[Risolto] nr. processori mpirun, openfoam calcolo parallelo

Configurazione e uso delle applicazioni del desktop manager alla base di Xubuntu.

[Risolto] nr. processori mpirun, openfoam calcolo parallelo

Messaggioda Michele666 » mercoledì 7 maggio 2014, 11:20

Buongiorno a tutti,

faccio la solita domanda da ignorante, forse banale.

Utilizzo Xubuntu 12.04.4 a 64 bit.

Sto eseguendo una simulazione fluidodinamica, il "SW" utilizzato è openFoam, e permette di lanciare il calcolo sfruttando i core presenti sulla macchina utilizzata.

riga di comando
Codice: Seleziona tutto
mpirun -np 4 icoFoam -parallel


La procedura ha funzionato, ma mi sembra un pò troppo lenta: pensavo che l'esecuzione fosse più veloce.

Visualizzando il monitor di sistema, vedo che effettivamente sono attivi 4 task (icoFoam -parallel), ma sulla colonna CPU, mi risulta che l'utilizzo è di circa il 25 ciascuno, quindi 25*4=100% e mi è venuto il dubbio che io abbia impostato 4 processori di calcolo, ma il calcolo venga suddiviso esclusivamente su un unico processore.
Tralasciando la possibilità che si verifichi quello che ipotizzo e che dovrò chiedere su un Forum più specifico, la mia domanda è:

Come faccio a essere sicuro che ho installato correttamente Xubuntu e vengano utilizzati 4 core?

Grazie mille per ogni aiuto che posso ricevere.

Michele
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Ultima modifica di Michele666 il mercoledì 7 maggio 2014, 15:10, modificato 1 volta in totale.
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Re: nr. processori mpirun, openfoam calcolo parallelo

Messaggioda 1001001 » mercoledì 7 maggio 2014, 12:24

Ciao!
Per quanto riguarda la corretta rilevazione delle CPU da parte del sistema operativo, posta l'output di
Codice: Seleziona tutto
lscpu

e di
Codice: Seleziona tutto
cat /proc/cpuinfo


Per quanto riguarda OpenFOAM, la prima domanda stupida è: hai dato il comando
Codice: Seleziona tutto
decomposePar

prima di lanciare la simulazione in parallelo? Se no, prova a farlo..se sì, posta qui l'output ;)
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Re: nr. processori mpirun, openfoam calcolo parallelo

Messaggioda Michele666 » mercoledì 7 maggio 2014, 12:39

Ciao,

grazie per l'aiuto; ecco gli output!
In merito alla tua domanda, si, avevo eseguito il comando dcomposePar.
Tu vedi qualcosa di strano?

Grazie

Codice: Seleziona tutto
michele@KebaXubuntu:~$ lscpu
Architecture:          x86_64
CPU op-mode(s):        32-bit, 64-bit
Byte Order:            Little Endian
CPU(s):                4
On-line CPU(s) list:   0-3
Thread(s) per core:    2
Core(s) per socket:    2
Socket(s):             1
NUMA node(s):          1
Vendor ID:             GenuineIntel
CPU family:            6
Model:                 37
Stepping:              2
CPU MHz:               2400.000
BogoMIPS:              4787.88
Virtualization:        VT-x
L1d cache:             32K
L1i cache:             32K
L2 cache:              256K
L3 cache:              3072K
NUMA node0 CPU(s):     0-3


Codice: Seleziona tutto
michele@KebaXubuntu:~$ cat /proc/cpuinfo
processor   : 0
vendor_id   : GenuineIntel
cpu family   : 6
model      : 37
model name   : Intel(R) Core(TM) i5 CPU       M 520  @ 2.40GHz
stepping   : 2
microcode   : 0x9
cpu MHz      : 2400.000
cache size   : 3072 KB
physical id   : 0
siblings   : 4
core id      : 0
cpu cores   : 2
apicid      : 0
initial apicid   : 0
fpu      : yes
fpu_exception   : yes
cpuid level   : 11
wp      : yes
flags      : fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe syscall nx rdtscp lm constant_tsc arch_perfmon pebs bts rep_good nopl xtopology nonstop_tsc aperfmperf pni pclmulqdq dtes64 monitor ds_cpl vmx smx est tm2 ssse3 cx16 xtpr pdcm sse4_1 sse4_2 popcnt aes lahf_lm ida arat dtherm tpr_shadow vnmi flexpriority ept vpid
bogomips   : 4787.79
clflush size   : 64
cache_alignment   : 64
address sizes   : 36 bits physical, 48 bits virtual
power management:


