mmmm molto strano ti tolga le impostazioni scelte da te, prova a fare un reset del pannello di unity con unity --reset da terminale, e se proprio vuoi anche un unity --reset-icons, in pratica resetti tutto e riprova a sistemare le applicazioni che ti servono, se dovesse ancora farlo potrebbe anche essere che unity non venga supportato del tutto dal tuo pc, ma potrei sbagliarmi, un programma che possa fare al caso tuo è myStuff, una volta messo nella barr laterale tu andrai ad inserire i programmi che ti servono nella sua finestra, una volta settati tutti i programmi col percorso e l'icona li avrai tutti li,senza dover usare a raffica il modo trascina e clicca, ti posto il link da dove l'ho preso:
http://www.lffl.org/search?q=myStuff
per l'altra richiesta penso tu intenda la parte sotto le applicazioni usate più frequentemente e quelle installate, sinceramente ho paura resti cosi, a meno che non i sia qualhe opzione da compiz.
Scalvacare l'infinito per arrivare dove nessuno è arrivato prima...