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che differenza c'è tra i due comandi? cosa permettono di fare rispettivamente?

Una ricerchina ti avrebbe già fornito risposta e chiarito meglio le idee:
- pppconfig configura il protocollo ppp per la connessione via modem, analogica
- pppoeconf configura il protocollo ppp over ethernet, per connessioni logiche, adsl, attraverso la porta ethernet.

ciao

ma se per esempio io devo configurare un collegamento isdn a cui un pc è collegato attraverso ethernet quali dei due devo usare..?

Problema che non conosco, a naso direi pppoeconf
Se non riesce te lo dice.
Eventualmente posta la risposta di errore.

ciao