[Risolto] Free Surfer

Utilizzo di applicazioni in ambito professionale.

[Risolto] Free Surfer

Messaggioda striplex » sabato 18 ottobre 2014, 10:50

Ciao a tutti , ho chiesto la tesi al mio professore in Neuroradiologia e gli ho detto che sono un utente linux . Ora lui mi ha detto che visto che utilizzo linux , posso usare un programma per l elaborazioni di immagini in risonanza magnetica chiamato freesurfer. Ora , premetto di essere un utente inesperto ma non eccessivamente , sul sito c'è la procedura di installazione , ho proavto ad eseguirla ma nulla non riesco a farlo funzionare . Sul sito c'è una virtual machine con xubuntu e freesurfer già installato e per adesso sto usando quella solo che vorrei riuscire ad installarlo sulla mia distro , ubuntu 14.04 . Qualcuno piu eseperto di me ha gia eseguito la procedura di installazione ? qualcuno può speigarmi come fare ? questi sono i link di riferimento :

http://freesurfer.net/fswiki/Download per il download

http://freesurfer.net/fswiki/LinuxInstall per l installazione

http://freesurfer.net/fswiki/SetupConfiguration per la configurazione

http://freesurfer.net/fswiki/TestingFreeSurfer test

GUIDA INSTALLAZIONE

1) decomprimere il file tar.gz di freesurfer nella cartella /usr/local

Codice: Seleziona tutto
sudo tar -C /usr/local -xzvf freesurfer-Linux-<platform>-<release>-full.tar.gz


( nel mio caso la versione scaricata è quella correlata a centos4 poichè quella correlata a centos6 non me la scaricava)

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sudo tar -C /usr/local -xzvf freesurfer-Linux-centos4_x86_64-stable-pub-v5.3.0.tar.gz


2) correggere lo script SetUpFreeSurfer.sh

aprire il file SetUpFreesurfer.sh con l'editor di testo gedit:

Codice: Seleziona tutto
sudo gedit /usr/local/freesurfer/SetUpFreeSurfer.sh


modificare la riga 13:

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export FREESURFER_HOME=/autofs/space/terrier_001/space_freesurfer_COPY/install_centos4_x86_64/stable5


con:

Codice: Seleziona tutto
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer


come mostrato in figura:

Senzanome2.png
Senzanome.png


3) Iinstallare le librerie libjpeg62:

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sudo apt-get install libjpeg62


4) avviare il programma: (ATTENZIONE tutti questi comandi devono essere eseguiti all'interno della stessa sessione del terminale)

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cd /usr/local/freesurfer
. ./SetUpFreeSurfer.sh


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freeview -v $SUBJECTS_DIR/bert/mri/brainmask.mgz -v $SUBJECTS_DIR/bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/lh.white:edgecolor=yellow -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/rh.white:edgecolor=yellow -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/lh.pial:annot=aparc:edgecolor=red -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/rh.pial:annot=aparc:edgecolor=red


Così:

Codice: Seleziona tutto
matteo@matteo-UX303UB:~$ cd /usr/local/freesurfer
matteo@matteo-UX303UB:/usr/local/freesurfer$ . ./SetUpFreeSurfer.sh
-------- freesurfer-Linux-centos4_x86_64-stable-pub-v5.3.0 --------
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME   /usr/local/freesurfer
FSFAST_HOME       /usr/local/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz
SUBJECTS_DIR      /usr/local/freesurfer/subjects
MNI_DIR           /usr/local/freesurfer/mni
FSL_DIR           /usr/share/fsl/5.0
matteo@matteo-UX303UB:/usr/local/freesurfer$ freeview -v $SUBJECTS_DIR/bert/mri/brainmask.mgz -v $SUBJECTS_DIR/bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/lh.white:edgecolor=yellow -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/rh.white:edgecolor=yellow -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/lh.pial:annot=aparc:edgecolor=red -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/rh.pial:annot=aparc:edgecolor=red
 
