problema installazione lapack

[ale_79]

ciao a tutti
non riesco ad installare la libreria lapack sul mio pc.
ho scaricato lapack-3.1.1.tgz e scompattata.
nella cartella c'è un file make.inc.example che ho rinominato make.inc.
ho modificato il makefile togliendo il commento dalla riga lib: blaslib lapacklib tmglib.
digito make da shell e inizia l'installazione.
finisce l'installazione senza interruzione.
compilo un file.f : g77 -o file file.f -llapack
mi da il seguente errore:
/usr/bin/ld: cannot find -llapack
collect2: ld returned 1 exit status
non trova la libreria vero?
ho eseguito la stessa operazione sul mio mac book e non da problemi...

help me!


ALESSIO

[bite]

Guarda dove è stata installata la libreria digitando

Codice: Seleziona tutto

find / -name "lapacklib*"

Diciamo che si trovi in /pippo/pluto/lapacklib.so
Apri il file /etc/ld.so.conf e, se non è già presente, aggungi una riga contenente:

Codice: Seleziona tutto

/pippo/pluto

Dai il comando

Codice: Seleziona tutto

sudo ldconfig

Se ancora non va, prova ad aggiungere l'opzione

Codice: Seleziona tutto

-L /pippo/pluto

prima di

Codice: Seleziona tutto

-llapack

[ale_79]

Codice: Seleziona tutto

[quote]Guarda dove è stata installata la libreria digitando

find / -name "lapacklib*"

non trova nulla!!!
nel file /etc/ld.so.conf non c'è alcun riferimento alla libreria...
ti invio il contenuto del makefile?

Ale

[RikyM]

Hai provato a prendere i .deb da qui? Questi sono per Feisty, ma ci sono anche per altre versioni di Ubuntu.

Se cercate librerie per Ubuntu http://packages.ubuntu.com è il sito che fa per voi.

[bite]

Codice: Seleziona tutto

[quote]Guarda dove è stata installata la libreria digitando

find / -name "lapacklib*"

non trova nulla!!!
nel file /etc/ld.so.conf non c'è alcun riferimento alla libreria...
ti invio il contenuto del makefile?

Ale

Non è che oltre a make c'è anche da dare make install? C'è un README che lo spiega?

[ale_79]

guarda c'è un make.inc.example che io ho rinominato make.in!(dovrebbe essere l'input per il makefile)
purtroppo sono inesperto e ho pensato di non modificare il contenuto di questo file(ci sono opzioni per la compilazioe...tipo di compilatore da utilizzare ecc).
la stessa procedura l'ho utilizzata per installare la libreria sul mio mac e funziona!
ho disinstallato------------->/make clean )e provato a reinstallare ----------->(make).
alla fine dell'installazione (compila tutti i file *.f e crea file ogetto *.o, esegue i test ecc)succede queso:

make[1]: Entering directory `/home/alessio/lapack/lapack-3.1.1/SRC'
make[1]: Nothing to be done for `all'.
make[1]: Leaving directory `/home/alessio/lapack/lapack-3.1.1/SRC'
( cd TESTING/MATGEN; make )
make[1]: Entering directory `/home/alessio/lapack/lapack-3.1.1/TESTING/MATGEN'
make[1]: Nothing to be done for `all'.
make[1]: Leaving directory `/home/alessio/lapack/lapack-3.1.1/TESTING/MATGEN'
( cd BLAS/SRC; make )
make[1]: Entering directory `/home/alessio/lapack/lapack-3.1.1/BLAS/SRC'
make[1]: Nothing to be done for `all'.
make[1]: Leaving directory `/home/alessio/lapack/lapack-3.1.1/BLAS/SRC'
( cd TESTING ; make )
make[1]: Entering directory `/home/alessio/lapack/lapack-3.1.1/TESTING'
make[1]: Nothing to be done for `all'.
make[1]: Leaving directory `/home/alessio/lapack/lapack-3.1.1/TESTING'
( cd BLAS/TESTING; make -f Makeblat1 )
make[1]: Entering directory `/home/alessio/lapack/lapack-3.1.1/BLAS/TESTING'
make[1]: Nothing to be done for `all'.
make[1]: Leaving directory `/home/alessio/lapack/lapack-3.1.1/BLAS/TESTING'
( cd BLAS; ./xblat1s > sblat1.out    ; \
                  ./xblat1d > dblat1.out    ; \
                  ./xblat1c > cblat1.out    ; \
                  ./xblat1z > zblat1.out    )
( cd BLAS/TESTING; make -f Makeblat2 )
make[1]: Entering directory `/home/alessio/lapack/lapack-3.1.1/BLAS/TESTING'
make[1]: Nothing to be done for `all'.
make[1]: Leaving directory `/home/alessio/lapack/lapack-3.1.1/BLAS/TESTING'
( cd BLAS; ./xblat2s sblat1.out    ; \
          ./xblat1d > dblat1.out    ; \
          ./xblat1c > cblat1.out    ; \
          ./xblat1z > zblat1.out    )
( cd BLAS/TESTING; $(MAKE) -f Makeblat2 )
( cd BLAS; ./xblat2s < sblat2.in    ; \
          ./xblat2d < dblat2.in    ; \
          ./xblat2c < cblat2.in    ; \
          ./xblat2z < zblat2.in    )
( cd BLAS/TESTING; $(MAKE) -f Makeblat3 )
( cd BLAS; ./xblat3s < sblat3.in    ; \
          ./xblat3d < dblat3.in    ; \
          ./xblat3c < cblat3.in    ; \
          ./xblat3z < zblat3.in    )

