Ciao
Queste mi sembrano le parti rilevanti del Tuo post
Non conosco spyder, dato che son curioso lo ho installato e visto che
non è un "comune editor" bensi un IDE (Integrated Development Environment) con un discreto grado di sofisticazione. Come tutti gli IDE, bisogna imparare ad "usarlo".
Se ho capito bene ciò che hai detto, uno script creato con spyder che importi "dbf" (altro elemento che non conosco) Ti funziona se lo lanci direttamente da bash (comando tipo "python3 script.py" ?) ma non se lo esegui dallo IDE spyder, giusto?
Se è così, mi sembra probabile che utilizzando spyder si esegua il codice in un virtual environment (venv d'ora in poi, se non sai cosa sia guarda
questo articolo introduttivo) separato da quello di sistema, probabilmente bisognerebbe andare a guardarsi le modalità di configurazione dei path utilizzati, delle impostazioni della console IPython utilizzata dallo IDE e di configurazione di un eventuale progetto impostato (di norma un "progetto" python si definisce all'interno di un suo venv specifico)
... dovresti guardarti tali impostazioni ma non mi sembra immediato venirne a capo, al momento non ho trovato indicazioni chiare su tali circostanze.
In caso quanto sopra corrisponda, se sei in fase di apprendimento e stai realizzando piccoli script di prova, Ti suggerirei di mettere momentaneamente da parte spyder (comunque cercando di apprenderne l'uso per utilizzi futuri) ed utilizzare strumenti più semplici, tipo gedit od anche Thony o IDLE per le Tue prove