Ultima modifica di striplex il mercoledì 25 maggio 2016, 11:20, modificato 19 volte in totale.
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Re: Free Surfer

Messaggioda rai » sabato 18 ottobre 2014, 21:10

ciao striplex,
per aiutarti sarebbe utile sapere il tuo
Codice: Seleziona tutto
uname -m
ma soprattutto "non funziona" è meno che vago, è inutile. Non ho capito se sei riuscito a installarlo e non gira o se ti sei bloccato all'installazione. Cerca di descrivere tutti i passi che hai fatto, i pacchetti usati, gli errori che ti compaiono al terminale. Non basta dire ho seguito la guida linkata, è meglio se posti proprio tutti i comandi usati
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Re: Free Surfer

Messaggioda striplex » domenica 19 ottobre 2014, 0:08

Scusa hai ragione. In realtà il programma non mi da errori sono proprio io che non capsico bene come eseguire la procedura di installazione , io ho una pc con processore a 64bit , e ho ubuntu 64 bit appunto.

Allora da come scritto nella guida io ho estratto il file tar.gz nella cartela usr/local. Poi mi sono bloccato perchè non capisco cosa fare. Per altri programmi di solito c'è l eseguibile da avviare ed il programma va ma in questo caso penso sia diverso.
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Re: Free Surfer

Messaggioda rai » domenica 19 ottobre 2014, 9:27

OK dunque dovresti essere arrivato al punto descritto nella pagina del tuo link Setup & configurazione. Lì dice che gli script di setup vengono forniti anche per bash. Se hai seguito alla lettera le indicazioni dell'installazione ora dovresti fare così: in un terminale esegui questi due comandi
Codice: Seleziona tutto
cd /usr/local/freesurfer
. ./SetUpFreeSurfer.sh

e posta l'output che esce
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Re: Free Surfer

Messaggioda striplex » domenica 19 ottobre 2014, 10:33

Quel comando già l avevo eseguito , io però sono entrato in cartella da linea di comando e ho dato:

sudo ./SetUpFreeSurfer.sh

e mi da questo errore :

./SetUpFreeSurfer.sh: riga 41: /usr/local/freesurfer/stable5/FreeSurferEnv.sh: File o directory non esistente

Ho provato anche come utente root ed eseguendo i comandi come postati da te e mi scrive:

bash: /usr/local/freesurfer/stable5/FreeSurferEnv.sh: File o directory non esistente

ce ho fatto , sudo su , e poi ho incollato le righe che hai postato tu.

Cmq nella cartella mi entra eseguendo cd /usr/local/freesurfer a e ho scaricato la versione 64 bit di freesurfer :) ho provato anche a estrarre freesurfer nella home ed accedendo come utente root ho dato da linea di comando:

. ./SetUpFreeSurfer.sh

mi restituisce sempre questo errore :

bash: /usr/local/freesurfer/stable5/FreeSurferEnv.sh: File o directory non esistente
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Re: Free Surfer

Messaggioda rai » domenica 19 ottobre 2014, 10:58

striplex ha scritto:Quel comando già l avevo eseguito
Vedi perché è meglio scrivere TUTTO quello che hai fatto e i risultati avuti? Risparmiamo tempo tutti e due
ho scaricato la versione 64 bit di freesurfer :)
sì, non te l'ho chiesto perché mi pareva ovvio ;)

Codice: Seleziona tutto
cat /usr/local/freesurfer/SetUpFreeSurfer.sh
ls -l /usr/local/freesurfer

posta l'output di questi comandi; potrebbe essere lunghetto quindi prima di incollarlo nella risposta premi il tasto Codice in alto a Sn in modo da ottenere una cosa tipo: [code ]TESTO INCOLLATO[/code ] anzi, fai sempre così quando devi incollare comandi o listati
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Re: Free Surfer

Messaggioda striplex » domenica 19 ottobre 2014, 11:03

Eh hai ragione sono stato poco chiaro per qeusto poi ho specificato anche la versione scaricata ho cercato di non omettere nulla :)

al prmo comando

Codice: Seleziona tutto
#!/bin/bash -p

#
# SetUpFreeSurfer.sh
#

# This is a sample SetUpFreeSurfer.sh file.
# Edit as needed for your specific setup.
# The defaults should work with most installations.