cleanlib:
( cd INSTALL; $(MAKE) clean )
( cd BLAS/SRC; $(MAKE) clean )
( cd SRC; $(MAKE) clean )
( cd TESTING/MATGEN; $(MAKE) clean )

cleanblas_testing:
( cd BLAS/TESTING; $(MAKE) -f Makeblat1 clean )
( cd BLAS/TESTING; $(MAKE) -f Makeblat2 clean )
( cd BLAS/TESTING; $(MAKE) -f Makeblat3 clean )
( cd BLAS; rm -f xblat* )

cleantesting:
( cd TESTING/LIN; $(MAKE) clean )
( cd TESTING/EIG; $(MAKE) clean )
( cd TESTING; rm -f xlin* xeig* )

cleanall: cleanlib cleanblas_testing cleantesting
rm -f *.a TESTING/*.out INSTALL/test*  BLAS/*.out

speriamo che queste informazioni sono utili;)
grazie

ale

[bite]

Ripeto, di solito questi pacchetti hanno un README dove si spiega che fare, questo ce l'ha o no? Magari c'è da dare prima un ./configure, impossibile indovinarlo.

Seguire la stessa procedura che è andata bene su mac non è garanzia di successo.

Il makefile che hai postato ne richiama degli altri, piuttosto che correre dietro a tutti è meglio leggere le istruzioni.

Prima ti ho dato una indicazione sbagliata, le librerie dovrebbero chiamarsi liblapack* e non lapacklib*. Prova a cercarle così.

Perché non usi il lapack disponibile nei repositories, come suggerisce RikyM? Senza bisogno di cercarlo chissà dove, non lo vedi da Synaptics? Eventualmente includi i repo universe.

Ciao

[ale_79]

dunque il file README non dice molto...ma rimanda ad un altro file che spiega la procedura di installazione...eccola:
1. Gunzip and tar the file.
2. Copy and edit the file LAPACK/make.inc.example to LAPACK/make.inc.
3. Edit the file LAPACK/Makefile and type make.

Per quanto riguarda il punto 3 dice: this is the ONLY makefile the user must modify!
e spiega come effettuare "varie" modifiche...sono inesperto non saprei cosa modificare e perchè modificarla...a meno di un aiuto...

/usr/lib/liblapack_atlas.so.3.0
/usr/lib/atlas/liblapack.so.3.0
/usr/lib/atlas/liblapack.so.3
/usr/lib/liblapack_atlas.so.3
/usr/lib/liblapack.so.3.0
/usr/lib/liblapack.so.3
find: /proc/5587/task: No such file or directory
find: /proc/5587/fd: No such file or directory

cosa devo aggiungere al file /etc/ld.so.conf ?

Perché non usi il lapack disponibile nei repositories, come suggerisce RikyM? Senza bisogno di cercarlo chissà dove, non lo vedi da Synaptics? Eventualmente includi i repo universe.

ormai è una questione di principio...

ciao

[bite]

dunque il file README non dice molto...ma rimanda ad un altro file che spiega la procedura di installazione...eccola:
1. Gunzip and tar the file.
2. Copy and edit the file LAPACK/make.inc.example to LAPACK/make.inc.
3. Edit the file LAPACK/Makefile and type make.

