Le notifiche di Canonical sono notifiche, punto. Poi c'hanno un'applet (indicator display) che tiene una sorta di cronologia delle notifiche ed interazioni con "alcuni" software (che devono essere patchati per essere compatibili...uno dei motivi di lite Canonival Vs KDE).
Le notifiche di KDE sono tutto questo in un unico sistema, però con molto altro. Oltre al fatto di essere totalmente diverse dal punto di vista delle API (altro motivo di scontro).
Personalmente credo che Gnome e KDE sono troppo diversi come concezione di interazione uomo macchina, quindi le notifiche devono necessariamente essere gestite e visualizzate in maniera diversa. Mentre il punto di incontro devono trovarlo a livello di API, che non sono insetti

ma quel
sottosistema che fa comunicare Gnome\KDE con i software e suoi eventi.Senza necessità di patch o workaround vari che aggiungo solo complessità.
Così facendo qualsiasi software sarà in grado di comunicare ed interagire nativamente su qualsiasi desktop si trovi, che sia KDE o Gnome.