[Risolto] Modifica valore colonna file in BASH

[cloudany]

Ciao a tutti, espongo il mio problema ho un file contenente una serie di colonne dove ognuna di esse ha un determinato valore, nel mio caso la 6 colonna è quella che dovrei modificare cioè prendo la sesta colonna e sostituisco -9 con un valore diverso, purtroppo Libreoffice Calc non mi viene in aiuto dato che mi dice che ci sono troppe colonne per ciò quando vado a salvare esso mi "taglia" parte del file e non posso perdere dati, mi aiutereste?

[vaeVictis]

Vediamo che si può fare
Ma come ieri... spiegati meglio, sennò andiamo incontro a errori evitabili

Quindi... spiega un po' meglio al struttura di questo file e cosa precisamente devi fare.
(Anche i comandi che dai e gli errori che riporti sarebbe interessante vederli)

[cloudany]

Ciao carissimo , allora il mio file contiene:

Codice: Seleziona tutto

2427    NA19919 NA19908 NA19909 1 -9   
2528    NA19920 NA19909 NA19910 1 -9 e così via

Devo sostituire il -9 con il valore che scelgo io dovrebbe risultare così quindi:

Codice: Seleziona tutto

2427    NA19919 NA19908 NA19909 1 ASW   
2528    NA19920 NA19909 NA19910 1 ASW e così via

Di codice provo ma sono in un pantano per cui non so dove iniziare...

[UbuNuovo]

prova

Codice: Seleziona tutto

awk '{ if ($6 == "-9") $6="ASW"; print }' nome_file

[cloudany]

Si avevo provato anche io così ma:

Codice: Seleziona tutto

awk: program limit exceeded: maximum number of fields size=32767

P.s. le modifiche andrebbero salvate sullo stesso file che ho aperto.

[vaeVictis]

prova

Codice: Seleziona tutto

awk '{ if ($6 == "-9") $6="ASW"; print }' nome_file

Se il problema è analogo a quello di ieri, ha un numero di campi che manda in cappella awk.

[UbuNuovo]

Qundi devi usare cut...
Già devi mantenere tutti i campi.
Vae te che sei un esperto di sed...

[cloudany]

Qundi devi usare cut...
Già devi mantenere tutti i campi.
Vae te che sei un esperto di sed...

Infatti devo solo modificare il 6 campo per tutte le righe mantenendo le altre colonne e righe

[UbuNuovo]

Bisognerebbe spezzare il file alle date colonne, utilizzare awk e poi rimontare il file...ma?
Provo a pensarci un po.
VaeVictis come faresti?

[vaeVictis]

Codice: Seleziona tutto

vaevictis@vaevictis-HAL:~$ echo "1234 1234 1234 1234 lkhjg SESTOCAMPO"  | sed 's/^\([^\s]* [^\s]* [^\s]* [^\s]* [^\s]*\) \([^\s]*\)/\1 BUMBUM-STALLMAN/'
1234 1234 1234 1234 lkhjg BUMBUM-STALLMAN

Non ho tempo di capire usare i moltiplicatori per eliminare quello schifo di ripetizioni.
E non so neanche se funziona (l'ho fatto al volo, ma devo rimettermi a piangere)

[cloudany]

Provo così:

Codice: Seleziona tutto

cat hapmap3_r2_b36_fwd.ASW.qc.poly.ped | cut -c1-100 | awk '{ if ($6 == "-9") $6="ASW"; print }' > test.txt

Ma nel test.txt perdo informazioni cioè il resto delle colonne, comunque ripeto devo modificare il file non scrivere su uno nuovo, ora l ho fatto per provare (e meno male!)

[vaeVictis]

Anzi no, il tempo ce l'ho

Codice: Seleziona tutto

vaevictis@vaevictis-HAL:~$ echo "1234 1234 1234 1234 lkhjg SESTOCAMPO"  | sed -r 's/^(([^\s]* ){5})([^\s]*)/\1 -BUMBUM-STALLMAN- /'
1234 1234 1234 1234 lkhjg  -BUMBUM-STALLMAN- 

[UbuNuovo]

Se non ci sono limitazioni dovrebbe andare bene! C'è solo da aggiungere uno spazio al campo sostituito.