Codice: Seleziona tutto

michele@KebaXubuntu:~/Desktop/cube_case$ decomposePar
/*---------------------------------------------------------------------------*\
| =========                 |                                                 |
| \\      /  F ield         | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox           |
|  \\    /   O peration     | Version:  2.3.0                                 |
|   \\  /    A nd           | Web:      www.OpenFOAM.org                      |
|    \\/     M anipulation  |                                                 |
\*---------------------------------------------------------------------------*/
Build  : 2.3.0-f5222ca19ce6
Exec   : decomposePar
Date   : May 07 2014
Time   : 12:37:23
Host   : "KebaXubuntu"
PID    : 3385
Case   : /home/michele/Desktop/cube_case
nProcs : 1
sigFpe : Enabling floating point exception trapping (FOAM_SIGFPE).
fileModificationChecking : Monitoring run-time modified files using timeStampMaster
allowSystemOperations : Disallowing user-supplied system call operations

// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
Create time



Decomposing mesh region0

Create mesh

Calculating distribution of cells
Selecting decompositionMethod scotch

Finished decomposition in 4.53 s

Calculating original mesh data

Distributing cells to processors

Distributing faces to processors

Distributing points to processors

Constructing processor meshes
Reading hexRef8 data : cellLevel
Reading hexRef8 data : pointLevel
Reading hexRef8 data : level0Edge

Processor 0
    Number of cells = 143448
    Number of faces shared with processor 1 = 3489
    Number of faces shared with processor 2 = 1459
    Number of faces shared with processor 3 = 64
    Number of processor patches = 3
    Number of processor faces = 5012
    Number of boundary faces = 14346

Processor 1
    Number of cells = 144997
    Number of faces shared with processor 0 = 3489
    Number of faces shared with processor 2 = 145
    Number of faces shared with processor 3 = 1736
    Number of processor patches = 3
    Number of processor faces = 5370
    Number of boundary faces = 12106

Processor 2
    Number of cells = 145947
    Number of faces shared with processor 0 = 1459
    Number of faces shared with processor 1 = 145
    Number of faces shared with processor 3 = 3423
    Number of processor patches = 3
    Number of processor faces = 5027
    Number of boundary faces = 15323

Processor 3
    Number of cells = 146185
    Number of faces shared with processor 0 = 64
    Number of faces shared with processor 1 = 1736
    Number of faces shared with processor 2 = 3423
    Number of processor patches = 3
    Number of processor faces = 5223
    Number of boundary faces = 13371

Number of processor faces = 10316
Max number of cells = 146185 (0.717045% above average 145144)
Max number of processor patches = 3 (0% above average 3)
Max number of faces between processors = 5370 (4.11012% above average 5158)

Time = 0

Processor 0: field transfer
Processor 1: field transfer
Processor 2: field transfer
Processor 3: field transfer

End.


Ultima modifica di Michele666 il mercoledì 7 maggio 2014, 13:01, modificato 2 volte in totale.
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Re: nr. processori mpirun, openfoam calcolo parallelo

Messaggioda 1001001 » mercoledì 7 maggio 2014, 12:53

Scusa, mi sa che hai fatto confusione con gli output e hai mischiato l'output di
Codice: Seleziona tutto
cat /proc/cpuinfo

e di
Codice: Seleziona tutto
decomposePar

e non capisco un po' nulla :) ti spiacerebbe sistemare il post sopra per favore? :)
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Re: nr. processori mpirun, openfoam calcolo parallelo

Messaggioda Michele666 » mercoledì 7 maggio 2014, 12:59

si in effetti ho appena modificato, adesso dovrebbero essere corretti...ho avuto un attacco di ctrl+V malefico :)
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Re: nr. processori mpirun, openfoam calcolo parallelo

Messaggioda 1001001 » mercoledì 7 maggio 2014, 13:30

Mmmh, sei sicuro che poi in un attacco di ctrl+X tu non abbia cancellato qualche pezzo dell'output di
Codice: Seleziona tutto
cat /proc/cpuinfo

? :)
Perché lscpu dice che ci sono 4 processori ma cpuinfo ne riporta solo uno...e mi sembra molto improbabile, ma se le cose stanno davvero così, potremmo aver trovato il nostro problema :)
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Re: nr. processori mpirun, openfoam calcolo parallelo

Messaggioda Michele666 » mercoledì 7 maggio 2014, 13:45

Ciao,

ti riposto l'output:

Codice: Seleziona tutto
michele@KebaXubuntu:~$ cat /proc/cpuinfo
processor   : 0
vendor_id   : GenuineIntel
cpu family   : 6
model      : 37
model name   : Intel(R) Core(TM) i5 CPU       M 520  @ 2.40GHz
stepping   : 2
microcode   : 0x9
cpu MHz      : 2400.000
cache size   : 3072 KB
physical id   : 0
siblings   : 4
core id      : 0
cpu cores   : 2
apicid      : 0
initial apicid   : 0
fpu      : yes
fpu_exception   : yes
cpuid level   : 11
wp      : yes
flags      : fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe syscall nx rdtscp lm constant_tsc arch_perfmon pebs bts rep_good nopl xtopology nonstop_tsc aperfmperf pni pclmulqdq dtes64 monitor ds_cpl vmx smx est tm2 ssse3 cx16 xtpr pdcm sse4_1 sse4_2 popcnt aes lahf_lm ida arat dtherm tpr_shadow vnmi flexpriority ept vpid
bogomips   : 4787.79
clflush size   : 64
cache_alignment   : 64
address sizes   : 36 bits physical, 48 bits virtual
power management:

