[Risolto] installazione kallisto

Utilizzo di applicazioni in ambito professionale.

[Risolto] installazione kallisto

Messaggioda C_ate » domenica 1 ottobre 2017, 20:20

Salve,
uso ubuntu da poco ma non ho mai avuto problemi nell'istallare programmi
con questo invece non riesco proprio a capire come fare.
vi allego il link
https://pachterlab.github.io/kallisto/download
ho scaricato il pacchetto e l'ho estratto. all'interno c'è un eseguibile di nome, appunto, kallisto. ma non so come installarlo.
scusatemi se sono stata poco chiara e se ho in qualche modo sbagliato a postare qui questa domanda
grazie in anticipo!!!
Ultima modifica di C_ate il martedì 3 ottobre 2017, 16:31, modificato 1 volta in totale.
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Re: installazione kallisto

Messaggioda caturen » domenica 1 ottobre 2017, 20:55

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Re: installazione kallisto

Messaggioda C_ate » lunedì 2 ottobre 2017, 1:46

grazie per la risposta,
purtroppo mi fermo allo step precedente, ovvero istallarlo,
il file all'interno è Eseguibile (application/x-executable), che comandi devo usare per istallarlo?
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Re: installazione kallisto

Messaggioda wilecoyote » lunedì 2 ottobre 2017, 16:34

:) Salve, intanto benvenuta in Ubuntu. :birra:

Non è da installare come inteso tradizionalmente, bensì è da scompattare nella "Home" ed usare tramite terminale.

Per inciso nelle istruzioni d'uso postate da @caturen i comandi sono incompleti, ti posto alcuni esempio d'uso anche se non ho capito a che perdindirindina serve :D .

Lo scompattato nella directory /home/wilecoyote/Apps/kallisto_linux-v0.43.1 , per usarlo prima di tutto do il comando 'cd' seguito dalla path per spostarmi nella directory test

Codice: Seleziona tutto
wilecoyote@MonumentValley:~$ cd /home/wilecoyote/Apps/kallisto_linux-v0.43.1/test


Adesso do i comandi indicati facendoli precedere da '../' , ad esempio 'kallisto index -i transcripts.idx transcripts.fasta.gz' diventa :

Codice: Seleziona tutto
wilecoyote@MonumentValley:~/Apps/kallisto_linux-v0.43.1/test$ ../kallisto index -i transcripts.idx transcripts.fasta.gz

[build] loading fasta file transcripts.fasta.gz
[build] k-mer length: 31
[build] counting k-mers ... done.
[build] building target de Bruijn graph ...  done
[build] creating equivalence classes ...  done
[build] target de Bruijn graph has 23 contigs and contains 18902 k-mers


Quest'altro kallisto quant -i transcripts.idx -o output -b 100 reads_1.fastq.gz reads_2.fastq.gz , sempre preceduto da '../' :

Codice: Seleziona tutto
wilecoyote@MonumentValley:~/Apps/kallisto_linux-v0.43.1/test$ ../kallisto quant -i transcripts.idx -o output -b 100 reads_1.fastq.gz reads_2.fastq.gz

[quant] fragment length distribution will be estimated from the data
[index] k-mer length: 31
[index] number of targets: 15
[index] number of k-mers: 18,902
[index] number of equivalence classes: 22
[quant] running in paired-end mode
[quant] will process pair 1: reads_1.fastq.gz
                             reads_2.fastq.gz
[quant] finding pseudoalignments for the reads ... done
[quant] processed 10,000 reads, 10,000 reads pseudoaligned
[quant] estimated average fragment length: 178.097
[   em] quantifying the abundances ... done
[   em] the Expectation-Maximization algorithm ran for 62 rounds
[bstrp] running EM for the bootstrap: 100


Ignoro del tutto di cos'ho postato come output :lol: , spero nulla d'osceno od illegale, spero però d'essere stato esauriente con gli esempi d'uso.

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Re: installazione kallisto

Messaggioda C_ate » martedì 3 ottobre 2017, 9:56

grazie grazie grazie. Sei stato utilissimo e gentilissimo

Ignoro del tutto di cos'ho postato come output :lol: , spero nulla d'osceno od illegale, spero però d'essere stato esauriente con gli esempi d'uso.

ahhahhahah. niente di illegale..mi serve per la tesi di laurea!! :D
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Re: installazione kallisto

Messaggioda wilecoyote » martedì 3 ottobre 2017, 15:28

:) Salve, allora buona laurea.

Se hai risolto anteponi il [Risolto] al titolo.

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Re: [Risolto] installazione kallisto

Messaggioda C_ate » martedì 3 ottobre 2017, 16:31

risolto!grazie ancora per la pazienza e la chiarezza!
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Re: [Risolto] installazione kallisto

Messaggioda wilecoyote » martedì 3 ottobre 2017, 16:32

:) Salve, prego di nulla.

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