Codice: Seleziona tutto

8-) echo "1234 1234 1234 1234 lkhjg SESTOCAMPO settimo ottavo"  | sed 's/^\([^\s]* [^\s]* [^\s]* [^\s]* [^\s]*\) \([^\s]*\)/\1 BUMBUM-STALLMAN/'
1234 1234 1234 1234 lkhjg SESTOCAMPO BUMBUM-STALLMANsettimo ottavo

edit: non avevo visto la nuova versione, grande Vae

[cloudany]

Anzi no, il tempo ce l'ho

Codice: Seleziona tutto

vaevictis@vaevictis-HAL:~$ echo "1234 1234 1234 1234 lkhjg SESTOCAMPO"  | sed -r 's/^(([^\s]* ){5})([^\s]*)/\1 -BUMBUM-STALLMAN- /'
1234 1234 1234 1234 lkhjg  -BUMBUM-STALLMAN- 

Andrebbe bene ma mi restituisce sul terminale se apro il file sempre -9 mi ritrovo

[vaeVictis]

Sto facendo confusione.
Aspetta un attimo che devo prendere un po' di tempo per fare alcune prove (escape vari e cassi e massi)

[UbuNuovo]

Anzi no, il tempo ce l'ho

Codice: Seleziona tutto

vaevictis@vaevictis-HAL:~$ echo "1234 1234 1234 1234 lkhjg SESTOCAMPO"  | sed -r 's/^(([^\s]* ){5})([^\s]*)/\1 -BUMBUM-STALLMAN- /'
1234 1234 1234 1234 lkhjg  -BUMBUM-STALLMAN- 

Andrebbe bene ma mi restituisce sul terminale se apro il file sempre -9 mi ritrovo

Fai una prova su una copia del file ma usa sed con l'opzione "-i"

[cloudany]

Anzi no, il tempo ce l'ho

Codice: Seleziona tutto

vaevictis@vaevictis-HAL:~$ echo "1234 1234 1234 1234 lkhjg SESTOCAMPO"  | sed -r 's/^(([^\s]* ){5})([^\s]*)/\1 -BUMBUM-STALLMAN- /'
1234 1234 1234 1234 lkhjg  -BUMBUM-STALLMAN- 

Andrebbe bene ma mi restituisce sul terminale se apro il file sempre -9 mi ritrovo

Fai una prova su una copia del file ma usa sed con l'opzione "-i"

Nulla

Codice: Seleziona tutto

sed: -e expression #1, char 34: invalid reference \1 on `s' command's RHS

[UbuNuovo]

hai fatto così?

Codice: Seleziona tutto

sed -ir 's/^(([^\s]* ){5})([^\s]*)/\1 -BUMBUM-STALLMAN- /' copia_nome_file

[cloudany]

si

[vaeVictis]

Forse ci sono

Allora, per sostituire il -9 con "-BUMBUM-STALLMAN-"

Codice: Seleziona tutto

vaevictis@vaevictis-HAL:~$ echo "1234 1234 1234 1234 lkhjg -9 lkjdglkjdfglkj"  | sed -r 's/^(([^ \t]* ){5})-9 (.*)$/\1-BUMBUM-STALLMAN- \2/'
1234 1234 1234 1234 lkhjg -BUMBUM-STALLMAN- lkhjg 

Ma noi siamo gajardi, quindi usiamo le variabili così il comando è più generico.

Codice: Seleziona tutto

vaevictis@vaevictis-HAL:~$ toremove=-9
vaevictis@vaevictis-HAL:~$ toinsert=-BUMBUM-STALLMAN
vaevictis@vaevictis-HAL:~$ echo "1234 1234 1234 1234 lkhjg -9 lkjdglkjdfglkj"  | sed -r 's/^(([^ \t]* ){5})'"$toremove"' (.*)$/\1'"$toinsert"' \2/'
1234 1234 1234 1234 lkhjg -BUMBUM-STALLMAN lkhjg 

Per modificare il file (non farlo subito inplace, prima fai le prove):
1) setta gli opportuni valori per le due variabili (come qui sopra) e poi dai

Codice: Seleziona tutto

sed -r 's/^(([^ \t]* ){5})'"$toremove"' (.*)$/\1'"$toinsert"' \2/'

Guardati l'output e se ti gusta, per modificare in place, scrivi -ir al posto di -r