Python: Mappa di densita` in 2D

[faustomr]

Salve a tutti,

sto cercando di creare una mappa di densita` con python. Il formato dei dati che sto leggendo e` il seguente. dove la prima colonna rappresenta una posizione sulla coordinata X, la seconda colonna la posizione sulla coordinata Y, e la terza e` una densita`:

Codice: Seleziona tutto

   28.3504505       29.0699501      0.268023282    
   35.2485809       20.2562389      0.816154957    
   34.6665802       61.0810776      0.246915996    
   50.3290787       19.9683323      0.172673523    
   55.8408813       19.7036400      0.350994051    
   56.7462769       20.0150356      0.331803918    
   21.0347328       20.6788921      0.182483748    
   30.5288696       21.6862411      0.262596667    
   40.0981827       22.0056705      0.233366787    
   43.0356827       21.1052628      0.227440864    
   49.6228790       21.5872326      0.173172787    
   50.4580803       22.1529598      0.420962095    
   51.9556808       20.5895081      0.304322124    
   51.1397781       21.3327503      0.474746525    
   54.1796799       22.1334896      0.358656794    
   57.3273773       20.8512363      0.190954536

Il codice, che ho trovato in rete e che ho` minimamente cambiato, e` il seguente:

Codice: Seleziona tutto

import matplotlib.pyplot as plt 
import matplotlib.cm as cm
from matplotlib.colors import LogNorm
import numpy as np
x, y, z = np.loadtxt('dmap.dat', unpack=True)
N = len(z)
Z = z.reshape(N, N)
plt.imshow(Z, extent=(np.amin(x), np.amax(x), np.amin(y), np.amax(y)),
        cmap=cm.hot, norm=LogNorm())
plt.colorbar()
plt.show()

Quando compilo, pero`, ottengo questo errore:

Codice: Seleziona tutto

Traceback (most recent call last):
  File "map.py", line 7, in <module>
    Z = z.reshape(N, N)
ValueError: total size of new array must be unchanged

Io non conosco bene python. Qualcuno mi puo` aiutare a far funzionare il codice?

Grazie mille.

[DoctorStrange]

Non sò se tu sia vincolato ad usare phyton per qualche ragione particolare, ma se usassi gnuplot, potresti plottare il tuo grafico in 3D passandogli il file in quell'esatto formato, magari devi prima semplicemente impostare un pò gnuplot specificando ad esempio l'intervallo di variazione degli assi, i colori, o parametri simili.

Saluti

[faustomr]

Si ho provato con gnuplot, e rimaneggiando un po' il file, ma la qualita` del grafico che ottengo non e` molto buona. Vorrei quindi provare con python per vedere se posso ottenere qualcosa di meglio, o se sono io che mi aspetto troppo dai miei dati. Inoltre mi sembra un buon punto di partenza per cominciare ad usare python.

Grazie del suggerimento!

[DoctorStrange]

Non capisco in quale maniera ti aspetti di meglio se i dati sono gli stessi. Vuoi fare qualche manipolazione sui dati stessi, come interpolazione, per raddoppiare il numero di letture?

[faustomr]

Non mi aspetto niente di meglio perche` non ho esperienza con python, voglio solo vedere se python permette piu` liberta` in termini di manipolazioni grafiche. Una volta che ho un codice funzionante ci posso sperimentare sopra. Mi sai aiutare con il codice che ho postato?

[vaeVictis]

Prova a cambiare la sesta riga in

Codice: Seleziona tutto

N = int(len(z)**.5)

[faustomr]

Da` sempre lo stesso errore vaeVictis.
Quanto proponi era nel codice originale, avrei forse dovuto lasciarlo cosi` come era..

[vaeVictis]

A me questo codice

Codice: Seleziona tutto

import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.cm as cm
from matplotlib.colors import LogNorm
import numpy as np
x, y, z = np.loadtxt('dmap.dat', unpack=True)
N = int(len(z)**.5)
z = z.reshape(N, N)
plt.imshow(z, extent=(np.amin(x), np.amax(x), np.amin(y), np.amax(y)),
        cmap=cm.hot, norm=LogNorm())
plt.colorbar()
plt.show()

produce questa immagine

[DoctorStrange]

Sei proprio certo di aver postato l'intero codice?

Sospetto qualche problema a livello dinrendering, magarinper qualche libreria mancante o problematica. Prova a vedere il syslog se, magari, riporta qualche anomalia su qualche libreria condivisa al momento di generare l'immagine.