Per quanto riguarda il punto 3 dice: this is the ONLY makefile the user must modify!
e spiega come effettuare "varie" modifiche...sono inesperto non saprei cosa modificare e perchè modificarla...a meno di un aiuto...

/usr/lib/liblapack_atlas.so.3.0
/usr/lib/atlas/liblapack.so.3.0
/usr/lib/atlas/liblapack.so.3
/usr/lib/liblapack_atlas.so.3
/usr/lib/liblapack.so.3.0
/usr/lib/liblapack.so.3
find: /proc/5587/task: No such file or directory
find: /proc/5587/fd: No such file or directory

cosa devo aggiungere al file /etc/ld.so.conf ?

Direi niente, perché /usr/lib è un posto "standard" e quindi non c'è bisogno di avvertire il sistema che ci sono delle librerie in posti strani.
Hai provato a dare

Codice: Seleziona tutto

ldconfig

?

Alla fine in /usr/lib dovresti trovare dei link, ad esempio

Codice: Seleziona tutto

liblapack.so -> liblapack.so.3

dove liblapack.so.3 è a sua volta un link a liblapack.so.3.0
Finché non vedi questi link, non funzionerà.
In genere vengono fatti automaticamente da ldconfig (meglio non taroccarli a mano, anche se dovrebbero funzionare egualmente).

Perché non usi il lapack disponibile nei repositories, come suggerisce RikyM? Senza bisogno di cercarlo chissà dove, non lo vedi da Synaptics? Eventualmente includi i repo universe.

ormai è una questione di principio...

ciao

Ognuno si diverte come vuole...

Ciao

[ale_79]

Alla fine in /usr/lib dovresti trovare dei link

ci sono questi link in /usr/lib:
liblapack.so.3 liblapack.so.3.0

ho dato il comando ldconfig e questo è il contenuto del file ld.so.conf:
/usr/lib/atlas

ulteriore problema...non mi compila più con g77 e gfortran...questo è l'errore:
/usr/bin/ld: crt1.o: No such file: Nessun file o directory
collect2: ld returned 1 exit status

una domanda che non c'entra nulla:
se reinstallo tutto da cd perdo i dati che ho nell'hd?

ale

[bite]

Alla fine in /usr/lib dovresti trovare dei link

ci sono questi link in /usr/lib:
liblapack.so.3 liblapack.so.3.0

ho dato il comando ldconfig e questo è il contenuto del file ld.so.conf:
/usr/lib/atlas

Strano, ldconfig avrebbe dovuto crearti i link.
L'hai dato come root o con sudo? (avresti dovuto, ho dimenticato di specificarlo)
Ha dato errori?
Riprova con sudo, con l'opzione -v (verbose) e con un pipe su grep per vedere che fa con quelle librerie:

Codice: Seleziona tutto

sudo ldconfig -v | grep lapack

ulteriore problema...non mi compila più con g77 e gfortran...questo è l'errore:
/usr/bin/ld: crt1.o: No such file: Nessun file o directory
collect2: ld returned 1 exit status

Questo non credo che dipenda dai tentativi di installazione di lapack, hai fatto altro?

una domanda che non c'entra nulla:
se reinstallo tutto da cd perdo i dati che ho nell'hd?

ale

Se per 'tutto' intendi tutto ubuntu da zero, sì, perdi i dati se chiedi di riformattare.
Se non chiedi di riformattare probabilmente non li perdi, ma non mi fiderei troppo.
Reinstalla solo il compilatore da Synaptics.

[ale_79]

L'hai dato come root o con sudo? (avresti dovuto, ho dimenticato di specificarlo)

l'ho dato con sudo, non da errori.

