizzando l'occhio al ramo che più si avvicina alla biologia.

Sono sicuro che ci sia un universo di strumenti anche per altre scienze STEM (fisica, matematica, ecc.) ma su questo fronte sono totalmente ignorante in materia.

Vi tengo aggiornati...

[jeremie2]

Per il titolo della pagina io lascerei solo Biologia o, al massimo, bioinformatica [...]

OK!
Rinominata Scienza/AppBiologia.

[korda]

Sto tenendo sott'occhio la pagina e aggiorno man mano arrivano nuovi feedback.

Non ho capito una cosa però: che differenza c'è tra una pagina di prova e una pagina ufficiale? Intendo dire, entrambe riesco a leggerle esternamente anche se non sono loggato...

[wilecoyote]

) Salve, la differenza sta' nel fatto che la pagina ufficiale presenta contenuti corretti, nel limite delle possibilità umane ovviamente, mentre nelle pagine di prova ci finisce tutto e di più, comprese balordaggini in attesa di correzioni.

Ad esempio guarda la 1° stesura della mia pagina di prova wilecoyote/Pbuilder?action=recall&rev=1, fatta «al volo» con solo le parti necessarie per comunicare le informazioni richiestomi telefonicamente, e non spiegabili tramite la medesima via, verso le 22:00…

:: Ciao

[korda]

mmmhh... non sarebbe meglio se le pagine di prova non fossero accessibili pubblicamente?

[jeremie2]

A scanso di equivoci, trattandosi di un "wiki", non c'è la garanzia che le pagine ufficiali siano esenti da errori/inesattezze. Non c'è un pool di esperti che garantisce che quella data pagina sia corretta. È un processo di revisione continua fatto dagli utenti stessi (chiunque essi siano), in base alle esperienze maturate sul campo.
Quindi è un metodo di lavoro non infallibile però sotto diversi aspetti molto efficace... anche più delle documentazioni ufficiali dei vari progetti software.


Riguardo le pagine di prova, volendo è possibile non rendere visibile il contenuto a chi non ha fatto login, però si aggiunge un ulteriore layer di complicazione dovendo applicare le cosiddette "Acl", i permessi del wiki. Già in molti si rifiutano di scrivere guide perché ritenuto complicato a prescindere...

Intanto non è detto che proprio sulla pagina di prova ci siano inesattezze, anzi... magari contiene proprio le correzioni alla pagina ufficiale che ormai è obsoleta
Inoltre il fatto che i lavori in corso siano visibili magari consente anche ai più "timidi" di dare un'occhiata e farli intervenire con qualche utile suggerimento.
Anche il nome di in una pagina di prova, ad es. jeremie2/prova05, in qualche modo indica che ci sono lavori in corso.

Il problema che sollevi è giusto, però nel bilancio globale si è optato per questa impostazione.

[noel80]

Buongiorno, stavo leggendo questa pagina, https://support.system76.com/articles/b ... beber-dtu/ dove viene citato http://dd-decaf.eu/ se volete darne una occhiata.
Edit: in realta' in https://support.system76.com/#pop ci sono anche altri link inerenti (in "Case Studies").

[korda]

Buongiorno, stavo leggendo questa pagina, https://support.system76.com/articles/b ... beber-dtu/ dove viene citato http://dd-decaf.eu/ se volete darne una occhiata.
Edit: in realta' in https://support.system76.com/#pop ci sono anche altri link inerenti (in "Case Studies").

Ci do' una guardata, @noel80: si tratta di un tool disponibile per Linux o di una risorsa online?

P.S.: se vuoi, puoi editare direttamente tu la pagina wiki...

[xavier77]

@korda
Ho visto che avevi eliminato il 99% dei contenuti della pagina.
In attesa di avere lumi sulla motivazione, ho ripristinato la versione precedente e ti faccio presente che:

• Tali modifiche sono OK solo su una pagina personale e/o di prova; in questo caso, che senso avrebbe avuto una guida con un solo link?
• Tali cambiamenti così drastici di norma vanno annunciati e/o proposti scrivendo nella discussione di riferimento (questa).
• Se la guida per qualche motivo è incorretta, obsoleta, ecc., non si eliminano così i contenuti, ma si mette in CategoryDaRevisionare.
• Se questa tua decisione unilaterale fosse stata presa in "polemica" con l'andamento di alcune discussioni (ricordo questa tua proposta nella discussione sul coronavirus al bar), non è così che funziona. Se polemizzo con 20 utenti perché secondo loro Xfce è un ottimo DE mentre per me è inutile (faccio un esempio volutamente assurdo) non è per "ripicca" poi elimino la pagina. Ovviamente questo perché la pagina wiki potrebbe servire ad altri utenti (oggi o in futuro), che neanche potrebbero essere iscritti a ubuntu-it, o a chiunque altro nel mondo (es: ricercatori thailandesi o studenti peruviani, nel caso di questa pagina).
• A completamento del punto precedente e in aderenza allo spirito della community, quando scrivi una guida questa non è più «tua» ma appartiene alla comunità o a tutti coloro che ne usufruiscono (non a caso sono rilasciate sotto licenza CC, come indicato dalla dicitura in calce ad ogni pagina). Inoltre ti ricordo che l'eliminazione delle pagine (perché de facto è quello hai fatto) è di esclusiva competenza del gruppo Documentazione.

