Ok, e' corretto : Teoricamente, se dici a thunderbird di scaricare la posta da localhost su porta 2000 dandogli user e password corretti dovrebbe funzionare.
Mi sembra molto strano che non vada, visto che freepops risponde correttamente.
E' configurato bene Thunderbird ?
Al limite prova a installare questo piccolo programmino :
anche solo per fare una prova.
E' molto semplice da configurare: ti appare una icona sulla barra di gnome, tasto destro e clicchi su proprieta'.
Da li' fai "aggiungi", e in "general" selezioni Pop3 e quindi inserisci i parametri (server : localhost, username : la tua casella postale di libero, password : la tua password della casella).
In "connection" selezioni "standard" e ci metti valore "2000". Poi ok e di nuovo ok. Quindi tasto destro sull'icona e fai "update".
Se ti legge la casella, il problema e' di configurazione di Thunderbird. Se non la legge, se ti da un messaggio di errore diverso da quello di prima, postalo qui, altrimenti non so piu' cosa fare per aiutarti.
Fammi sapere.