# Set this to the location of the freesurfer installation.
if [ -z $FREESURFER_HOME ]; then
    export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer/stable5
fi

# Set this to your subjects/ dir, usually freesurfer/subjects/
if [ -z $SUBJECTS_DIR ]; then
    export SUBJECTS_DIR=$FREESURFER_HOME/subjects
fi

# Set this to your functional sessions dir, usually freesurfer/sessions/
if [ -z $FUNCTIONALS_DIR ]; then
    export FUNCTIONALS_DIR=$FREESURFER_HOME/sessions
fi

# Specify the location of the MINC tools.
# Necessary only if the script $FREESURFER_HOME/FreeSurferEnv.csh
# does not find the tools (and issues warnings pertaining to
# the following two environment variables, which have example
# locations that might need user-specific modification):
#export MINC_BIN_DIR=/usr/pubsw/packages/mni/current/bin
#export MINC_LIB_DIR=/usr/pubsw/packages/mni/current/lib
# ... or just disable the MINC toolkit (although some Freesurfer
# utilities will fail!)
#export NO_MINC=1

# Enable or disable fsfast (enabled by default)
#export NO_FSFAST=1

# Call configuration script:
source $FREESURFER_HOME/FreeSurferEnv.sh



al secondo comando
Codice: Seleziona tutto
 totale 376
-rw-r--r--  1 root root  3302 mag 13  2013 ASegStatsLUT.txt
-rw-r--r--  1 root root   728 mag 13  2013 AUTHORS
drwxr-xr-x  7 root root  4096 mag 13  2013 average
drwxr-xr-x  2 root root 36864 ott 15 17:40 bin
-rw-r--r--  1 root root    50 mag 13  2013 build-stamp.txt
drwxr-xr-x  3 root root  4096 mag 13  2013 data
-rw-r--r--  1 root root 47514 mag 13  2013 DefectLUT.txt
drwxr-xr-x  3 root root  4096 mag 13  2013 diffusion
drwxr-xr-x  3 root root  4096 mag 13  2013 docs
-rw-r--r--  1 root root 84833 mag 13  2013 FreeSurferColorLUT.txt
-rwxr-xr-x  1 root root 16760 mag 13  2013 FreeSurferEnv.csh
-rwxr-xr-x  1 root root 16846 mag 13  2013 FreeSurferEnv.sh
drwxr-xr-x  2 root root  4096 mag 13  2013 fsafd
drwxr-xr-x  5 root root  4096 mag 13  2013 fsfast
drwxr-xr-x 12 root root  4096 mag 13  2013 lib
-rw-r--r--  1 root root 10297 mag 13  2013 LICENSE
drwxr-xr-x  3 root root  4096 mag 13  2013 matlab
drwxr-xr-x  9 root root  4096 nov  1  2007 mni
-rw-r--r--  1 root root  4793 mag 13  2013 NOTICE
-rw-r--r--  1 root root   635 mag 13  2013 README
-rw-r--r--  1 root root 28445 mag 13  2013 SegmentNoLUT.txt
drwxr-xr-x  2 root root  4096 mag 13  2013 sessions
-rwxr-xr-x  1 root root  1303 mag 13  2013 SetUpFreeSurfer.csh
-rwxr-xr-x  1 root root  1293 mag 13  2013 SetUpFreeSurfer.sh
-rw-r--r--  1 root root  4104 mag 13  2013 Simple_surface_labels2009.txt
drwxr-xr-x 14 root root  4096 mag 13  2013 subjects
-rw-r--r--  1 root root  1681 mag 13  2013 tkmeditParcColorsCMA
drwxr-xr-x  2 root root  4096 mag 13  2013 tktools
drwxr-xr-x 35 root root  4096 mag 13  2013 trctrain
-rw-r--r--  1 root root    53 mag 13  2013 VERSION
-rw-r--r--  1 root root 25944 mag 13  2013 WMParcStatsLUT.txt
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Re: Free Surfer

