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Un paio di volte al mese più e meno all'avvio mi compare una icona verde a forma di fumetto sul pannello...dovrebbe essere qualcosa relativo a empathy.

Vorrei sapere per quale motivo fa queste apparizioni e sparizioni e se è possibile controllarla...poi ad esempio, quando c'è, se qualcuno si connette sparisce.

che versione di ubuntu hai?
se non erro comunque, l'icona di empathy la trovi cliccando sulla busta e poi su chat.
Quell'icona dovrebbe indicare una notifica di empathy, ad esempio quando un amico passa da offline a online oppure un amico che ti ha inviato un messaggio.

Per modificare il comportamento apri empathy, vai su Modifica/Preferenze. Nella finestra che si apre nella tabella Generale sotto Comportamento l'opzione Visualizzare gli eventi.... Puoi decidere di deselezionarla e non ci saranno più notifiche nell'area di notifica. Se lo lasci selezionato, spostati in Notifiche e decidi quali notifiche far apparire.