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Ho la necessità di avere entrambe le versioni, solo che se le installo automticamente la seconda installata va a sovrascrivere la prima, essendo di default la cartella di destinazione uguale.

come posso installare amule specificando il percorso in cui installarlo?

Non so se una cosa del genere sia possibile, installando repository con apt. Quindi al massimo io ti consiglierei, per risolvere il tuo "problema", di installare a mano uno dei due client. Solo per mia curiosità personale, perché hai "necessità di avere entrambe le versioni"?

vivo "per metà" in una casa dove ho fastweb e per l'altra ho una normale adsl!

mi potresti dare una linea guida per installare manualmente, o un tutorial o simili da seguire (sono ancora abbastanza nuovo :-[)