[vaeVictis]

@DoctorStrange
Basta la traceback per capire l'errore.

[faustomr]

Si il codice e` postato interamente..

[faustomr]

@vaeVictis: a me continua a dare lo stesso errore. Debba forse cambiare versione di python?

[vaeVictis]

Lo vedo improbabile che devi cambiare Python.
Questo è 2.7

Posta il codice che stai usando, il contenuto del file il comando con cui lo lanci e l'errore che ottieni.

[faustomr]

Codice ed errore sono sempre gli stessi. Riporto qui quanto richiesto:
Codice:

Codice: Seleziona tutto

import matplotlib.pyplot as plt 
import matplotlib.cm as cm
from matplotlib.colors import LogNorm
import numpy as np
x, y, z = np.loadtxt('dmap.dat', unpack=True)
N = len(z)
Z = z.reshape(N, N)
plt.imshow(Z, extent=(np.amin(x), np.amax(x), np.amin(y), np.amax(y)),
        cmap=cm.hot, norm=LogNorm())
plt.colorbar()
plt.show()

File:

Codice: Seleziona tutto

   28.3504505       29.0699501      0.268023282    
   35.2485809       20.2562389      0.816154957    
   34.6665802       61.0810776      0.246915996    
   50.3290787       19.9683323      0.172673523    
   55.8408813       19.7036400      0.350994051    
   56.7462769       20.0150356      0.331803918    
   21.0347328       20.6788921      0.182483748    
   30.5288696       21.6862411      0.262596667    
   40.0981827       22.0056705      0.233366787    
   43.0356827       21.1052628      0.227440864    
   49.6228790       21.5872326      0.173172787    
   50.4580803       22.1529598      0.420962095    
   51.9556808       20.5895081      0.304322124    
   51.1397781       21.3327503      0.474746525    
   54.1796799       22.1334896      0.358656794    
   57.3273773       20.8512363      0.190954536

Errore:

Codice: Seleziona tutto

Traceback (most recent call last):
  File "map.py", line 8, in <module>
    Z = z.reshape(N, N)
ValueError: total size of new array must be unchange

Linea di comando:

Codice: Seleziona tutto

python map.py

[vaeVictis]

fausomr... Non hai modificato il codice. Ci credo che riottieni lo stesso errore.

Fai la modifica che ti ho indicato e riprova

[faustomr]

L'ho fatta verVictis. Non cambia nulla. Riporto il codice con la tua modifica e l'errore:

Codice: Seleziona tutto

import matplotlib.pyplot as plt 
import matplotlib.cm as cm
from matplotlib.colors import LogNorm
import numpy as np
x, y, z = np.loadtxt('dmap.dat', unpack=True)
N = int(len(z)**.5)
z = z.reshape(N, N)
plt.imshow(z, extent=(np.amin(x), np.amax(x), np.amin(y), np.amax(y)),
        cmap=cm.hot, norm=LogNorm())
plt.colorbar()
plt.show()  

Codice: Seleziona tutto

Traceback (most recent call last):
  File "map4.py", line 7, in <module>
    z = z.reshape(N, N)
ValueError: total size of new array must be unchanged

[vaeVictis]

Non ti funziona perché lo stai lanciando su un file in cui le dimensioni di x, y e z non sono un quadrato perfetto (nel caso del file che hai postato hanno dimensione 16, che è il quadrato di 4).
Cosa necessaria per il tipo di reshape che fai.

Pertanto, devi cambiare metodo.
Per capire quale scegliere, devi però dare informazioni sul tipo di dati che hai nel file.
Come sono organizzati? Hai una colonna di X una di Y è una coi valori della densità associati?

Comunque qui dovresti trovare sicuramente un esempio che fa al caso tuo.

[vaeVictis]

Scusa il doppio messaggio.
Ho editato quello precedente aggiungendo un link.
Giusto perché se già lo hai letto magari ti sfugge

Ciao

[faustomr]

Grazie mille vaeVictis. Effettivamente il numero di righe del file deve essere un quadrato perfetto, quindi il problema non e` il codice ma il file.

[vaeVictis]

Il file di dati è quello che è.
L'ideale sarebbe scrivere un programmino in Python che vada bene a prescindere dal tipo di file di dati.
Al link che ti ho dato dovresti trovare tutti gli esempi possibili e immaginabili. Non credo che nel mondo scientifico facciano mappe di densità con la clausola che il file di dati contenga un "quadrato perfetto" di dati su ogni colonna

Fai sapere se risolvi, altrimenti cerco di fare qualcosa io.