In un PC con OS installati in UEFI e quindi con partizionamento GPT, avere un disco dati con partizionamento msdos non crea il benché minimo problema, e lo stesso avviene per OS installati in legacy(msdos) se per caso il disco dati fosse in GPT.
I problemi sono limitati all'avvio degli OS che tra la due modalità non sono compatibili, ed un sistema "ibrido" creerebbe comunque dei problemi, oltre ad essere un assurdo tecnico se in HD interni dello stesso PC.
Ho scritto "se nello stesso PC", perché se il PC fosse un portatile con il suo OS nell'HD interno installato in UEFI, ed io volessi avere altro o OS(o più OS) in un HD esterno, potrei benissimo preparare l'esterno in modalità msdos ed installare gli altri OS in questa modalità in esso. Il BIOS del PC deve essere configurato UEFI e Legacy insieme, ed io connettendo l'HD esterno potrei avviare il PC da esso e quindi gli OS in esso contenuti e durante il lavoro andare anche a lavorare nei file e nelle cartelle dell'HD interno, pur essendo questo partizionato GPT.
Così sono infatti i notebook che ho in firma e che nati in modalità UEFI ho inteso mantenere così pur avendo su HD esterno, in modalità legacy, varie versioni di Linux. Le cose nate in un modo se vanno bene mi piace mantenerle tali.
Per rispondere alle tue domande, al primo gruppo rispondo:
Sì i file che vuoi salvare copiali su HDD
Staccare l'HDD durante l'installazione puoi anche farlo, ma non è indispensabile.
Sia l'NVMe sia l'SSD vanno riformattati e "partizionati di nuovo"(*) in msdos. Operazione che puoi fare da live di Ubuntu, basta che tu facci attenzione ad avviare la live in modalità legacy.
Per quanto riguarda l'HDD, che tu hai in GPT e che non influirebbe sull'andamento delle cose, però assurdo in quanto non contenendo né OS né partizioni di avvio, andrebbe meglio in MBR, puoi in seguito con comodo trasformalo in questa modalità.
Al secondo gruppo di domande in parte ho già risposto, per quello che riguarda l'installazione per fare una cosa ordinata ti scrivo sotto come fare.
Preparare le pendrive per Win 10 e per Ubuntu. Win 10 se troverà già pronto un partizionamento legacy si adatterà automaticamente ad esso, Per Ubuntu devi preparare la pendrive avviabile scegliendo(se usi Rufus) in "Schema partizione " l'opzione MBR, e in "Sistema destinazione" l'opzione BIOS(o UEFI CSM).
Questi supporti puoi prepararli fin da ora.
Avvii la live di Ubuntu e in essa l'applicazione Gparted è inclusa di default. Innanzitutto guarda e prendi un appunto di quale lettera Gparted usa per ognuno dei dischi(se sda, o sdb o sdc) e tienilo presente sia al momento della preparazione del partizionamento sia al momento dell'installazione degli OS.
Fai attenzione perché l'interfaccia grafica di Gparted ti mostra sempre come sarà la situazione una volta applicate le modifiche, ma per applicarle devi farle eseguire. Se durante il lavoro ti capitasse di sbagliare qualcosa, non rifare o correggere o altro, esci da Gparted e ricomincia da capo, altrimenti L'applicazione fa eseguire tutto anche gli errori e le correzioni e ci vuole troppo tempo.
Con Gparted nell'SSD che vuoi dedicare a Win, elimini tutte le partizioni ottenendo tutto spazio non allocato, in esso creerai una nuova tabella delle partizioni in msdos con 3 partizioni NTFS(che Ubuntu indicherà come sdx1-sdx2-sdx3(dove x sarà "a" o "b" o "c" a seconda di come le vede Ubuntu) badando bene che l'ultima(la 3ª di queste cioè quella verso dx) sia di 40/45 Gb(servirà in seguito, una volta installato Win) per essere eliminata e andare a costituire lo spazio per l'
overprovisioning dell'SSD.
Subito dopo averle fatte creare, elimina le prime due lasciando al loro posto lo spazio non allocato in cui andrai ad installare Win 10 che si creerà le sue 2 partizioni(quella di avvio e quella dell'OS). La 3ª partizione la eliminerai in seguito con comodo.
Nell'SSD M2 NVMe(che è già in modalità MBR) eliminerai ugualmente tutte le partizioni, ma siccome Ubuntu non ha la tendenza "all'obesità" di Win, ti conviene creare, partendo da inizio disco(sinistra). 3 partizioni primarie ext4 da 50 Gb ognuna, dopo di queste una partizione estesa che occupi tutto il resto dello spazio allocato fino a lasciare i soliti 40/45 Gb a fine disco di spazio non allocato per l'overprovisioning. Infine creerai all'interno dell'estesa una logica NTFS che la occupi tutta. Questa sarà una ulteriore partizione dati condivisibile tra Ubuntu e Win.
La ragione della 3 primarie ext4 è perché 50 Gb per Ubuntu sono già tanti ed in più volendo passare ad una nuova versione di Ubuntu, o provare una distro diversa di Linux o altro, avrai delle partizioni dedicate in cui installare l'OS da zero mantenendo quelli che hai finché vuoi, basta che fai attenzione ad installare il loro bootlader nell'MBR dell'HDD oppure farlo installare "embedded" nel bootsector della stessa partizione dell'OS appena installato(in caso al momento chiedi), usando il grub del vecchio Ubuntu per il loro avvio.
Al momento dell'installazione di Ubuntu nell'NVMe fai attenzione a far installare il bootloader nell'MBR del suo stesso disco(NVMe) e che non vada ad installarsi nell'SSD dove c'è il bootloader di Win.
Sono stato un po' "lunghetto", ma spero di essere stato chiaro. Casomai chiedi.