Messaggioda rai » domenica 19 ottobre 2014, 11:47

Lo script è incongruente con l'albero delle directories. Proviamo a correggere

se te la cavi con il terminale fai così:
Codice: Seleziona tutto
sudo cp /usr/local/freesurfer/SetUpFreeSurfer.sh /usr/local/freesurfer/SetUpFreeSurfer.sh.originale
sudo sed -i "s%/stable5%%" /usr/local/freesurfer/SetUpFreeSurfer.sh


INVECE SE TEMI DI FARE ERRORI DI COPIA E INCOLLA

Codice: Seleziona tutto
gksudo gedit

e modifichi la riga
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer/stable5

facendola diventare così:
Codice: Seleziona tutto
    export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer

salva, chiudi e prova di nuovo
Codice: Seleziona tutto
cd /usr/local/freesurfer
. ./SetUpFreeSurfer.sh
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Re: Free Surfer

Messaggioda striplex » domenica 19 ottobre 2014, 11:57

scusa ma se vado a modificarla direttamente nel file SetUpFreeSurfer.sh nella cartella usr/local è uguale giusto ?? cmq adesso devo andare , sta sera appena torno provo e ti faccio sapere, grazie mille della dipsonibilità cmq :)
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Re: Free Surfer

Messaggioda striplex » domenica 19 ottobre 2014, 12:01

Ho modificato direttamente aprendo il file sh in cartella con permessi di root:

Adesso mi da questo messaggio da terminale con i comandi che mi hai postato.
Codice: Seleziona tutto
 
-------- freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0 --------
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME   /usr/local/freesurfer
FSFAST_HOME       /usr/local/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz
SUBJECTS_DIR      /usr/local/freesurfer/subjects
INFO: /root/matlab/startup.m does not exist ... creating
MNI_DIR           /usr/local/freesurfer/mni

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Re: Free Surfer

Messaggioda rai » domenica 19 ottobre 2014, 12:09

striplex Immagine ha scritto:scusa ma se vado a modificarla direttamente nel file SetUpFreeSurfer.sh nella cartella usr/local è uguale giusto ??

Sì, è la stessa cosa ma non è prudente modificare il file originale senza averne una copia di backup, possiamo sbagliare sia tu che io. Dalle mie parti si dice
cu mancia fa muddiche
per dire che facendo si sbaglia. Estote prudentes :D
rai
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Re: Free Surfer

Messaggioda rai » domenica 19 ottobre 2014, 12:14

mi hai preceduto, ma per fortuna sembra andata bene, no? quello che ti esce somiglia a ciò che prevedono loro

prova ora nello stesso terminale in cui hai eseguito l'utlimo comando a incollare questa stringa e incrociare le dita
Codice: Seleziona tutto
freeview -v $SUBJECTS_DIR/bert/mri/brainmask.mgz -v $SUBJECTS_DIR/bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/lh.white:edgecolor=yellow -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/rh.white:edgecolor=yellow -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/lh.pial:annot=aparc:edgecolor=red -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/rh.pial:annot=aparc:edgecolor=red


PS non avevo visto questo
A license file is required to enable the tools. One can be obtained for free by registering at:

https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html
Quindi fai la registrazione, poi copi dalla mail che ti arriva il codice di sblocco e lo incolli in un file /usr/local/freesurfer/license.txt
Solo a questo punto puoi provare il precedente comando per fare il test
rai
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Re: Free Surfer

Messaggioda striplex » domenica 19 ottobre 2014, 17:55

:( Mi da questo risultato :

