In genere le normali applicazioni che siano GTK o QT funzionano a prescindere, il software center invece è qualcosa di più complesso in quanto gestiscono i pacchetti della distribuzione, quindi sarebbe sempre meglio utilizzare quello predefinito,sopratutto perché non sappiamo quanto Gnome software sia integrato con il proprio DE, ma in alternativa puoi utilizzare i gestori di pacchetto come Moun o Synaptic. Non sono per niente d'accordo però con wilecoyote, Muon è preinstallato i Kubuntu e funziona bene, ma se mi parli di una vecchia versione come quella sulla 14.04, può anche essere che non funzioni bene, ma quella versione è ancora sulle Qt 4, ha poco senso quindi fare confronti.

Desktop - Acer Aspire M5500 (AMD) OpenSuse Leap 15 Kde -- Kubuntu 18.04 -- Tumbleweed
Notebook Acer Aspire E1 -522 (Amd) Tumbleweed