Prova questo su Windows
https://www.partitionwizard.com/ Hai provato a formattare le chiavette in un altro pc? Non vorrei che quel pc, indipendentemente dal sistema, avesse qualche problema alle porte usb.
Unetbootin poi, dalla mia esperienza lascia la partizione formattata in fat32 e ci scrive sopra semplicemente i file (anche Rufus, ma non la funzione dd), Unetbootin non è compatibile con tutte le distribuzioni però.
Mentre dd (da terminale) e utility varie di Linux creano molte partizioni sulla chiavetta, alcune sconosciute, altre che non si smontano (EFI) al primo colpo, e per cui non si formattano, etichette che non si tolgono.
Io mi trovo bene con l'utility di Mint, mintstick, ma in ubuntu non è disponibile, ci sono guide in base alla versione di Ubuntu che usi però.