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Ho risolto reinstallando ubuntu...
Come faccio ora a eliminare correttamente la partizione su cui sta ubuntu?

Se non hai un metodo sicuro per ripristinare windows non lo fare, cosa succede hai visto. Il metodo corretto è
- ripristinare   l'MBR windows
- formattare/cancellare ubuntu.

Ma alla fine non volevi ubuntu? Se ti servono dati/impostazioni puoi copiarli montando il file root.disk di wubi.

Non ho capito granchè di questa ultima risposta, potresti essere piu semplice please?
Io ho bisogno di eliminare ubuntu per riunire la partizione a quella di windows e ripristinare un file di immagine clonato con Clonezilla...
Ma fermiamoci a un problema alla volta: eliminare ubuntu. Come faccio?

Come ti ho detto: devi riuscire di ripristinare il boot di windows, e con ms-sys sembra che non va. Al limite potresti tagliare una piccola fetta (~200mb) dalla partizione windows per copiarci  /boot di ubuntu compreso grub.

Non hai un altro disco per ripristinare la partizione salvata con clonezilla?

steff ha scritto: Al limite potresti tagliare una piccola fetta (~200mb) dalla partizione windows per copiarci  /boot di ubuntu compreso grub.

Non hai un altro disco per ripristinare la partizione salvata con clonezilla?

E cosa ottengo con questa operazione?

Per "altro disco" intendi "altra partizione"?
Se si, ce l'ho, ma mi sembra illogico ripristinare un'immagine con Win7 e wubi su una partizione di un pc che sull'altra partizione contiene già Win7 e ubuntu...

Credevo che vuoi solo ripristinare una partizione con i file e wubi, non l'intero disco.

Se la butti su un altro disco puoi cmq montare il file \ubuntu\disks\root.disk da un  ubuntu e copiare i file che ti servono.

Con una piccola partizione che contiene /boot/grub puoi avviare windows. Il rischio è di ridimensionarlo da cd live, se te lo fa fare da windows stesso bene.

Per un  backup futuro: è meglio se lo puoi aprire direttamente come vedi. Tipo dd o una semplice copia con rsync o rsnapshot