[RISOLTO] Problemi default Java (era: Repository alternativi)

[Xerses]

ciao a tutti!

Sto cercando di installare il software Cytoscape da repository, mi dicono che è presente nei repository per linux, ma in quelli per ubuntu non c'è.
Quali sono questi repository genericamente "per linux" ?
E come faccio ad aggiungerli in Synaptic?

Grazie a chi potrà rispondermi 

[ne0h]

ubuntu usa quelli di debian. Evidentemente saranno nei repository di distro come suse, mandriva, fedora ecc che usano pacchetti rpm, di conseguenza non si installano in ubuntu in quanto quest'ultimo usa dei formati di pacchetti diversi. Credo che hai capito male. In generale per linux sono i sorgenti, non i repository. Qui ndi quel programma che cerchi, lo devi trovare su google, poi vai sul sito in cui si trova, e ti scarichi i sorgenti, e poi te li compili!

[Actam]

a me, sembra fatto in java...
http://www.cytoscape.org/download.php?file=cyto2_5_1

[Xerses]

Ok, sono riuscito a scaricare un archivio compresso, ed a decompattarlo.
L'ho messo in /usr/lib/, è la directory giusta per un'applicazione di questo tipo?
Per farlo partire c'è un file .sh, che però da solo non funziona.
Probabilmente mi sono perso qualche comando da eseguire.
come si fa ad eseguire un comando .sh?

a me, sembra fatto in java...
http://www.cytoscape.org/download.php?file=cyto2_5_1

[Shaved]

Premetto che non conosco questo programma, ma se lo scarichi da http://www.cytoscape.org/download.php (opzione 1) ottieni un file con estensione .sh.

Per installarlo dovrebbe bastare scrivere sul terminale

Codice: Seleziona tutto

sudo ./nome_file.sh

dove nome_file.sh è il nome del file che hai scaricato.

Ciao

[ne0h]

la cartella del pacchetto che hai scompattato, devi metterla nella tua cartella home e poi dai il comando che ti ha detto shaved, oppure questo:

Codice: Seleziona tutto

sh nomefile.sh

a volte funziona questo e non quello di shaved, o viceversa. in ogni caso nella cartella in questione dovrebbe esserci un file readme in cui solitamente viene spiegato come si installa tale pacchetto!

[Xerses]

la cartella del pacchetto che hai scompattato, devi metterla nella tua cartella home e poi dai il comando che ti ha detto shaved, oppure questo:

Codice: Seleziona tutto

sh nomefile.sh

a volte funziona questo e non quello di shaved, o viceversa. in ogni caso nella cartella in questione dovrebbe esserci un file readme in cui solitamente viene spiegato come si installa tale pacchetto!

L'ho provato, ma il risultato è il seguente:

Codice: Seleziona tutto

Exception in thread "main" java.awt.AWTError: Cannot load AWT toolkit: gnu.java.awt.peer.gtk.GtkToolkit
   at java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit(libgcj.so.70)
   at com.jgoodies.looks.LookUtils.isLowResolution(LookUtils.java:480)
   at com.jgoodies.looks.LookUtils.<clinit>(LookUtils.java:249)
   at java.lang.Class.initializeClass(libgcj.so.70)
   at cytoscape.CyMain.setupLookAndFeel(CyMain.java:250)
   at cytoscape.CyMain.parseCommandLine(CyMain.java:216)
   at cytoscape.CyMain.<init>(CyMain.java:135)
   at cytoscape.CyMain.main(CyMain.java:110)
Caused by: java.lang.UnsatisfiedLinkError: libgtkpeer: libgtkpeer.so: cannot open shared object file: No such file or directory
   at java.lang.Runtime._load(libgcj.so.70)
   at java.lang.Runtime.loadLibrary(libgcj.so.70)
   at java.lang.System.loadLibrary(libgcj.so.70)
   at gnu.java.awt.peer.gtk.GtkToolkit.<clinit>(libgcj.so.70)
   at java.lang.Class.initializeClass(libgcj.so.70)
   at java.lang.Class.forName(libgcj.so.70)
   at java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit(libgcj.so.70)
   ...7 more

Come risolvere?  ???

[Shaved]

A occhio c'è qualcosa che non va con java. Se lo hai già installato lancia il comando

Codice: Seleziona tutto

sudo update-alternatives --config java

P.S. Sarebbe opportuno cambiare il titolo del topic

Ciao

[Xerses]

A occhio c'è qualcosa che non va con java. Se lo hai già installato lancia il comando

Codice: Seleziona tutto

sudo update-alternatives --config java

P.S. Sarebbe opportuno cambiare il titolo del topic

Ciao

(good)
Grazie grazie grazie!
Era esattamente quello di cui avevo bisogno!
Dopo il comando ecco cosa mi è comparso:

Codice: Seleziona tutto

Ci sono 4 alternative che forniscono `java'.

  Selezione    Alternativa
-----------------------------------------------
          1    /usr/bin/gij-wrapper-4.1
*+        2    /usr/lib/jvm/java-gcj/jre/bin/java
          3    /usr/lib/jvm/java-6-sun/jre/bin/java
          4    /usr/bin/java-sablevm

Premi invio per mantenere il default[*], o inserisci il numero da selezionare:3

Il 2 era il Java già presente in Ubuntu, che evidentemente non funziona al meglio, mentre il 3 è quello che io ho installato. Ho cambiato il default, dato

Codice: Seleziona tutto

sh cytoscape.sh

e il gioco è stato fatto!

Davvero grazie mille, mi hai risolto un bel problema. 

(b2b)