Codice: Seleziona tutto
 SUBJECTS_DIR: Undefined variable


Ma va bene se il file txt lo aggiungo tramite nautilus ovviamente nautilus lo avvio da terminale dando sudo nautilus cosi ho i permessi di root ? per comodità

cmq adesso riprovo la procedura da capo decomprimendo il file tar.gz nella home .
Il fatto e' che prima di seguire le tue indicazioni ho fatto un sacco di operazioni senza cognizione di causa e magari ho fatto danno.
Ultima modifica di striplex il domenica 19 ottobre 2014, 18:46, modificato 3 volte in totale.
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Re: Free Surfer

Messaggioda striplex » domenica 19 ottobre 2014, 18:04

Ho ripetuto tutti i passaggi una seconda volta , questa volta ho decompresso il file nella home. Tutta la procedura e' andata bene pero una volta che in linea di comando do le line di codice che mi hai scritto tu mi da questo risultato :

Codice: Seleziona tutto
freeview.bin: error while loading shared libraries: libjpeg.so.62: cannot open shared object file: No such file or directory
 
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Re: Free Surfer

Messaggioda striplex » domenica 19 ottobre 2014, 19:14

Guarda ho eseguito la procedura su un netbook con xubuntu e mi dice dopo aver inserito gli ultimi comandi che mi hai dato tu :

Codice: Seleziona tutto
bash: /usr/local/freesurfer/bin/freeview: /bin/tcsh: bad interpreter: No such file or directory
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Re: Free Surfer

Messaggioda striplex » domenica 19 ottobre 2014, 19:25

nella guida SetupConfiguration dice che se si vuole passare alla shell tcsh, che e' quella consigliata, bisogna inserire il comando chsh -s /bin/tcsh.... potrebbe essere quello il problema ?? per quanto riguarda xubuntu ?

Strano però stesso procedimento tre errori differenti :.( cmq una altra cosa che non ti ho detto e' che sul pc dove ho ubuntu ho eseguti l installazione di tcsh con sudo apt-get install tcsh e poi ho dato il comando chsh -s /bin/tcsh invece sul pc con xubuntu no . Scusa ma mi ero scordato proprio.
Ultima modifica di striplex il domenica 19 ottobre 2014, 19:36, modificato 1 volta in totale.
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Re: Free Surfer

Messaggioda striplex » domenica 19 ottobre 2014, 19:32

ho installato tcsh anche su xubuntu e adesso dopo aver scritto le linee di codice nel terminale che mi hai scritto tu mi dà l errore che mi ha dato anche con ubuntu , ovvero :

Codice: Seleziona tutto
 freeview.bin: error while loading shared libraries: libjpeg.so.62: cannot open shared object file: No such file or directory
 


Su xubuntu non ho eseguito il comando chsh -s /bin/tcsh ma nel terminale ,mi ha scritto dopoa ver dato il comando sudo apt-get install tcsh ,che viene usato /bin/tcsh per fornire /bin/csh (csh) in modalità automatica.
In xubuntu la ho decompresso il file nella cartella /usr/local/ cmq .
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Re: Free Surfer

Messaggioda striplex » domenica 19 ottobre 2014, 19:47

allora ho installato le librerie libjpeg62 dando " sudo apt-get install libjpeg62 e ho scritto di nuovo le line di codice in questione , adesso mi scrive questo :

Codice: Seleziona tutto
/usr/local/freesurfer$ freeview -v $SUBJECTS_DIR/bert/mri/brainmask.mgz -v $SUBJECTS_DIR/bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/lh.white:edgecolor=yellow -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/rh.white:edgecolor=yellow -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/lh.pial:annot=aparc:edgecolor=red -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/rh.pial:annot=aparc:edgecolor=red
No command 'freeview' found, did you mean:
 Command 'treeview' from package 'treeview' (multiverse)
freeview: command not found
 