Rimaniamo in attesa di chiarimenti.

[korda]

come volete...

[xavier77]

come volete...

Se puoi argomentare meglio saremmo tutti più contenti.

[korda]

come volete...

Se puoi argomentare meglio saremmo tutti più contenti.

Considerato che il mondo della biologia come quello dell'informatica corrono a velocità superluminali, quella pagina oltre ad essere incompleta (perché io non sono depositario di tutta la conoscenza, ho solo avuto qualche breve esperienza) è già adesso vecchia (non ai limiti dell'obsoleto, ma potremmo arrivarci molto presto).

Considerati l'ambiente e i feedback ricevuti (praticamente nulli o quasi) è svanito in me qualsiasi stimolo a contribuirvi.

Per quanto riguarda la licenza sono forse stato ingenuo a pensare che qui non ci fosse un CC BY : ok per il ripristino, adesso è roba vostra.

[xavier77]

Considerati l'ambiente e i feedback ricevuti (praticamente nulli o quasi) è svanito in me qualsiasi stimolo a contribuirvi.

Se per quello ci sono pagine davvero interessanti che giacciono lì da anni. Ma ciò non vuol dire che non vengano consultate o che possano esserlo, nonché che i posteri possano metterci le mani per aggiornarle.
OK. Comunque se vorrai continuare a contribuire alla guida in futuro sei sempre il benvenuto, come chiunque altro.

[saxtro]

Secondo me si potrebbe inserire anche https://www.rcsb.org/, come fonte di file pdb analizzabili con altri strumenti citati nella pagina

[korda]

Secondo me si potrebbe inserire anche https://www.rcsb.org/, come fonte di file pdb analizzabili con altri strumenti citati nella pagina

Il Protein Data Bank c'è già nella lista, così come il metaserver PDBSum hostato dall'EBI.

Servirebbe invece fare una revisione di alcune risorse. A causa della brexit alcuni servizi erogati dall'EMBL-EBI e correlati, che erano fisicamente localizzati e sviluppati in UK, sono stati dismessi o dislocati su altri domini

[xavier77]

Scusate se riapro la questione dopo mesi, ma non vorrei lasciarla in sospeso.
@korda
In passato, in caso di guide wiki che - in teoria - necessiterebbero di aggiornamenti continui, una soluzione è stata apporre in cima alla pagina un avvertimento/dislaimer enorme, del tipo:

Codice: Seleziona tutto

L'elenco dei software proposti di seguito non è esaustivo. Alcune voci riportate potrebbero essere obsolete, non aggiornate [e bla bla bla].
Si consiglia di controllare/verificare le pagine ufficiali dei singoli progetti [e bla bla bla].
Si invitano gli utenti a segnalare [bla bla bla].

Potrebbe essere una soluzione?
Essendo tu "del mestiere", hai qualche consiglio particolare su come formulare al meglio quel warning?
Grazie

[korda]

Scusate se riapro la questione dopo mesi, ma non vorrei lasciarla in sospeso.
@korda
In passato, in caso di guide wiki che - in teoria - necessiterebbero di aggiornamenti continui, una soluzione è stata apporre in cima alla pagina un avvertimento/dislaimer enorme, del tipo:

Codice: Seleziona tutto

L'elenco dei software proposti di seguito non è esaustivo. Alcune voci riportate potrebbero essere obsolete, non aggiornate [e bla bla bla].
Si consiglia di controllare/verificare le pagine ufficiali dei singoli progetti [e bla bla bla].
Si invitano gli utenti a segnalare [bla bla bla].

Potrebbe essere una soluzione?
Essendo tu "del mestiere", hai qualche consiglio particolare su come formulare al meglio quel warning?
Grazie

Guarda... alla voce Ulteriori risorse online si viene reindirizzati, tra le altre cose, su siti istituzionali come EMBL o NCBI, per citarne un paio. Consiglierei preliminarmente di guardare a quelli per rimanere aggiornati.