processor   : 1
vendor_id   : GenuineIntel
cpu family   : 6
model      : 37
model name   : Intel(R) Core(TM) i5 CPU       M 520  @ 2.40GHz
stepping   : 2
microcode   : 0x9
cpu MHz      : 2400.000
cache size   : 3072 KB
physical id   : 0
siblings   : 4
core id      : 2
cpu cores   : 2
apicid      : 4
initial apicid   : 4
fpu      : yes
fpu_exception   : yes
cpuid level   : 11
wp      : yes
flags      : fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe syscall nx rdtscp lm constant_tsc arch_perfmon pebs bts rep_good nopl xtopology nonstop_tsc aperfmperf pni pclmulqdq dtes64 monitor ds_cpl vmx smx est tm2 ssse3 cx16 xtpr pdcm sse4_1 sse4_2 popcnt aes lahf_lm ida arat dtherm tpr_shadow vnmi flexpriority ept vpid
bogomips   : 4787.89
clflush size   : 64
cache_alignment   : 64
address sizes   : 36 bits physical, 48 bits virtual
power management:

processor   : 2
vendor_id   : GenuineIntel
cpu family   : 6
model      : 37
model name   : Intel(R) Core(TM) i5 CPU       M 520  @ 2.40GHz
stepping   : 2
microcode   : 0x9
cpu MHz      : 2400.000
cache size   : 3072 KB
physical id   : 0
siblings   : 4
core id      : 0
cpu cores   : 2
apicid      : 1
initial apicid   : 1
fpu      : yes
fpu_exception   : yes
cpuid level   : 11
wp      : yes
flags      : fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe syscall nx rdtscp lm constant_tsc arch_perfmon pebs bts rep_good nopl xtopology nonstop_tsc aperfmperf pni pclmulqdq dtes64 monitor ds_cpl vmx smx est tm2 ssse3 cx16 xtpr pdcm sse4_1 sse4_2 popcnt aes lahf_lm ida arat dtherm tpr_shadow vnmi flexpriority ept vpid
bogomips   : 4787.88
clflush size   : 64
cache_alignment   : 64
address sizes   : 36 bits physical, 48 bits virtual
power management:

processor   : 3
vendor_id   : GenuineIntel
cpu family   : 6
model      : 37
model name   : Intel(R) Core(TM) i5 CPU       M 520  @ 2.40GHz
stepping   : 2
microcode   : 0x9
cpu MHz      : 2400.000
cache size   : 3072 KB
physical id   : 0
siblings   : 4
core id      : 2
cpu cores   : 2
apicid      : 5
initial apicid   : 5
fpu      : yes
fpu_exception   : yes
cpuid level   : 11
wp      : yes
flags      : fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe syscall nx rdtscp lm constant_tsc arch_perfmon pebs bts rep_good nopl xtopology nonstop_tsc aperfmperf pni pclmulqdq dtes64 monitor ds_cpl vmx smx est tm2 ssse3 cx16 xtpr pdcm sse4_1 sse4_2 popcnt aes lahf_lm ida arat dtherm tpr_shadow vnmi flexpriority ept vpid
bogomips   : 4787.88
clflush size   : 64
cache_alignment   : 64
address sizes   : 36 bits physical, 48 bits virtual
power management:



in effetti avevo sbagliato qualcosa....
Michele666
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Re: nr. processori mpirun, openfoam calcolo parallelo

Messaggioda Michele666 » mercoledì 7 maggio 2014, 15:09

Nel frattempo ho postato il problema anche in CFD-online,ed un utente mi ha segnalato di verificare il funzionamento con il comando
Codice: Seleziona tutto
 top

In effetti i processori che lavorano sono 4 e tutti al 100%.

Per me è risolto, adesso correggo il titolo del post e ti ringrazio per l'aiuto e supporto.

Ciao
Michele666
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Re: [Risolto] nr. processori mpirun, openfoam calcolo parall

Messaggioda 1001001 » mercoledì 7 maggio 2014, 19:06

Ah, in effetti avrei potuto pensarci anch'io di dirti di controllare top :) ma quindi sembra che il task manager di xubuntu sbagli la misurazione istantanea? Interessante...

Comunque in effetti il sistema riconosce tutti quanti i processori, almeno stando all'output dei comandi sopra...e se dici che per te è risolto ci fidiamo :D

Ciao! :ciao:
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Re: [Risolto] nr. processori mpirun, openfoam calcolo parall

Messaggioda gisdphoenix » mercoledì 29 novembre 2017, 19:31

Buona sera a tutti,
scusate se riporto su questo vecchio post, ma così evito di crearne di nuovi.

Il mio problema è uguale a questo, solo che fa riferimento alla versione attuale di OpenFOAM 5.0 e utilizzo ubuntu 16.04 lts.
Ho usato le sintassi descritte prima, ma non funzionano per la mia versione.
Potete aiutarmi?
gisdphoenix
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