Su Linux si fa audio professionale, come e meglio che con Cubase. Ci sono studi di registrazione professionale tutti su Linux, tra l'altro. Io stesso con quella guida che avete linkato faccio musica e mi trovo benissimo, Cubase non lo tocco più, mi fa schifo in confronto.
Andiamo per ordine:
1- O usi l'audio professionale o l'audio di sistema. Come scritto nella guida, Jack disattiva pulseaudio e quindi tutti i player impostati su "default" come uscita audio smettono di funzionare. Il che è giustissimo perché non ha senso usare VLC mentre si fa audio professionale.
2- Per usare l'audio professionale basta impostare bene Jack finché non parte, poi apri Rosegarden e Ardour, nonché Hydrogen. È tutto scritto nella guida. Se non parte Jack, postaci per favore una schermata dei settings di Jack, così vediamo dove sbagli.
3- Se l'audio di sistema ora non va più, il problema è certamente un altro, relativo a qualcos'altro che hai fatto. Vai in Sistema → Preferenze → Audio e vedi un po' se c'è qualcosa che non va.

