allora prova ad installare jack control..
jack è una patch bay in sostanza, cioè un programmino che vi mostra tutte le entrate e tutte le uscite dei programmi che avete caricato e della scheda sonora, che voi potete collegare graficamente...(tratto dal blog di Senbee (good))
dai:
sudo gedit /etc/security/limits.conf
e prima della riga "#End of file" aggiungete queste linee:
@audio - rtprio 99
@audio - nice -10
@audio - memlock 512000
salvi e chiudi (512000 sta per 512mb dovrebbe corrispondere a metà valore della tua ram che verrà dedicata al audio del tuo pc.. ma non lo deve essere per forza..)
apri jack control, poi clicchi su start ed in basso a sx su connect.. poi provi a collegare selezionare i dispositivi e cliccando su connect..
del tipo systemout--->skype in e skypeout---->sistem in
questa è l' ultima cosa che mi viene in mente.. anche perchè a me il microfono e sempre funzionato da sempre.. ho sempre attaccato la chitarra al pc.. e si sente dalle casse..

se apri il mixer audio.. in alto a dx del desktop e vai su opzioni ti appaiono gli input source?
se vai su file>cambia dispositivo è selezionata la tua scheda audio?
speriamo di riuscire almeno questa volta.