I pacchetti .deb di Nautilus di Ubuntu contengono un sacco di patch degli sviluppatori di Ubuntu con funzioni tolte, modificate o adattate per farlo funzionare su Unity, normale che quando lo si aggiorna qualche patch più dar fastidio, e i pacchetti di GNOME sono unici sia che usi ubuntu che se usi ubuntu gnome.
Ad esempio, su Fedora ed altre distro, Nautilus, che essendo un gestore di file è il pezzo più importante di un desktop manager, non contiene nemmeno una patch fatta dagli sviluppatori della distribuzione, e infatti sarà un caso che non dia mai problemi?
Comunque, ricordo che state usando una versione di sviluppo di Ubuntu, quindi non è difficile che qualcosa non funzioni. Avete segnalate il problema? Molto bene, avete fatto un servizio importante alla comunità, ma date il tempo di risolverlo, sempre se non è solo un tuo problema locale.