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Re: Free Surfer

Messaggioda rai » domenica 19 ottobre 2014, 20:13

Scusa ma rischio di perdermi in questa pioggia di informazioni, incomplete per di più. Per favore posta sempre insieme il comando dato e il suo output.
Non è strano che ottieni tre errori differenti, perché mi pare che avanzi tumultuosamente senza prendere nota dei passi che fai, e comunque non ti seguo.
Considera che chi ti aiuta non è davanti alla tua tastiera e (almeno per quanto riguarda me) non è un utente di freesurfer. Per questo, se sei d'accordo, mi atterrei a un solo sistema, magari il primo a 64 bit dove hai già fatto i primi passi seguendo la guida e nella cartella consigliata (/usr/local). Elimina la cartella freesurfer dalla tua home e anche da /usr/local se pensi di averci smanettato incongruamente (in questo caso è necessario ripetere tutti i passi che ti ho suggerito; non serve reinstallare tcsh (evidentemente è richiesto dal programma e hai fatto bene a farlo). Riguardo l'errore delle librerie mancanti, probabilmente è correggibile (non come hai fatto tu). Purtroppo non capisco questo
:( Mi da questo risultato :
SUBJECTS_DIR: Undefined variable
quale comando ti dà questo risultato? comunque è strano dato che l'output che avevi postato la dava come variabile impostata
Se l'errore si ripete in una installazione "pulita" di freesurfer vediamo di metterci mano. Una cosa alla volta.

Un'altra nota metodologica: non scrivere tanti post consecutivi: se hai altro da aggiungere di solito si modifica l'ultimo che hai postato: così non ci facciamo rimproverare dai moderatori e la discussione si legge meglio e ti si aiuta meglio
rai
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Re: Free Surfer

Messaggioda striplex » domenica 19 ottobre 2014, 21:35

Scusa hai ragione ma ero di fretta :)

allora il comando che ho dato è stato sempre:

Codice: Seleziona tutto
/usr/local/freesurfer$ freeview -v $SUBJECTS_DIR/bert/mri/brainmask.mgz -v $SUBJECTS_DIR/bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/lh.white:edgecolor=yellow -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/rh.white:edgecolor=yellow -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/lh.pial:annot=aparc:edgecolor=red -f $SUBJECTS_DIR/bert/surf/rh.pial:annot=aparc:edgecolor=red


La prima volta l ho dato su ubuntu nella cartella /usr/local/freesurfer dopo che avevo eseguito tutti i passaggi che mi hai detto e la risposta è stata : (però diciamo che in questo caso nella cartella /usr/local/freeuser avevo dato alcuni comandi a caso prima di chiedere aiuto sul forum :.( )

Codice: Seleziona tutto
SUBJECTS_DIR: Undefined variable
 


Quindi considera che da qui in poi ho fatto tutti i passaggi che mi hai detto tu senza fare errori almeno spero con l aggiunta dell installazione della shell tsch.

La seconda volta ho eseguito tutte le procedure da capo (sia su ubuntu che su xubuntu ) , ovvero decompressione del archivio tar.gz , spostamento della cartella freesurfer in /usr/local/, modifica del file .sh con gedit, ho dato il comando . ./sh nella cartella /usr/local/freesurfer , ho aggiunto il file txt license.txt , e in piu ho installato la shell tsch e la risposta è stata :

Codice: Seleziona tutto
 freeview.bin: error while loading shared libraries: libjpeg.so.62: cannot open shared object file: No such file or directory


poi ho installato le librerie che ti ho detto ovvero libjpeg62 e la risposta è stata :

Codice: Seleziona tutto
No command 'freeview' found, did you mean:
 Command 'treeview' from package 'treeview' (multiverse)
freeview: command not found
 


Spero di essere stato piu chiaro. altrimenti poi metto un post in cui ti spiego passo per passo cosa ho fatto .

Senza installare la shell tsch su xubuntu mi dava questo erorre:

bash: /usr/local/freesurfer/bin/freeview: /bin/tcsh: bad interpreter: No such file or directory
Ultima modifica di striplex il domenica 19 ottobre 2014, 22:20, modificato 3 volte in totale.
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