Riprova con sudo, con l'opzione -v (verbose) e con un pipe su grep per vedere che fa con quelle librerie:

ecco il risultato:
ldconfig: Can't stat /lib64: No such file or directory
        liblapack.so.3 -> liblapack.so.3.0
        liblapack.so.3 -> liblapack.so.3.0
        liblapack_atlas.so.3 -> liblapack_atlas.so.3.0
ldconfig: Cannot stat /usr/lib64/libg2c.so: No such file or directory
ldconfig: Cannot stat /usr/lib64/libgfortran.so: No such file or directory

Questo non credo che dipenda dai tentativi di installazione di lapack, hai fatto altro?

ho provato ad installare le lapack dal gestore di pacchetti synaptic e per procedere nell'istallazione mi ha detto che era necessario disinstallare delle librerie.
ho provato ad installare nuovamente g77 e gfortran e mi dice che sono installati; però non mi permette di compialre.
è un mese che lavoro con linux...sono proprio inesperto..capisco se ti "scazzi"

ale

[bite]

è un mese che lavoro con linux...sono proprio inesperto..capisco se ti "scazzi"

No, non mi scazzo... te l'ho detto, ognuno si diverte come vuole

Vediamo un po' non uso fortran ma provo ad installarlo lo stesso (ubuntu 7.04 i386, anche tu vero?)
Installo g77 e g77-doc perché sono maniaco della documentazione. Si tira dietro gcc-3.4, spero che non conflittui col gcc-4.1 che è il mio pane quotidiano... no, gcc --version continua a darmi 4.1.2, meno male.
Prendo uno snippet da wikipedia e lo compilo per verificare che l'installazione sia andata a buon fine... OK, funge.
Ora da synaptic installo lapack3, lapack3-dev e lapack3-doc. Vedo che si portano dietro refblas3 e altre cosette... non mi chiede di disinstallare niente... OK.
Trovo qui un programma di prova per lapack e qui i suoi dati... mi tocca solo cancellare le chiamate di x04caf che non fa parte di lapack e non ho voglia di ricopiare... ok, funziona.

Ma che ti ha chiesto di disinstallare, te lo ricordi?

Ciao

[ale_79]

scusami ma sono tornato oggi!

Vediamo un po' non uso fortran ma provo ad installarlo lo stesso (ubuntu 7.04 i386, anche tu vero?)

la mia versione è: 2.6.15-28-386
fa schifo?

Ma che ti ha chiesto di disinstallare, te lo ricordi?

alcune librerie tipo gc++ ecc. pensavo le riaggiornasse lui...invece....
visto che sono proprio inespero...mi consigli qualche guida/manuale dove imparare le cose essenziali?
credo che sia inutile mettere mani enza sapere cosa si fa...

ciao

[bite]

scusami ma sono tornato oggi!

Vediamo un po' non uso fortran ma provo ad installarlo lo stesso (ubuntu 7.04 i386, anche tu vero?)

la mia versione è: 2.6.15-28-386

Quella è la versione del kernel... allora dovresti avere ubuntu 6.06 (dapper) se non ricordo male.

fa schifo?

No no, non è che ci sia gran differenza tra kernel 2.6.15 e 2.6.20

Ma che ti ha chiesto di disinstallare, te lo ricordi?

alcune librerie tipo gc++ ecc. pensavo le riaggiornasse lui...invece....

Prova da synaptics a chiedere la reinstallazione del pacchetto build-essential. Se non bastasse, anche libc6, libc6-dev, gcc.

visto che sono proprio inespero...mi consigli qualche guida/manuale dove imparare le cose essenziali?
credo che sia inutile mettere mani enza sapere cosa si fa...

Non sono esperto neanch'io. Fatti un giro sui wiki.

ciao

ciao

[ale_79]

ho provato ad installare il pacchetto build-essential.mi da questo errore:

the following packages have unresolvable dependencies.Make sure that all required repositories are added and enable in the preference.

e mi da le dipendenze:
Depends: libc6-dev but it is not going to be installed or
libc-dev
Depends: g++ but it is not going to be installed

ho aggiunto in settings>repositories>add, universe e multiverse

Non mi installa, stesso errore!

ho provato ad installare prima le dipendenze libc6-dev , g++ , ma fa riferimento ad altre dipendeze che non mi fa installare!

hai idee?

ale

[bite]

Boh, non mi è mai capitato... Proverei con synaptics: modifica/ripara i pacchetti difettosi, oppure cerca sul forum "pacchetti difettosi", vedo che ci sono parecchi thread risolti.

Hai per caso modificato a mano il file sources.list, magari commentando qualcosa?  Se è così, ripristinalo e poi dai da terminale:

Codice: Seleziona tutto

sudo apt-get update
sudo apt-get dist-upgrade